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万見
- PDB-6b0u: Crystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tub... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b0u
タイトルCrystal structure of acetyltransferase Eis from Mycobacterium tuberculosis in complex with a Lys-containing peptide
要素
  • N-acetyltransferase Eis
  • Synthetic peptide ATKAPAKKA
キーワードTRANSFERASE / histone acetylation / aminoglycoside / drug resistance / tuberculosis / acetylation
機能・相同性
機能・相同性情報


effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / N-acetyltransferase activity ...effector-mediated defense to host-produced reactive oxygen species / symbiont-mediated perturbation of host inflammatory response / symbiont-mediated suppression of host defense-related programmed cell death / aminoglycoside antibiotic catabolic process / aminoglycoside N-acetyltransferase activity / symbiont-mediated perturbation of host innate immune response / Suppression of autophagy / symbiont-mediated perturbation of host programmed cell death / bacterial extracellular vesicle / N-acetyltransferase activity / biological process involved in interaction with host / host cell cytoplasmic vesicle / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / host extracellular space / response to antibiotic / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能
N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily ...N-acetyltransferase Eis / Enhanced intracellular survival protein domain / Eis-like, acetyltransferase domain / : / Sterol carrier protein domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / Acetyltransferase (GNAT) domain / SCP2 sterol-binding domain / Nonspecific Lipid-transfer Protein; Chain A / SCP2 sterol-binding domain superfamily / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) / Gcn5-related N-acetyltransferase (GNAT) domain profile. / GNAT domain / Acyl-CoA N-acyltransferase / Aminopeptidase / 2-Layer Sandwich / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
COENZYME A / N-acetyltransferase Eis
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium tuberculosis (結核菌)
Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.8 Å
データ登録者Biswas, T. / Pang, A.H. / Garneau-Tsodikova, S. / Tsodikov, O.V.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute Of Allergy and Infectious Diseases (NIH/NIAID)AI090048 米国
引用ジャーナル: Biochemistry / 年: 2018
タイトル: Acetylation by Eis and Deacetylation by Rv1151c of Mycobacterium tuberculosis HupB: Biochemical and Structural Insight.
著者: Green, K.D. / Biswas, T. / Pang, A.H. / Willby, M.J. / Reed, M.S. / Stuchlik, O. / Pohl, J. / Posey, J.E. / Tsodikov, O.V. / Garneau-Tsodikova, S.
履歴
登録2017年9月15日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22019年12月11日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: N-acetyltransferase Eis
B: N-acetyltransferase Eis
C: N-acetyltransferase Eis
D: Synthetic peptide ATKAPAKKA
E: Synthetic peptide ATKAPAKKA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)145,69310
ポリマ－141,8555
非ポリマー3,8385
水00
1
A: N-acetyltransferase Eis
B: N-acetyltransferase Eis
C: N-acetyltransferase Eis
D: Synthetic peptide ATKAPAKKA
E: Synthetic peptide ATKAPAKKA
ヘテロ分子

A: N-acetyltransferase Eis
B: N-acetyltransferase Eis
C: N-acetyltransferase Eis
D: Synthetic peptide ATKAPAKKA
E: Synthetic peptide ATKAPAKKA
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)291,38520
ポリマ－283,71010
非ポリマー7,67510
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_758-x+2,y,-z+31
単位格子
Length a, b, c (Å)109.902, 175.866, 85.129
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 120.49, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 N-acetyltransferase Eis / Aminoglycoside N-acetyltransferase / Enhanced intracellular survival protein / Protein-lysine N- ...Aminoglycoside N-acetyltransferase / Enhanced intracellular survival protein / Protein-lysine N-acetyltransferase


分子量: 46692.902 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium tuberculosis (strain ATCC 25618 / H37Rv) (結核菌)
株: ATCC 25618 / H37Rv / 遺伝子: eis, Rv2416c, MTCY253.04 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: P9WFK7, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの
#2: タンパク質・ペプチド Synthetic peptide ATKAPAKKA


分子量: 888.084 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) Mycobacterium tuberculosis H37Rv (結核菌)
#3: 化合物
ChemComp-COA / COENZYME A / CoA


分子量: 767.534 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H36N7O16P3S

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.78 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: peptide (1 mM) and CoA (1 mM) with protein in a 1:1 ration with reservoir solution (Tris-HCl (100 mM, pH 8.5) and PEG 8,000 (13% w/v))

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年10月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.8→37.71 Å / Num. obs: 30053 / % possible obs: 87 % / Observed criterion σ(I): 2.8 / 冗長度: 2.9 % / Rmerge(I) obs: 0.06 / Net I/σ(I): 14
反射 シェル解像度: 2.8→2.85 Å / Rmerge(I) obs: 0.24 / % possible all: 87

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0189精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3R1K

3r1k


解像度: 2.8→37 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.934 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 20.379 / SU ML: 0.364 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.442 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25953 1486 5 %RANDOM
Rwork0.21192 ---
obs0.21424 28341 87.11 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 59.785 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.01 Å20 Å2-0.11 Å2
2--0.21 Å20 Å2
3----0.04 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.8→37 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数9136 0 87 0 9223
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0199432
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.028847
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.2071.97212818
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.887320272
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.66751173
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.12421.321424
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg16.067151463
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.60515121
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0650.21428
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0040.02110547
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022117
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.9946.0054725
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.9946.0044724
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.478.9925887
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.478.9935888
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.8126.2454707
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.8036.2454707
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.149.2856932
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined5.53568.7269678
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other5.53468.7329679
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.8→2.872 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.371 109 -
Rwork0.377 2148 -
obs--89.99 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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