PDB-6b5q: DCN1 bound to 38

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b5q

タイトル

DCN1 bound to 38

要素

DCN1-like protein 1
Peptidomimetic Inhibitors DI-591

キーワード

Ligase/Inhibitor / E3 ligase / complex / Ligase-Inhibitor complex / LIGASE

機能・相同性

機能・相同性情報

positive regulation of protein neddylation / ubiquitin-like protein binding / regulation of protein neddylation / protein neddylation / ubiquitin conjugating enzyme binding / cullin family protein binding / regulation of protein ubiquitination / ubiquitin ligase complex / Neddylation / nucleoplasm ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.16 Å

データ登録者

Stuckey, J.

引用

ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2018
タイトル: High-Affinity Peptidomimetic Inhibitors of the DCN1-UBC12 Protein-Protein Interaction.
著者: Zhou, H. / Zhou, W. / Zhou, B. / Liu, L. / Chern, T.R. / Chinnaswamy, K. / Lu, J. / Bernard, D. / Yang, C.Y. / Li, S. / Wang, M. / Stuckey, J. / Sun, Y. / Wang, S.

履歴

登録	2017年9月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月28日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月21日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.0	2023年11月15日	Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

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PDB形式	pdb6b5q.ent.gz	141.2 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	6b5q_validation.pdf.gz	463.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b5q_full_validation.pdf.gz	465.9 KB	表示
XML形式データ	6b5q_validation.xml.gz	16.9 KB	表示
CIF形式データ	6b5q_validation.cif.gz	23 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5q ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b5/6b5q	HTTPS FTP

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関連構造データ

類似構造データ	5ufi-4 5n26-d 5ufi-3 5up7-d 5ufi-1 5cmq-d 1rcg-d 3np0-d 4zjk-d 4lqj-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (1) #81 - 2006年9月伸長因子 (Elongation Factors) 類似性 (1)

登録構造単位

A: DCN1-like protein 1

B: DCN1-like protein 1

D: Peptidomimetic Inhibitors DI-591

E: Peptidomimetic Inhibitors DI-591

ヘテロ分子

54.3 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: DCN1-like protein 1

D: Peptidomimetic Inhibitors DI-591

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: mass spectrometry
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: DCN1-like protein 1

E: Peptidomimetic Inhibitors DI-591

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
27.1 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	88.087, 90.841, 105.010
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	DCN1-like protein 1 / DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / ...DCUN1 domain-containing protein 1 / Defective in cullin neddylation protein 1-like protein 1 / Squamous cell carcinoma-related oncogene 分子量: 26251.865 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: DCUN1D1, DCUN1L1, RP42, SCCRO / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q96GG9
#2: タンパク質・ペプチド	Peptidomimetic Inhibitors DI-591 クラス: 阻害剤 / 分子量: 725.342 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) 参照: Peptidomimetic Inhibitors, (PPI)(CZS)(2KY)(MLY)(1XY)
#3: 化合物	ChemComp-PGE / TRIETHYLENE GLYCOL / トリエチレングリコ-ル分子量: 150.173 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₁₄O₄
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.27 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 37 % PEG 300, 0.1 M phosphate-citrate pH 4.2 / PH範囲: 4.2

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.9787 Å

検出器

タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2014年10月9日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9787 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.16→50 Å / Num. obs: 22799 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 7.4 % / B_iso Wilson estimate: 42.8 Å² / R_merge(I) obs: 0.048 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.052 / Χ²: 0.755 / Net I/σ(I): 15.5 / Num. measured all: 168961

