PDB-6b1r: Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key i...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6b1r

タイトル

Hydrogen Bonding Complementary, not size complementarity is key in the formation of the double helix

要素

DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA))-3')
DNA (5'-D(P*(IGU)P*(IGU)P*(IGU)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')
Reverse transcriptase

キーワード

DNA BINDING PROTEIN/DNA / Protein-DNA / AEGIS / unnatural base pair / host-guest system / DNA BINDING PROTEIN / DNA BINDING PROTEIN-DNA complex

機能・相同性

機能・相同性情報

regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Moloney murine leukemia virus (ウイルス)
synthetic construct (人工物)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.69 Å

データ登録者

Singh, I. / Georgiadis, M.M.

引用

ジャーナル: J. Am. Chem. Soc. / 年: 2018
タイトル: "Skinny" and "Fat" DNA: Two New Double Helices.
著者: Hoshika, S. / Singh, I. / Switzer, C. / Molt Jr., R.W. / Leal, N.A. / Kim, M.J. / Kim, M.S. / Kim, H.J. / Georgiadis, M.M. / Benner, S.A.

履歴

登録	2017年9月18日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月19日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年9月26日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation_author Item: _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.2	2018年10月3日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2019年12月25日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6b1r.cif.gz	140.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6b1r.ent.gz	105.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6b1r.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6b1r_validation.pdf.gz	443.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6b1r_full_validation.pdf.gz	447.7 KB	表示
XML形式データ	6b1r_validation.xml.gz	14.5 KB	表示
CIF形式データ	6b1r_validation.cif.gz	20.9 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1r ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/b1/6b1r	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6b1qC 6b1sC 4xo0S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6b1q-1 6b1s-d 3fsi-1 2r2t-1 2fjx-1 2fjw-1 2fjv-1 2fvp-1 1ztt-1 2r2r-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Reverse transcriptase

B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA))-3')

G: DNA (5'-D(P*(IGU)P*(IGU)P*(IGU)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')

34.3 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Reverse transcriptase

B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA))-3')

G: DNA (5'-D(P*(IGU)P*(IGU)P*(IGU)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')

A: Reverse transcriptase

B: DNA (5'-D(*CP*TP*TP*AP*TP*(1WA)P*(1WA)P*(1WA))-3')

G: DNA (5'-D(P*(IGU)P*(IGU)P*(IGU)P*AP*TP*AP*AP*G)-3')

登録者が定義した集合体
68.7 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	55.214, 146.194, 47.073
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁2₁2

#1: タンパク質	Reverse transcriptase 分子量: 29347.754 Da / 分子数: 1 / 断片: Catalytic fragment (UNP residues 683-937) / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Moloney murine leukemia virus (ウイルス) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P03355, RNA-directed DNA polymerase
#2: DNA鎖	DNA (5'-D(CPTPTPAPTP(1WA)P(1WA)P(1WA))-3') 分子量: 2463.675 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#3: DNA鎖	DNA (5'-D(P(IGU)P(IGU)P(IGU)PAPTPAPAPG)-3') 分子量: 2515.679 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 220 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.8 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.14 %
結晶化	温度: 277.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 6 % PEG 4000, 5 mM magnesium acetate and 50 mM ADA (pH 6.5)

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

APS

/ ビームライン: 31-ID / 波長: 0.97931 Å

検出器

タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月15日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.97931 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 1.69→146.194 Å / Num. obs: 43517 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.9 % / B_iso Wilson estimate: 22.41 Å² / R_merge(I) obs: 0.066 / R_pim(I) all: 0.03 / R_rim(I) all: 0.078 / R_sym value: 0.066 / Net I/av σ(I): 7.3 / Net I/σ(I): 15.5

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. unique obs	R_pim(I) all	R_rim(I) all	R_sym value	% possible all
1.691-1.78	6.5	0.644	1.2	27515	0.295	0.762	0.644	100
1.78-1.89	6.7	0.407	1.9		0.183	0.479	0.407	100
1.89-2.02	6.8	0.236	3.3		0.106	0.278	0.236	100
2.02-2.18	6.9	0.15	5		0.066	0.175	0.15	100
2.18-2.39	7.1	0.106	7		0.047	0.125	0.106	100
2.39-2.67	7.2	0.079	9		0.034	0.092	0.079	100
2.67-3.09	7.2	0.06	10.9		0.026	0.07	0.06	100
3.09-3.78	7.1	0.047	12.4		0.021	0.055	0.047	100
3.78-5.35	6.9	0.039	14.8		0.017	0.047	0.039	100
5.35-146.194	6.3	0.037	15.1		0.018	0.045	0.037	96.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
SCALA	3.3.22	データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.22	データ抽出
MOSFLM		データ削減
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4XO0

