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- PDB-6b5e: Mycobacterium tuberculosis RmlA in complex with dTDP-glucose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b5e
タイトルMycobacterium tuberculosis RmlA in complex with dTDP-glucose
要素Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / nucleotidyltransferase / product / sugar-modifying
機能・相同性
機能・相同性情報


dTTP metabolic process / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / glucose-1-phosphate thymidylyltransferase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / : / peptidoglycan-based cell wall / glucose metabolic process / magnesium ion binding / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase, short form / Nucleotidyl transferase domain / Nucleotidyl transferase / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Spore Coat Polysaccharide Biosynthesis Protein SpsA; Chain A / Nucleotide-diphospho-sugar transferases / Alpha-Beta Complex / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.85 Å
データ登録者Brown, H.A. / Holden, H.M.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)GM115921 米国
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2018
タイトル: The structure of glucose-1-phosphate thymidylyltransferase from Mycobacterium tuberculosis reveals the location of an essential magnesium ion in the RmlA-type enzymes.
著者: Brown, H.A. / Thoden, J.B. / Tipton, P.A. / Holden, H.M.
履歴
登録2017年9月29日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_atom_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_symmetry / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr1_symmetry / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
E: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
G: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
H: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)269,15537
ポリマ－260,7368
非ポリマー8,41929
水26,6081477
1
A: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
B: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
F: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
H: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,63820
ポリマ－130,3684
非ポリマー4,27016
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
D: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
E: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
G: Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)134,51717
ポリマ－130,3684
非ポリマー4,14813
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)72.323, 111.264, 290.363
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

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タンパク質 , 1種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Glucose-1-phosphate thymidylyltransferase / dTDP-glucose pyrophosphorylase / dTDP-glucose synthase


分子量: 32592.039 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: rmlA, rfbA, Rv0334 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WH13, glucose-1-phosphate thymidylyltransferase

-
非ポリマー , 7種, 1506分子

#2: 化合物
ChemComp-DAU / 2'DEOXY-THYMIDINE-5'-DIPHOSPHO-ALPHA-D-GLUCOSE / チミジン5′-二りん酸β-(α-D-グルコピラノシル)


分子量: 564.329 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H26N2O16P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-TYD / THYMIDINE-5'-DIPHOSPHATE / TDP


分子量: 402.188 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N2O11P2
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#7: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 1477 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.34 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.49 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 9
詳細: 20% poly(ethylene glycol) 3350, 200 mM KCl, 100 mM CHES

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 0.9794 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2017年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9794 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 195396 / % possible obs: 97.7 % / 冗長度: 6.5 % / Rsym value: 0.103 / Net I/σ(I): 45.8
反射 シェル解像度: 1.85→1.92 Å / 冗長度: 4.5 % / Mean I/σ(I) obs: 14.9 / Num. unique obs: 18536 / Rsym value: 0.179 / % possible all: 93.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6B5K

6b5k


解像度: 1.85→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.956 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 2.732 / SU ML: 0.084 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.139 / ESU R Free: 0.134 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.21758 9779 5 %RANDOM
Rwork0.17125 ---
obs0.17358 185587 97.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 26.419 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20 Å20 Å2
2--1.13 Å20 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.85→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数17459 0 526 1477 19462
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01918522
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0217151
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6552.00225277
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.846339653
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.07252305
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg34.62423.605785
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.147152888
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.90115123
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1970.22824
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.02120426
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.023801
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.6492.519127
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.6472.519126
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.5833.74711397
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.5833.74711398
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.0662.7649395
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other3.0662.7649395
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other4.4994.02613859
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.96529.62621378
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.96529.62721379
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.851→1.899 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.238 691 -
Rwork0.189 12832 -
obs--92.31 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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