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Χ²	% possible all
2.16-2.2	7.3	0.226	1113	0.981	0.09	0.244	0.745	100
2.2-2.24	7.5	0.19	1131	0.99	0.074	0.204	0.71	100
2.24-2.28	7.5	0.172	1126	0.992	0.067	0.185	0.691	100
2.28-2.33	7.5	0.15	1145	0.993	0.059	0.161	0.693	100
2.33-2.38	7.5	0.125	1107	0.996	0.049	0.135	0.679	100
2.38-2.43	7.5	0.105	1138	0.996	0.041	0.113	0.64	100
2.43-2.49	7.5	0.095	1126	0.996	0.037	0.102	0.665	100
2.49-2.56	7.5	0.08	1118	0.997	0.031	0.086	0.652	100
2.56-2.64	7.5	0.072	1134	0.998	0.028	0.077	0.65	100
2.64-2.72	7.5	0.059	1136	0.998	0.023	0.063	0.618	100
2.72-2.82	7.5	0.053	1125	0.999	0.021	0.057	0.612	100
2.82-2.93	7.5	0.044	1134	0.999	0.017	0.048	0.593	100
2.93-3.06	7.5	0.04	1145	0.999	0.016	0.043	0.561	100
3.06-3.23	7.5	0.038	1141	0.999	0.015	0.04	0.573	100
3.23-3.43	7.5	0.034	1136	0.999	0.013	0.037	0.577	100
3.43-3.69	7.5	0.039	1155	0.999	0.015	0.042	0.745	100
3.69-4.06	7.4	0.052	1149	0.998	0.02	0.056	1.366	99.8
4.06-4.65	7.3	0.058	1167	0.996	0.023	0.062	1.747	100
4.65-5.86	7.3	0.043	1176	0.998	0.017	0.046	1.002	99.9
5.86-50	6.6	0.028	1197	0.999	0.012	0.031	0.561	96.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
BUSTER	2.10.3	精密化
HKL-2000		データ収集
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換 / 解像度: 2.16→16.44 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.938 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU R Cruickshank DPI: 0.248 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.244 / SU R_free Blow DPI: 0.195 / SU R_free Cruickshank DPI: 0.197

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.241	1165	5.13 %	RANDOM
R_work	0.195	-	-	-
obs	0.197	22721	99.2 %	-

原子変位パラメータ

B_iso max: 154.67 Å² / B_iso mean: 57.05 Å² / B_iso min: 23.75 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	2.9654 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-10.6175 Å²	0 Å²
3-	-	-	7.6521 Å²

Refine analyze

Luzzati coordinate error obs: 0.28 Å

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.16→16.44 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3018	0	214	110	3342
B_iso mean	-	-	41.86	53.73	-
残基数	-	-	-	-	376

拘束条件

Refine-ID	タイプ	数	Restraint function	Weight	Dev ideal
X-RAY DIFFRACTION	t_dihedral_angle_d	1150	SINUSOIDAL	2
X-RAY DIFFRACTION	t_trig_c_planes	87	HARMONIC	2
X-RAY DIFFRACTION	t_gen_planes	516	HARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_it	3319	HARMONIC	20
X-RAY DIFFRACTION	t_nbd
X-RAY DIFFRACTION	t_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_chiral_improper_torsion	403	SEMIHARMONIC	5
X-RAY DIFFRACTION	t_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_distance
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_angle
X-RAY DIFFRACTION	t_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTION	t_ideal_dist_contact	4010	SEMIHARMONIC	4
X-RAY DIFFRACTION	t_bond_d	3319	HARMONIC	2	0.01
X-RAY DIFFRACTION	t_angle_deg	4582	HARMONIC	2	0.99
X-RAY DIFFRACTION	t_omega_torsion				2.8
X-RAY DIFFRACTION	t_other_torsion				18.05

