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- PDB-6b6h: The cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activa... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b6h
タイトルThe cryo-EM structure of a bacterial class I transcription activation complex
要素
  • (DNA-directed RNA polymerase subunit ...) x 5
  • NASCENT RNA 3-MER
  • RNA polymerase sigma factor RpoD
  • SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
  • SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
  • cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
キーワードTRANSCRIPTION/TRANSFERASE/DNA/RNA / transcription / RNA polymerase / catabolite activator protein / cAMP / TRANSCRIPTION-TRANSFERASE-DNA-RNA complex
機能・相同性
機能・相同性情報


sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity ...sigma factor antagonist complex / regulation of DNA-templated transcription initiation / sigma factor activity / cytosolic DNA-directed RNA polymerase complex / cAMP binding / DNA-directed RNA polymerase complex / DNA-templated transcription initiation / ribonucleoside binding / DNA-directed RNA polymerase / DNA-directed RNA polymerase activity / response to heat / protein dimerization activity / DNA-binding transcription factor activity / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA-templated transcription / magnesium ion binding / DNA binding / zinc ion binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 ...helix_turn_helix, cAMP Regulatory protein / Transcription regulator HTH, Crp-type, conserved site / Crp-type HTH domain signature. / : / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain profile. / Crp-type HTH domain / RNA polymerase sigma factor 70, non-essential domain / Sigma-70, non-essential region / RNA polymerase sigma factor 70, region 1.1 / Sigma-70 factor, region 1.1 superfamily / Sigma-70 factor, region 1.1 / RNA polymerase II, Rpb2 subunit, wall domain / RNA polymerase subunit, RPB6/omega / Eukaryotic RPB6 RNA polymerase subunit / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / RNA polymerase Rpb1 funnel domain / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase II/Efflux pump adaptor protein, barrel-sandwich hybrid domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 1. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Sigma-70 factors family signature 1. / Topoisomerase I; Chain A, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / RNA polymerase sigma factor RpoD, C-terminal / RNA polymerase sigma factor RpoD / RNA Polymerase Alpha Subunit; Chain A, domain 2 / : / RNA polymerase sigma-70 region 1.2 / Sigma-70 factor, region 1.2 / RNA polymerase sigma-70 region 3 / Sigma-70 region 3 / Sigma-70 factors family signature 2. / RNA polymerase sigma-70 / RNA polymerase sigma-70 region 4 / Sigma-70, region 4 / RNA polymerase sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma-70 like domain / Sigma-70 region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 2 / RNA polymerase sigma factor, region 3/4-like / Gyrase A; domain 2 / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / Jelly Rolls / DNA-directed RNA polymerase, omega subunit / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime, bacterial type / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain superfamily / DNA-directed RNA polymerase, beta subunit, external 1 domain / RNA polymerase beta subunit external 1 domain / RNA polymerase, alpha subunit, C-terminal / Bacterial RNA polymerase, alpha chain C terminal domain / DNA-directed RNA polymerase beta subunit, bacterial-type / DNA-directed RNA polymerase, alpha subunit / RmlC-like jelly roll fold / Beta Complex / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily/Winged helix DNA-binding domain / DNA-directed RNA polymerase, subunit beta-prime / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase, subunit omega/Rpo6/RPB6 / RNA polymerase Rpb6 / RNA polymerase Rpb2, domain 2 superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 superfamily / RPB6/omega subunit-like superfamily / DNA-directed RNA polymerase, insert domain / DNA-directed RNA polymerase, RpoA/D/Rpb3-type / RNA polymerase Rpb3/RpoA insert domain / RNA polymerase Rpb3/Rpb11 dimerisation domain / RNA polymerases D / RNA polymerase Rpb1, clamp domain superfamily / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 3 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase Rpb1, domain 1 / RNA polymerase, beta subunit, protrusion / RNA polymerase beta subunit / RNA polymerase, alpha subunit / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / RNA polymerase Rpb1, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, domain 5 / RNA polymerase Rpb1, domain 4 / DNA-directed RNA polymerase, insert domain superfamily / RNA polymerase, N-terminal / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase Rpb1, funnel domain superfamily / RNA polymerase Rpb2, domain 2 / RNA polymerase I subunit A N-terminus / RNA polymerase, RBP11-like subunit / RNA polymerase, beta subunit, conserved site / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerase Rpb2, OB-fold / RNA polymerase Rpb2, domain 7 / RNA polymerase Rpb2, domain 3 / RNA polymerases beta chain signature. / DNA-directed RNA polymerase, subunit 2, hybrid-binding domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / RNA / DNA-directed RNA polymerase subunit omega / DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNA polymerase sigma factor RpoD / DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli O157:H7 (大腸菌)
Escherichia coli O45:K1 (大腸菌)
Escherichia coli (大腸菌)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.9 Å
データ登録者Liu, B. / Hong, C. / Huang, R. / Yu, Z. / Steitz, T.A.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM22778 米国
引用ジャーナル: Science / 年: 2017
タイトル: Structural basis of bacterial transcription activation.
著者: Bin Liu / Chuan Hong / Rick K Huang / Zhiheng Yu / Thomas A Steitz /
要旨: In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic ...In bacteria, the activation of gene transcription at many promoters is simple and only involves a single activator. The cyclic adenosine 3',5'-monophosphate receptor protein (CAP), a classic activator, is able to activate transcription independently through two different mechanisms. Understanding the class I mechanism requires an intact transcription activation complex (TAC) structure at a high resolution. Here we report a high-resolution cryo-electron microscopy structure of an intact class I TAC containing a CAP dimer, a σ-RNA polymerase (RNAP) holoenzyme, a complete class I CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide. The structure shows how CAP wraps the upstream DNA and how the interactions recruit RNAP. Our study provides a structural basis for understanding how activators activate transcription through the class I recruitment mechanism.
履歴
登録2017年10月2日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12017年11月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22017年12月6日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32018年7月18日Group: Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name
改定 1.42020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: em_imaging_optics / pdbx_audit_support
Item: _em_imaging_optics.energyfilter_name / _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.52024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn / struct_conn_type
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn_type.id

