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万見
- PDB-6b41: Menin bound to M-525 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b41
タイトルMenin bound to M-525
要素Menin
キーワードPROTEIN BINDING/INHIBITOR / Covalent Inhibitor / MEN1 syndrome / leukemia / PROTEIN BINDING-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway ...Y-form DNA binding / : / negative regulation of cyclin-dependent protein serine/threonine kinase activity / negative regulation of JNK cascade / T-helper 2 cell differentiation / MLL1/2 complex / osteoblast development / histone methyltransferase complex / Formation of WDR5-containing histone-modifying complexes / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / R-SMAD binding / cleavage furrow / MLL1 complex / negative regulation of cell cycle / RHO GTPases activate IQGAPs / negative regulation of osteoblast differentiation / response to UV / four-way junction DNA binding / transcription repressor complex / transcription initiation-coupled chromatin remodeling / negative regulation of protein phosphorylation / Deactivation of the beta-catenin transactivating complex / response to gamma radiation / phosphoprotein binding / Post-translational protein phosphorylation / SMAD2/SMAD3:SMAD4 heterotrimer regulates transcription / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / negative regulation of DNA-binding transcription factor activity / nuclear matrix / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / MAPK cascade / protein-macromolecule adaptor activity / double-stranded DNA binding / chromosome, telomeric region / transcription cis-regulatory region binding / negative regulation of cell population proliferation / endoplasmic reticulum lumen / DNA repair / negative regulation of DNA-templated transcription / DNA damage response / chromatin binding / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
praseodymium triacetate / Chem-CJV / Menin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Stuckey, J.A.
引用ジャーナル: Angew. Chem. Int. Ed. Engl. / 年: 2018
タイトル: Design of the First-in-Class, Highly Potent Irreversible Inhibitor Targeting the Menin-MLL Protein-Protein Interaction.
著者: Xu, S. / Aguilar, A. / Xu, T. / Zheng, K. / Huang, L. / Stuckey, J. / Chinnaswamy, K. / Bernard, D. / Fernandez-Salas, E. / Liu, L. / Wang, M. / McEachern, D. / Przybranowski, S. / Foster, C. / Wang, S.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_special_symmetry
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Menin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)63,0706
ポリマ－61,0611
非ポリマー2,0095
水2,540141
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, mass spectrometry, Mass spectrometry data supports covalent bond between 525 and SG of C329
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)153.920, 153.920, 81.618
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number80
Space group name H-MI41
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-702-

7PR

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要素

#1: タンパク質 Menin


分子量: 61061.234 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: MEN1, SCG2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: O00255
#2: 化合物 ChemComp-CJV / methyl {(1S,2R)-2-[(S)-cyano[1-({1-[4-({1-[4-(dimethylamino)butanoyl]azetidin-3-yl}sulfonyl)phenyl]azetidin-3-yl}methyl)piperidin-4-yl](3-fluorophenyl)methyl]cyclopentyl}carbamate


分子量: 736.939 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C39H53FN6O5S
#3: 化合物
ChemComp-7PR / praseodymium triacetate / 三酢酸プラセオジム(III)


分子量: 318.040 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H9O6Pr
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 141 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 68.93 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 1.96 M NaCl, 89 mM Bis-Tris pH 6.8, 0.178 M MgCl2 and 10.7 mM Pr Acetate
PH範囲: 6.8

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.9786 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9786 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→50 Å / Num. obs: 29090 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.1 % / Biso Wilson estimate: 51.84 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.102 / Rpim(I) all: 0.031 / Rrim(I) all: 0.106 / Χ2: 0.921 / Net I/σ(I): 7.7 / Num. measured all: 350677
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.61-2.66110.66514140.910.2010.6960.70896.6
2.66-2.711.50.60814410.9270.1820.6350.74399.1
2.7-2.7611.90.55214300.9470.1640.5770.73999.9
2.76-2.8112.40.48914560.9540.1440.510.792100
2.81-2.8712.70.40214390.9640.1180.4190.811100
2.87-2.9412.80.35714330.9780.1040.3720.863100
2.94-3.0112.80.28814620.9890.0840.30.899100
3.01-3.0912.80.26414550.9870.0770.2750.922100
3.09-3.1912.70.20314340.9910.0590.2110.998100
3.19-3.2912.60.16914700.9910.050.1771.064100
3.29-3.4112.60.14914650.9940.0440.1551.094100
3.41-3.5412.40.12414440.9950.0370.1291.135100
3.54-3.712.20.10514420.9950.0320.111.145100
3.7-3.912.10.09514550.9960.0290.0991.119100
3.9-4.1411.80.08714590.9960.0260.0911.133100
4.14-4.4611.70.07814650.9960.0240.0821.061100
4.46-4.9111.50.07114490.9960.0220.0740.941100
4.91-5.6211.70.06814770.9970.0210.0710.858100
5.62-7.0811.50.06114790.9970.0190.0640.728100
7.08-5010.50.04915210.9980.0160.0520.581100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
BUSTER2.10.3精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3U84

3u84


解像度: 2.61→48.67 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.865 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.818 / SU R Cruickshank DPI: 0.367 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / SU R Blow DPI: 0.352 / SU Rfree Blow DPI: 0.263 / SU Rfree Cruickshank DPI: 0.269
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.252 1285 5 %RANDOM
Rwork0.209 ---
obs0.211 25715 88.2 %-
原子変位パラメータBiso max: 216.28 Å2 / Biso mean: 40.26 Å2 / Biso min: 3 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.8203 Å20 Å20 Å2
2--0.8203 Å20 Å2
3----1.6405 Å2
Refine analyzeLuzzati coordinate error obs: 0.38 Å
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.61→48.67 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3714 0 196 141 4051
Biso mean--79.76 36.67 -
残基数----481
拘束条件
Refine-IDタイプ数Restraint functionWeightDev ideal
X-RAY DIFFRACTIONt_dihedral_angle_d1348SINUSOIDAL2
X-RAY DIFFRACTIONt_trig_c_planes84HARMONIC2
X-RAY DIFFRACTIONt_gen_planes606HARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_it3999HARMONIC20
X-RAY DIFFRACTIONt_nbd
X-RAY DIFFRACTIONt_improper_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_pseud_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_chiral_improper_torsion494SEMIHARMONIC5
X-RAY DIFFRACTIONt_sum_occupancies
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_distance
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_angle
X-RAY DIFFRACTIONt_utility_torsion
X-RAY DIFFRACTIONt_ideal_dist_contact4545SEMIHARMONIC4
X-RAY DIFFRACTIONt_bond_d3999HARMONIC20.01
X-RAY DIFFRACTIONt_angle_deg5514HARMONIC21.14
X-RAY DIFFRACTIONt_omega_torsion2.66
X-RAY DIFFRACTIONt_other_torsion19.52
LS精密化 シェル解像度: 2.61→2.72 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 13
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2754 85 4.41 %
Rwork0.2242 1844 -
all0.2265 1929 -
obs--58.62 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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