PDB-6b3l: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 fr...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b3l

タイトル

Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2,3-dihydro-1H-inden-2-amine

要素

Purine nucleoside phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE/INHIBITOR / Purine Nucleoside Phosphorylase / TRANSFERASE / TRANSFERASE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleoside metabolic process / guanosine phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase activity / purine-nucleoside phosphorylase / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 1.52 Å

データ登録者

Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal Structure of Purine Nucleoside Phosphorylase Isoform 2 from Schistosoma mansoni in complex with 2,3-dihydro-1H-inden-2-amine
著者: Faheem, M. / Neto, J.B. / Collins, P. / Pearce, N.M. / Valadares, N.F. / Bird, L. / Pereira, H.M. / Delft, F.V. / Barbosa, J.A.R.G.

履歴

登録	2017年9月22日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月26日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年10月23日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b3l.cif.gz	177.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b3l.ent.gz	144 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b3l.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b3l_validation.pdf.gz	451.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b3l_full_validation.pdf.gz	452.2 KB	表示
XML形式データ	6b3l_validation.xml.gz	14.9 KB	表示
CIF形式データ	6b3l_validation.cif.gz	22.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/6b3l ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b3/6b3l	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cxq
類似構造データ	6b7i-1 6awe-1 5tbu-1 5ko5-1 6axa-1 6bi9-1 6bi1-1 6bhb-1 6b56-1 6bb7-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

32 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

A: Purine nucleoside phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
96.1 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	99.910, 99.910, 99.910
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	198
Space group name H-M	P2₁3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-578- HOH

#1: タンパク質	Purine nucleoside phosphorylase / Inosine-guanosine phosphorylase 分子量: 31435.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Schistosoma mansoni (マンソン住血吸虫) プラスミド: pOPINS3C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Lemo21 (DE3) 参照: UniProt: A0A0U3AGT1, purine-nucleoside phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₆OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物	ChemComp-XM0 / INDAN-2-AMINE / 2-アミノインダン分子量: 133.190 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₁N
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 242 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.64 Å³/Da / 溶媒含有率: 53.48 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 6.5 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate , 0.1 M Bis-Tris, PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9282 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2015年7月3日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9282 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.52→49.96 Å / Num. obs: 51238 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.094 / Net I/σ(I): 15.7
反射シェル	解像度: 1.52→1.56 Å / 冗長度: 10 % / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3731 / CC_1/2: 0.5 / % possible all: 100

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2155: ???)	精密化
xia2		データ削減
Coot		モデル構築
PHENIX		位相決定
XDS		データスケーリング

精密化

解像度: 1.52→49.955 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 17.99 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.1994	2518	4.92 %
R_work	0.1659	-	-
obs	0.1674	51202	99.99 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.52→49.955 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2150	0	34	242	2426

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.01	2239
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.059	3030
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.197	1346
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.068	350
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	390

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.5204-1.5497	0.3081	141	0.2884	2664	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5497-1.5813	0.2951	143	0.2652	2654	X-RAY DIFFRACTION	100
1.5813-1.6157	0.2757	121	0.2412	2712	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6157-1.6533	0.2279	138	0.2268	2682	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6533-1.6946	0.2316	141	0.2081	2671	X-RAY DIFFRACTION	100
1.6946-1.7405	0.2417	147	0.2022	2669	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7405-1.7917	0.2089	162	0.1827	2674	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7917-1.8495	0.1859	133	0.1797	2687	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8495-1.9156	0.1776	174	0.1686	2670	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9156-1.9923	0.1962	125	0.1571	2703	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9923-2.083	0.195	144	0.1496	2697	X-RAY DIFFRACTION	100
2.083-2.1928	0.1765	139	0.149	2678	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1928-2.3302	0.1852	159	0.1477	2688	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3302-2.5101	0.1861	106	0.1523	2767	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5101-2.7627	0.2056	134	0.1552	2708	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7627-3.1624	0.206	138	0.1496	2730	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1624-3.984	0.1773	149	0.1549	2765	X-RAY DIFFRACTION	100
3.984-49.982	0.198	124	0.1646	2865	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	5.7045	4.1634	1.0181	9.6541	2.925	3.7771	-0.1506	0.1872	-0.7439	0.2253	0.2789	-0.633	0.4992	0.3467	-0.1682	0.177	0.0195	0.045	0.12	0.0052	0.1788	29.1693	11.8785	53.1843
2	4.3016	-0.6644	2.3374	1.8758	-1.8743	3.2622	0.0248	-0.1266	-0.4536	0.0177	0.0533	0.2299	0.4087	-0.3484	-0.0384	0.2143	-0.0402	0.0455	0.1435	-0.0302	0.2502	14.3014	9.1513	49.2405
3	5.3537	-3.6003	-5.0966	2.3261	3.5079	6.8643	-0.1458	0.0342	-0.4165	0.0344	-0.0262	0.2896	0.0583	-0.1583	0.144	0.1399	-0.0141	0.021	0.0862	0.014	0.1593	17.7156	20.4443	55.5394
4	9.4232	-4.314	-1.8931	4.023	1.7907	1.6891	0.1273	0.6182	-0.0762	-0.2981	-0.2613	0.2711	-0.1823	-0.3061	0.1664	0.1649	-0.0046	-0.0337	0.1797	-0.0024	0.0958	2.3329	25.9788	44.3064
5	1.5188	-0.0508	0.3179	0.8571	0.3271	0.7032	-0.0028	0.2511	-0.0483	-0.2182	0.0108	0.0573	-0.0213	-0.0388	0.0425	0.1482	-0.0191	-0.0054	0.1372	0.0036	0.0929	11.291	29.4711	43.2636
6	2.5709	-1.1826	-0.9475	0.6339	0.7169	0.9066	0.0538	0.0707	0.0823	-0.1155	-0.0474	-0.0046	-0.0838	-0.1049	-0.0101	0.1687	-0.0185	-0.0047	0.1629	-0.0093	0.1393	4.7325	33.0379	53.387
7	9.7004	-3.8028	-2.2404	2.0154	1.4748	1.0194	-0.0603	-0.3492	-0.3492	-0.0028	-0.0917	0.3036	0.0601	-0.137	0.1738	0.1464	-0.038	-0.0057	0.2146	-0.0222	0.1492	-2.3409	28.8088	49.8363
8	8.5328	-2.9973	-6.39	4.6582	3.1188	3.18	-0.2442	-0.2303	-0.5349	0.221	0.0706	0.2501	0.3562	0.2713	0.276	0.208	-0.0522	-0.079	0.2452	-0.0112	0.2024	0.1507	15.5665	41.8567

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 5 through 23 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 24 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 108 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 109 through 130 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 131 through 196 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 197 through 232 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 233 through 258 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 259 through 285 )

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