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- PDB-6b6x: Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehyd... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 6b6x | |||||||||
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Title | Crystal structure of Desulfovibrio vulgaris carbon monoxide dehydrogenase, dithionite-reduced (protein batch 2), canonical C-cluster | |||||||||
![]() | Carbon monoxide dehydrogenase | |||||||||
![]() | OXIDOREDUCTASE / nickel-iron-sulfur (Ni-Fe-S) cluster / iron-sulfur (Fe-S) cluster / metalloenzyme | |||||||||
Function / homology | ![]() anaerobic carbon monoxide dehydrogenase / anaerobic carbon-monoxide dehydrogenase activity / : / hydroxylamine reductase activity / nickel cation binding / generation of precursor metabolites and energy / peroxidase activity / response to hydrogen peroxide / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding Similarity search - Function | |||||||||
Biological species | ![]() | |||||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Wittenborn, E.C. / Drennan, C.L. | |||||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Redox-dependent rearrangements of the NiFeS cluster of carbon monoxide dehydrogenase. Authors: Wittenborn, E.C. / Merrouch, M. / Ueda, C. / Fradale, L. / Leger, C. / Fourmond, V. / Pandelia, M.E. / Dementin, S. / Drennan, C.L. | |||||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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Downloads & links
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Download
PDBx/mmCIF format | ![]() | 493.4 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 400.3 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
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-Related structure data
Related structure data | ![]() 6b6vSC ![]() 6b6wC ![]() 6b6yC ![]() 6dc2C S: Starting model for refinement C: citing same article ( |
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Similar structure data |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 |
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 67715.898 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() ![]() References: UniProt: Q72A99, anaerobic carbon monoxide dehydrogenase |
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-Non-polymers , 7 types, 944 molecules ![](data/chem/img/SF4.gif)
![](data/chem/img/XCC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/XCC.gif)
![](data/chem/img/GOL.gif)
![](data/chem/img/MG.gif)
![](data/chem/img/CL.gif)
![](data/chem/img/FES.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | #3: Chemical | #4: Chemical | ChemComp-GOL / #5: Chemical | ChemComp-MG / #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-FES / | #8: Water | ChemComp-HOH / | |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 2.4 Å3/Da / Density % sol: 48.71 % |
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Crystal grow | Temperature: 298 K / Method: vapor diffusion, hanging drop / Details: 150-250 mM magnesium chloride, 16-20% w/v PEG3350 |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K |
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Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 6M-F / Detector: PIXEL / Date: Oct 18, 2016 |
Radiation | Monochromator: Cryo-cooled double crystal Si(111) / Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 0.9792 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 1.84→100 Å / Num. obs: 108658 / % possible obs: 98.6 % / Redundancy: 6.3 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 16.8 |
Reflection shell | Resolution: 1.84→1.88 Å / Rsym value: 0.777 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Starting model: PDB entry 6B6V Resolution: 1.84→64.871 Å / SU ML: 0.18 / Cross valid method: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / Phase error: 16.55
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 1.84→64.871 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group |
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