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- PDB-6b5y: Beta-lactamase, mixed with Ceftriaxone, 30ms time point, Shards c... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b5y
タイトルBeta-lactamase, mixed with Ceftriaxone, 30ms time point, Shards crystal form
要素Beta-lactamase
キーワードHYDROLASE / Beta-Lactamase
機能・相同性
機能・相同性情報


beta-lactam antibiotic catabolic process / beta-lactamase activity / beta-lactamase / periplasmic space / response to antibiotic / extracellular region / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Beta-lactamase, class-A active site / Beta-lactamase class-A active site. / Beta-lactamase class A, catalytic domain / Beta-lactamase enzyme family / Beta-lactamase, class-A / Beta-lactamase / DD-peptidase/beta-lactamase superfamily / Beta-lactamase/transpeptidase-like / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Ceftriaxone / PHOSPHATE ION / Beta-lactamase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / 自由電子レーザー / 解像度: 2.75 Å
データ登録者Pandey, S. / Schmidt, M.
引用ジャーナル: BMC Biol. / 年: 2018
タイトル: Enzyme intermediates captured "on the fly" by mix-and-inject serial crystallography.
著者: Olmos, J.L. / Pandey, S. / Martin-Garcia, J.M. / Calvey, G. / Katz, A. / Knoska, J. / Kupitz, C. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Wiedorn, M. / Heyman, M. / Holl, M. ...著者: Olmos, J.L. / Pandey, S. / Martin-Garcia, J.M. / Calvey, G. / Katz, A. / Knoska, J. / Kupitz, C. / Hunter, M.S. / Liang, M. / Oberthuer, D. / Yefanov, O. / Wiedorn, M. / Heyman, M. / Holl, M. / Pande, K. / Barty, A. / Miller, M.D. / Stern, S. / Roy-Chowdhury, S. / Coe, J. / Nagaratnam, N. / Zook, J. / Verburgt, J. / Norwood, T. / Poudyal, I. / Xu, D. / Koglin, J. / Seaberg, M.H. / Zhao, Y. / Bajt, S. / Grant, T. / Mariani, V. / Nelson, G. / Subramanian, G. / Bae, E. / Fromme, R. / Fung, R. / Schwander, P. / Frank, M. / White, T.A. / Weierstall, U. / Zatsepin, N. / Spence, J. / Fromme, P. / Chapman, H.N. / Pollack, L. / Tremblay, L. / Ourmazd, A. / Phillips, G.N. / Schmidt, M.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年4月17日Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-lactamase
B: Beta-lactamase
C: Beta-lactamase
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,01210
ポリマ－113,6034
非ポリマー2,4086
水2,576143
1
A: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0503
ポリマ－28,4011
非ポリマー6502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9552
ポリマ－28,4011
非ポリマー5551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,0503
ポリマ－28,4011
非ポリマー6502
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: Beta-lactamase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,9552
ポリマ－28,4011
非ポリマー5551
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)78.530, 96.030, 112.580
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 109.68, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
Beta-lactamase / Ambler class A beta-lactamase


分子量: 28400.852 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: blaC, blaA, Rv2068c, MTCY49.07c / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: P9WKD3, beta-lactamase
#2: 化合物 ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト


分子量: 94.971 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO4
#3: 化合物
ChemComp-9F2 / Ceftriaxone


分子量: 554.580 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C18H18N8O7S3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 143 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.53 Å3/Da / 溶媒含有率: 65.2 %
結晶化温度: 300 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: Ammonium Phosphate

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データ収集

回折平均測定温度: 300 K
放射光源由来: 自由電子レーザー / サイト: SLAC LCLS / ビームライン: CXI / 波長: 1.3 Å
検出器タイプ: CS-PAD CXI-1 / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年9月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.3 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.75→19.34 Å / Num. obs: 38561 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 526.16 % / CC1/2: 0.345 / Net I/σ(I): 6.4
反射 シェル解像度: 2.75→2.81 Å / 冗長度: 142 % / Mean I/σ(I) obs: 0.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
CrystFELデータ削減
CrystFELデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.75→19.34 Å / SU ML: 0.38 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 25.61
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2506 1913 4.96 %
Rwork0.1931 --
obs0.1959 38561 94.12 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.75→19.34 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7952 0 154 143 8249
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.018272
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.72111308
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.0954924
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0641284
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0081504
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.75-2.81860.34321230.28821974X-RAY DIFFRACTION72
2.8186-2.89450.4231890.29222264X-RAY DIFFRACTION82
2.8945-2.97940.36971280.26822438X-RAY DIFFRACTION88
2.9794-3.07520.34181370.24832606X-RAY DIFFRACTION94
3.0752-3.18470.30431360.22992708X-RAY DIFFRACTION97
3.1847-3.31160.27861550.21612700X-RAY DIFFRACTION98
3.3116-3.46150.24861730.19472686X-RAY DIFFRACTION98
3.4615-3.64280.26331190.18232731X-RAY DIFFRACTION97
3.6428-3.86940.24431260.18672674X-RAY DIFFRACTION96
3.8694-4.16540.22911440.18232726X-RAY DIFFRACTION98
4.1654-4.57950.22321470.16182738X-RAY DIFFRACTION99
4.5795-5.23070.20761500.16382781X-RAY DIFFRACTION100
5.2307-6.54740.24081540.19112791X-RAY DIFFRACTION99
6.5474-19.34740.21291320.17422831X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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