PDB-6b71: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b71

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with3-(4-chlorophenyl)-5H,6H-imidazo[2,1-b][1,3]thiazole

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 3-(4-chlorophenyl)-5H,6H-imidazo[2,1-b][1,3]thiazole
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年10月3日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年10月10日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / entity / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _entity.formula_weight
改定 1.2	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b71.cif.gz	175.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b71.ent.gz	142.1 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b71.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b71_validation.pdf.gz	721.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b71_full_validation.pdf.gz	723.8 KB	表示
XML形式データ	6b71_validation.xml.gz	14.7 KB	表示
CIF形式データ	6b71_validation.cif.gz	21.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b71 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b7/6b71	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxqS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6bj6-1 5tbs-1 6bif-1 5tbt-1 6bi9-1 6bj7-1 6awe-1 1tcu-d 6bhb-1 6b4t-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.2 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.970, 99.970, 99.970
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-552- HOH
2	1	A-568- HOH
3	1	A-593- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-A5H / 3-(4-chlorophenyl)-5,6-dihydroimidazo[2,1-b][1,3]thiazole / 3-(4-クロロフェニル)-5,6-ジヒドロイミダゾ[2,1-b]チアゾ-ル分子量: 236.721 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₁H₉ClN₂S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 200 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.65 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.56 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月16日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→57.72 Å / Num. obs: 51320 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.068 / Net I/σ(I): 17.6
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / 冗長度: 10.1 % / Mean I/σ(I) obs: 1.5 / Num. unique obs: 3727 / CC_1/2: 0.6 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.10_2155	精密化
xia2		データ削減
XDS		データスケーリング
PHENIX		位相決定
Coot		モデル構築

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5CXQ

5cxq

解像度: 1.52→57.718 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 18.89

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1932	2520	4.91 %
R_work	0.1705	-	-
obs	0.1716	51283	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→57.718 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2142	0	35	200	2377

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.011	2216
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.161	3000
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.326	1326
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.069	347
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	385

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5203-1.5495	0.3058	136	0.2754	2642	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5495-1.5812	0.2941	146	0.26	2662	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5812-1.6155	0.2894	116	0.2395	2698	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6155-1.6531	0.2532	141	0.2303	2694	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6531-1.6945	0.2509	139	0.2109	2719	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6945-1.7403	0.2279	149	0.1989	2652	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7403-1.7915	0.22	166	0.1927	2675	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7915-1.8493	0.2234	131	0.1834	2689	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8493-1.9154	0.198	178	0.1783	2679	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9154-1.9921	0.2408	121	0.1774	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9921-2.0828	0.2052	144	0.1681	2718	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0828-2.1926	0.2041	141	0.164	2681	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1926-2.33	0.17	161	0.1576	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
2.33-2.5099	0.1889	106	0.163	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5099-2.7625	0.1899	132	0.1642	2736	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7625-3.1622	0.1728	140	0.1634	2740	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1622-3.9839	0.1837	149	0.1552	2745	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9839-57.7593	0.1704	124	0.1646	2887	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6505	3.2256	1.0921	8.3934	3.6103	5.8374	-0.0675	0.1572	-0.877	0.1201	0.1909	-0.6309	0.6804	0.3423	-0.1529	0.2412	0.0292	0.0525	0.1654	-0.0202	0.2907	28.4008	11.7677	52.9127
2	3.6789	0.0838	2.3895	2.695	-1.3047	4.7097	0.1113	-0.0353	-0.5448	-0.0078	-0.0017	0.1193	0.4728	-0.3812	-0.0542	0.3011	-0.0337	0.039	0.2142	-0.0362	0.3578	13.5649	9.5462	50.9168
3	3.8435	0.3231	1.7824	3.0156	-1.5701	6.8832	-0.1033	0.3208	-0.4151	-0.2443	0.0734	-0.0939	0.4908	-0.0237	-0.0707	0.3108	-0.0489	0.0501	0.2635	-0.1007	0.3557	14.1678	9.0253	43.5121
4	8.2332	-3.0359	-6.7845	1.1431	2.5574	7.0907	-0.09	0.0846	-0.3381	-0.0043	-0.054	0.2146	0.0627	-0.1984	0.1369	0.2369	-0.0124	0.0221	0.1684	0.0048	0.2241	17.4154	20.4244	55.2953
5	2.8425	-0.3019	0.0438	1.4799	0.5795	1.2483	-0.0383	0.2534	-0.0258	-0.2371	-0.0449	0.1659	-0.0763	-0.1932	0.117	0.1958	-0.0158	-0.0076	0.1928	0.0107	0.1382	7.8047	29.785	47.9319
6	5.3021	-0.1907	0.5319	1.5853	0.1005	0.9723	-0.0596	0.3637	0.0166	-0.1599	0.0517	-0.061	0.0015	0.0005	0.0002	0.241	-0.024	0.0501	0.1967	-0.0057	0.1553	23.4563	31.4118	45.8298
7	1.1239	0.3236	1.4135	3.0559	2.9047	4.6269	0.0349	0.4444	-0.0531	-0.6159	-0.1616	0.3248	-0.2157	-0.2752	0.088	0.3149	-0.0174	-0.0743	0.4033	-0.0384	0.1918	1.6851	25.9647	35.1053
8	1.8575	-0.9154	-0.7452	0.9221	0.844	1.262	0.0323	0.0674	0.0492	-0.1567	-0.0567	0.0449	-0.0727	-0.1574	0.0223	0.1949	-0.0193	-0.0178	0.2038	-0.0095	0.1667	4.4706	33.2136	53.2955
9	3.2152	-3.1078	-1.226	3.1475	1.5019	1.0974	0.0269	-0.0786	-0.3538	-0.0624	-0.2023	0.4954	-0.0201	-0.2236	0.1734	0.1893	-0.0388	-0.025	0.319	-0.056	0.2055	-2.6543	28.9939	49.7858
10	9.5203	-1.8834	-8.0355	3.0494	1.3622	7.5811	-0.0669	0.0326	-0.4182	0.0932	0.0055	0.1883	0.2265	0.0076	0.1311	0.306	-0.0801	-0.1194	0.3451	-0.0939	0.2829	-0.1766	16.1492	41.9671

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 68 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 69 through 84 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 109 through 153 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 154 through 169 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 170 through 196 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 197 through 232 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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