+
データを開く
-
基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6b2x | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Apo YiuA Crystal Form 1 | ||||||
![]() | Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter | ||||||
![]() | METAL TRANSPORT / Transition metal homeostasis / Yersinia pestis / Cluster A-2 / Substrate-binding protein | ||||||
機能・相同性 | ABC transporter periplasmic binding domain / Periplasmic binding protein / Iron siderophore/cobalamin periplasmic-binding domain profile. / periplasmic space / Solute-binding periplasmic protein of iron/siderophore ABC transporter![]() | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Radka, C.D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G. | ||||||
![]() | ![]() タイトル: The crystal structure of the Yersinia pestis iron chaperone YiuA reveals a basic triad binding motif for the chelated metal. 著者: Radka, C.D. / Chen, D. / DeLucas, L.J. / Aller, S.G. | ||||||
履歴 |
|
-
構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
---|
-
ダウンロードとリンク
-
ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 153.9 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | ![]() | 118.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 437.3 KB | 表示 | ![]() |
---|---|---|---|---|
文書・詳細版 | ![]() | 445.7 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 29.7 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 43.1 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-
リンク
-
集合体
登録構造単位 | ![]()
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | ![]()
| ||||||||
2 | ![]()
| ||||||||
単位格子 |
|
-
要素
#1: タンパク質 | 分子量: 43686.727 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() ![]() #2: 化合物 | #3: 化合物 | #4: 水 | ChemComp-HOH / | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
---|
-
試料調製
結晶 | マシュー密度: 1.88 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.72 % / 解説: long thin bars |
---|---|
結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 20% PEG 3350, 10 mM MES pH 5.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2016年10月19日 |
放射 | モノクロメーター: Double crystal cryo-cooled Si(111) プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.2828 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.199→50 Å / Num. obs: 34143 / % possible obs: 98.6 % / 冗長度: 3.2 % / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 15.3 |
反射 シェル | 解像度: 2.199→2.24 Å / 冗長度: 3 % / Rmerge(I) obs: 0.248 / Num. unique obs: 1605 / CC1/2: 0.984 / Rpim(I) all: 0.162 / % possible all: 93.9 |
-
解析
ソフトウェア |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4MO9 解像度: 2.199→41.465 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.37 / 位相誤差: 25.75
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.199→41.465 Å
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|