LS精密化シェル

解像度: 2.16→2.27 Å / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 11

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2439	169	5.84 %
R_work	0.2	2727	-
all	0.2025	2896	-
obs	-	-	95.53 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0	-0.42	-1.0979	0.3013	4.1044	0	0.0701	0.2439	-0.2339	-0.0861	0.1294	0.2061	0.3322	0.0176	-0.1996	0.2882	-0.1861	0.1886	-0.1715	-0.2201	0.1587	3.236	9.5783	1.6836
2	2.8475	-0.1888	-0.8922	3.9707	1.0137	5.1357	-0.5697	0.3664	-0.6444	0.0935	-0.0352	0.4156	1.3231	-0.2879	0.6048	0.0878	-0.0491	0.268	-0.3323	-0.081	-0.0926	5.0632	16.3791	11.6232
3	4.5573	-3.9352	-0.0516	4.5771	-2.5923	0.6189	-0.0966	0.0088	-0.2129	0.2089	-0.2123	-0.3073	0.4551	0.1925	0.3089	0.5473	0.4559	0.2339	-0.0661	0.1646	0.1403	17.7692	11.5056	19.3879
4	3.3625	-0.4199	1.281	1.4098	1.1697	5.8763	-0.0988	-0.0843	-0.1204	0.1243	-0.0181	-0.0377	0.6363	0.5298	0.117	0.0028	0.0759	0.0888	-0.1049	0.0657	-0.0812	11.873	28.7178	26.5259
5	0	-1.9274	-0.1488	5.6602	-2.2505	2.2796	-0.0528	-0.4028	0.1452	0.0597	-0.1097	-0.2409	-0.2843	0.0269	0.1625	0.0453	0.0939	-0.0063	0.0474	-0.051	0.0271	6.7074	38.2035	37.1529
6	3.4779	-3.3261	3.1124	3.3599	-0.9109	5.6953	-0.2651	0.0366	0.7827	0.2344	-0.1609	-0.7767	-0.1121	0.8593	0.426	-0.232	0.0483	0.0099	-0.0476	0.1393	-0.0701	20.4405	35.4045	33.6354
7	2.9045	-0.9837	-0.9866	0.5296	1.5441	4.8032	0.0411	-0.4319	0.4746	0.4489	-0.1231	-0.4488	0.0166	0.1047	0.082	0.1271	0.1673	-0.064	-0.0008	-0.0204	0.0307	16.4917	37.5204	43.5707
8	0.3144	3.9889	-0.6699	0.0511	-0.6258	4.2118	-0.0274	-0.1299	0.0308	0.3033	0.2459	-0.2945	-0.1505	0.4259	-0.2185	-0.2863	-0.4559	-0.1937	0.6524	0.3815	-0.2504	33.8076	44.5583	24.4042
9	4.8773	1.9847	-0.4131	3.6389	-0.4232	6.0559	0.2589	-0.876	-0.2888	0.4497	-0.7626	-0.5079	-0.2358	1.6327	0.5037	-0.3697	-0.1296	-0.0806	0.2882	0.3435	-0.2615	28.5287	39.89	14.5242
10	0.8359	-1.7454	-2.8961	0.5438	1.7354	5.3539	-0.0438	-0.0919	-0.7795	0.0314	-0.4909	-0.3479	0.078	0.8405	0.5348	-0.3629	0.2898	-0.0137	0.5639	0.4559	0.2943	35.0698	29.546	9.4919
11	3.8474	0.5651	-0.0912	6.7624	-0.5076	4.0217	0.0948	-0.1704	-0.3461	0.2032	-0.5119	-0.2532	0.5165	0.4202	0.4171	-0.1132	0.0252	0.0444	-0.0345	0.1404	-0.0472	16.9038	31.9718	7.0157
12	2.3083	-0.7427	-0.4875	3.5709	1.3155	3.3443	0.1839	0.5253	0.0269	-0.626	-0.5159	-0.0398	-0.0652	0.3701	0.332	0.0203	0.1292	0.0457	0.0833	0.0691	-0.0858	15.8177	36.0816	-6.9246
13	2.5254	-1.7868	-3.313	3.2401	4.3611	4.9988	0.227	0.6809	-0.2868	-0.0745	-0.6194	0.1833	0.401	-0.2256	0.3924	-0.0524	0.1659	0.0333	0.0393	-0.0508	-0.1085	11.3859	25.5348	-6.2053
14	3.4302	0.2107	1.353	5.4647	3.1704	6.3001	0.0963	0.529	0.0947	-0.2133	-0.2719	0.4587	0.031	-0.2867	0.1756	-0.0633	0.2418	-0.0328	0.1399	-0.106	-0.1763	7.6949	28.4573	-13.3855

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	{A\|62 - 71}	A	62 - 71
2	X-RAY DIFFRACTION	2	{A\|72 - 137}	A	72 - 137
3	X-RAY DIFFRACTION	3	{A\|138 - 150}	A	138 - 150
4	X-RAY DIFFRACTION	4	{A\|151 - 196}	A	151 - 196
5	X-RAY DIFFRACTION	5	{A\|197 - 205}	A	197 - 205
6	X-RAY DIFFRACTION	6	{A\|206 - 239}	A	206 - 239
7	X-RAY DIFFRACTION	7	{A\|240 - 251}	A	240 - 251
8	X-RAY DIFFRACTION	8	{B\|62 - 74}	B	62 - 74
9	X-RAY DIFFRACTION	9	{B\|75 - 133}	B	75 - 133
10	X-RAY DIFFRACTION	10	{B\|134 - 150}	B	134 - 150
11	X-RAY DIFFRACTION	11	{B\|151 - 172}	B	151 - 172
12	X-RAY DIFFRACTION	12	{B\|173 - 205}	B	173 - 205
13	X-RAY DIFFRACTION	13	{B\|206 - 233}	B	206 - 233
14	X-RAY DIFFRACTION	14	{B\|234 - 251}	B	234 - 251

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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