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万見
- PDB-6b5w: Benenodin-1-dC5, state 2 -

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IDまたはキーワード:

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b5w
タイトルBenenodin-1-dC5, state 2
要素Benenodin-1
キーワードUNKNOWN FUNCTION / Lasso Peptide RiPPs
機能・相同性Benenodin family lasso peptide
機能・相同性情報
生物種Asticcacaulis benevestitus DSM 16100 = ATCC BAA-896 (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Link, A.J. / Zong, C.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM107036 米国
引用ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2017
タイトル: Lasso Peptide Benenodin-1 Is a Thermally Actuated [1]Rotaxane Switch
著者: Zong, C. / Wu, M.J. / Qin, J.Z. / Link, A.J.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
置き換え2017年10月18日ID: 5TJ0
改定 1.02017年10月18日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / Data collection
カテゴリ: pdbx_audit_support / pdbx_nmr_software / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _pdbx_audit_support.funding_organization / _pdbx_nmr_software.name / _pdbx_nmr_spectrometer.model
改定 1.22023年6月14日Group: Database references / Other / カテゴリ: database_2 / pdbx_database_status
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_database_status.status_code_nmr_data

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Benenodin-1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)2,0331
ポリマ－2,0331
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area1840 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 100structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Benenodin-1


分子量: 2033.308 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Asticcacaulis benevestitus DSM 16100 = ATCC BAA-896 (バクテリア)
遺伝子: ABENE_08090 / プラスミド: pCZ35 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: V4RMX4

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験Sample state: anisotropic / タイプ: 2D 1H-1H NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 6.15 mg/mL benonedin-1-dC5, state 2, 95% H2O/5% D2O / Label: benonedin-1-dC5, state 2 / 溶媒系: 95% H2O/5% D2O
試料濃度: 6.15 mg/mL / 構成要素: benonedin-1-dC5, state 2 / Isotopic labeling: natural abundance
試料状態イオン強度: 1 Not defined / Label: benonedin-1-dC5, state 2 / pH: 6.5 / 圧: 1 atm / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III / 磁場強度: 800 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CYANA2Guntert, Mumenthaler and Wuthrichstructure calculation
Mnova10.1Mestrelab Researchchemical shift assignment
GROMACSHerman Berendsen's group精密化
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 3
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 100 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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