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- PDB-6b3y: Crystal structure of the PH-like domain from DENND3 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b3y
タイトルCrystal structure of the PH-like domain from DENND3
要素DENN domain-containing protein 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / autophagy / guanine nucleotide exchange factor / PH-like fold
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of Rab protein signal transduction / protein catabolic process => GO:0030163 / RAB GEFs exchange GTP for GDP on RABs / endosome to lysosome transport / guanyl-nucleotide exchange factor activity / cytoplasmic vesicle
類似検索 - 分子機能
cDENN domain / dDENN domain / DENN domain, C-terminal lobe / DENN (AEX-3) domain / Domain found in a variety of signalling proteins, always encircled by uDENN and dDENN / Domain always found downstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / : / WD40 repeat, conserved site ...cDENN domain / dDENN domain / DENN domain, C-terminal lobe / DENN (AEX-3) domain / Domain found in a variety of signalling proteins, always encircled by uDENN and dDENN / Domain always found downstream of DENN domain, found in a variety of signalling proteins / Tripartite DENN domain / Tripartite DENN domain profile. / : / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DENN domain-containing protein 3
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.852 Å
データ登録者Kozlov, G. / Xu, J. / Menade, M. / Beaugrand, M. / Pan, T. / McPherson, P.S. / Gehring, K.
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: A PH-like domain of the Rab12 guanine nucleotide exchange factor DENND3 binds actin and is required for autophagy.
著者: Xu, J. / Kozlov, G. / McPherson, P.S. / Gehring, K.
履歴
登録2017年9月25日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月24日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年10月3日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DENN domain-containing protein 3
B: DENN domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,4842
ポリマ－58,4842
非ポリマー00
水3,891216
1
A: DENN domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2421
ポリマ－29,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DENN domain-containing protein 3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,2421
ポリマ－29,2421
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)82.006, 82.006, 161.448
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number92
Space group name H-MP41212

-
要素

#1: タンパク質 DENN domain-containing protein 3


分子量: 29241.914 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Dennd3, Kiaa0870 / プラスミド: pGEX-6P-1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / 参照: UniProt: A2RT67
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 216 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.32 Å3/Da / 溶媒含有率: 47 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 0.24 M sodium malonate pH 7.0, 20% PEG 3350

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CHESS / ビームライン: F1 / 波長: 0.9768 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9768 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.85→50 Å / Num. obs: 46621 / % possible obs: 97.76 % / 冗長度: 7.8 % / Rsym value: 0.061 / Net I/σ(I): 37.2
反射 シェル解像度: 1.85→1.88 Å / 冗長度: 6.6 % / Mean I/σ(I) obs: 2.3 / Num. unique obs: 4568 / Rsym value: 0.647 / % possible all: 99.1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.852→32.615 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.73
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2431 2340 5.02 %
Rwork0.1946 --
obs0.1969 46621 97.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.852→32.615 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3611 0 0 216 3827
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.013680
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.1274962
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.5592255
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.072566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.007625
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.8517-1.88950.33181240.26912565X-RAY DIFFRACTION98
1.8895-1.93060.26971490.24032554X-RAY DIFFRACTION98
1.9306-1.97550.25691310.21252606X-RAY DIFFRACTION99
1.9755-2.02490.25281340.19942601X-RAY DIFFRACTION99
2.0249-2.07960.2341370.1972611X-RAY DIFFRACTION99
2.0796-2.14080.2231370.18862591X-RAY DIFFRACTION99
2.1408-2.20990.22871570.18852603X-RAY DIFFRACTION99
2.2099-2.28890.20381360.18852589X-RAY DIFFRACTION99
2.2889-2.38050.25621420.1972588X-RAY DIFFRACTION98
2.3805-2.48880.27171320.20472618X-RAY DIFFRACTION98
2.4888-2.61990.27491470.20952588X-RAY DIFFRACTION98
2.6199-2.7840.26061660.21552569X-RAY DIFFRACTION98
2.784-2.99880.26961240.21112619X-RAY DIFFRACTION98
2.9988-3.30040.24411330.20742635X-RAY DIFFRACTION97
3.3004-3.77730.24151550.18752564X-RAY DIFFRACTION96
3.7773-4.75670.2077990.17052638X-RAY DIFFRACTION95
4.7567-32.620.24071370.19082742X-RAY DIFFRACTION94

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlc1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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