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-7059
  • UCSF Chimeraによる作画
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  • マップデータ: EMDB-7060
  • UCSF Chimeraによる作画
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ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
B: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
C: DNA-directed RNA polymerase subunit beta
D: DNA-directed RNA polymerase subunit beta'
E: DNA-directed RNA polymerase subunit omega
F: RNA polymerase sigma factor RpoD
G: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
H: cAMP-activated global transcriptional regulator CRP
I: DNA-directed RNA polymerase subunit alpha
1: SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
2: SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER)
3: NASCENT RNA 3-MER
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)573,75117
ポリマ－572,93812
非ポリマー8145
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area66660 Å2
ΔGint-356 kcal/mol
Surface area212670 Å2

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要素

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DNA-directed RNA polymerase subunit ... , 5種, 6分子 ABCDEI

#1: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 36558.680 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z6, DNA-directed RNA polymerase
#2: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta / RNAP subunit beta / RNA polymerase subunit beta / Transcriptase subunit beta


分子量: 150820.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (strain S88 / ExPEC) (大腸菌)
株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rpoB, ECS88_4448 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MIX3, DNA-directed RNA polymerase
#3: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit beta' / RNAP subunit beta' / RNA polymerase subunit beta' / Transcriptase subunit beta'


分子量: 155366.781 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoC, Z5561, ECs4911 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A8T8, DNA-directed RNA polymerase
#4: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit omega / RNAP omega subunit / RNA polymerase omega subunit / Transcriptase subunit omega


分子量: 10249.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O45:K1 (大腸菌) / 株: S88 / ExPEC / 遺伝子: rpoZ, ECS88_4064 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: B7MFL0, DNA-directed RNA polymerase
#7: タンパク質 DNA-directed RNA polymerase subunit alpha / RNAP subunit alpha / RNA polymerase subunit alpha / Transcriptase subunit alpha


分子量: 8346.699 Da / 分子数: 1
Fragment: Alpha C-terminal domain (alpha-CTD) residues 250-324
由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: rpoA, Z4665, ECs4160 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0A7Z6, DNA-directed RNA polymerase

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タンパク質 , 2種, 3分子 FGH

#5: タンパク質 RNA polymerase sigma factor RpoD / Sigma-70


分子量: 72206.266 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: rpoD, alt, b3067, JW3039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P00579
#6: タンパク質 cAMP-activated global transcriptional regulator CRP / Catabolite activator protein / CAP / Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / CRP / cAMP ...Catabolite activator protein / CAP / Catabolite gene activator / cAMP receptor protein / CRP / cAMP regulatory protein


分子量: 23672.439 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli O157:H7 (大腸菌) / 遺伝子: crp, Z4718, ECs4208 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0ACK0

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DNA鎖 , 2種, 2分子 12

#8: DNA鎖 SYNTHETIC NONTEMPLATE STRAND DNA (88-MER)


分子量: 27133.393 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)
#9: DNA鎖 SYNTHETIC TEMPLATE STRAND DNA (88-MER)


分子量: 27217.404 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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RNA鎖 , 1種, 1分子 3

#10: RNA鎖 NASCENT RNA 3-MER / NASCENT RNA 3-MER


分子量: 1134.619 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Escherichia coli (大腸菌)

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非ポリマー , 3種, 5分子

#11: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#12: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#13: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: The complex of class-I bacterial transcription activation complex
タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT
詳細: A CAP dimer, a sigma70-RNA polymerase holoenzyme, an intact CAP-dependent promoter DNA, and a de novo synthesized RNA oligonucleotide
Entity ID: #1-#10 / 由来: MULTIPLE SOURCES
分子量値: 0.59 MDa / 実験値: NO
由来(天然)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
詳細: 20 mM TRIS pH 7.5, 50 mM sodium chloride, 0.1mM EDTA, 5 mM MgCl2, 5 mM DTT
緩衝液成分
ID濃度名称Buffer-ID
120 mMTris1
25 mMMgCl21
30.1 mMEDTA1
450 mMNaCl1
55 mMDTT1
試料濃度: 3 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: GOLD / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R1.2/1.3
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K / 詳細: 3 second blotting

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: Cs corrector
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 倍率（補正後）: 37037 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2500 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1300 nm / Calibrated defocus min: 1200 nm / 最大 デフォーカス（補正後）: 2600 nm / Cs: 0.01 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm / アライメント法: OTHER
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
最高温度: 80 K / 最低温度: 80 K / Residual tilt: 15 mradians
撮影平均露光時間: 0.25 sec. / 電子線照射量: 1.37 e/Å2 / 検出モード: SUPER-RESOLUTION
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 2382
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルター 上限: 20 eV / エネルギーフィルター 下限: 0 eV
画像スキャンサンプリングサイズ: 5 µm / 横: 7676 / 縦: 7420 / 動画フレーム数/画像: 40 / 利用したフレーム数/画像: 1-40

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1EMAN2粒子像選択
2RELION粒子像選択
3SerialEM画像取得
5CTFFINDCTF補正
8UCSF Chimera1.11モデルフィッティング
10RELION初期オイラー角割当
11RELION最終オイラー角割当
12RELION分類
13RELION３次元再構成
14PHENIX1.12モデル精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 835000
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 3.9 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 161000 / アルゴリズム: FOURIER SPACE / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL / Target criteria: correlation coefficient

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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