4xo0

解像度: 1.69→33.857 Å / SU ML: 0.21 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 21.64 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2299	2125	4.88 %
R_work	0.2021	-	-
obs	0.2035	43517	99.85 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.69→33.857 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1945	334	0	220	2499

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2373
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.915	3303
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	10.385	1330
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.054	359
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.007	367

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.69-1.7293	0.3426	155	0.275	2683	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7293-1.7726	0.2775	138	0.2465	2715	X-RAY DIFFRACTION	100
1.7726-1.8205	0.269	140	0.2323	2731	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8205-1.8741	0.2821	146	0.2255	2707	X-RAY DIFFRACTION	100
1.8741-1.9345	0.225	127	0.2204	2734	X-RAY DIFFRACTION	100
1.9345-2.0037	0.2638	134	0.2082	2741	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0037-2.0839	0.2443	127	0.2115	2750	X-RAY DIFFRACTION	100
2.0839-2.1787	0.2023	146	0.2051	2728	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1787-2.2936	0.2445	146	0.1998	2742	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2936-2.4372	0.219	132	0.2084	2770	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4372-2.6253	0.2297	134	0.2104	2797	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6253-2.8894	0.2393	152	0.2138	2754	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8894-3.3072	0.2122	130	0.2053	2804	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3072-4.1655	0.2272	162	0.1872	2812	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1655-33.8635	0.2097	156	0.1814	2924	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.0097	0.0469	0.0111	0.1628	0.1064	0.17	0.0902	-0.1719	-0.1011	0.0541	0.01	-0.0499	-0.0313	0.067	0.0131	0.1514	-0.0018	-0.0663	0.2231	0.0287	0.2067	10.0738	172.0809	0.224
2	0.0294	0.0351	0.0543	0.1301	-0.0111	0.0548	0.0391	-0.0476	0.005	0.0463	0.0306	0.0195	0.0474	0.1226	0.1235	0.1839	0.0087	-0.0184	0.3498	0.0555	0.1102	-0.2026	173.1775	21.5111
3	0.0155	-0.0179	-0.0198	0.0142	-0.0038	0.0636	0.0503	-0.183	-0.0656	0.1002	0.0191	0.0527	-0.0331	0.0669	-0	0.1783	-0.0213	-0.0115	0.2286	0.0502	0.194	-5.9461	173.5625	13.6338
4	0.0874	0.0998	-0.0024	0.099	-0.0462	0.1855	0.0585	-0.0667	-0.061	0.0072	-0.0022	-0.0069	0.1176	0.0873	0.0005	0.2229	0.0325	-0.0269	0.1529	-0.0072	0.1892	3.526	163.9284	-4.1199
5	0.0246	-0.017	0.0196	0.021	-0.018	0.0157	0.0042	-0.2886	-0.1329	0.0575	-0.0756	0.0381	-0.0128	0.0947	0.0001	0.1822	-0.0008	0.0026	0.2498	0.0406	0.1514	-2.0445	175.8266	12.4165
6	0.1025	0.1089	0.0103	0.1569	-0.0149	0.0776	-0.0251	0.1237	-0.2727	-0.0985	0.0035	-0.0219	0.1908	0.2136	-0.0291	0.2496	0.1076	0.002	0.2039	-0.0347	0.243	13.3475	159.2037	-7.4913
7	0.0339	0.0265	0.0453	0.0331	0.0244	0.069	-0.1631	0.0256	-0.3198	-0.0941	-0.1822	0.0272	0.0837	0.0122	-0.0241	0.4671	-0.2797	0.1042	0.4534	0.0421	0.6562	-18.6573	155.8678	12.8832
8	0.1138	0.0561	-0.0467	0.036	-0.0213	0.0119	-0.0067	-0.1103	-0.0556	0.0756	-0.1575	-0.0937	0.1455	-0.1898	-0.0744	0.2932	-0.3093	-0.056	0.2564	0.1307	1.0254	-17.4831	154.3684	16.4276

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 24 through 57 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 58 through 84 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 85 through 121 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 122 through 168 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 169 through 194 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 195 through 278 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 1 through 8 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'G' and (resid 9 through 16 )

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)