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- PDB-6b0j: Crystal structure of Ps i-CgsB in complex with k-i-k-neocarrahexaose -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b0j
タイトルCrystal structure of Ps i-CgsB in complex with k-i-k-neocarrahexaose
要素Iota-carrageenan sulfatase
キーワードHYDROLASE / S1 sulfatase
機能・相同性sulfuric ester hydrolase activity / Sulfatase, N-terminal / Sulfatase / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / 3,6-anhydro-D-galactose / ARGININE / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / Sulfatase
機能・相同性情報
生物種Pseudoalteromonas (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.5 Å
データ登録者Hettle, A.G. / Boraston, A.B.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: The Molecular Basis of Polysaccharide Sulfatase Activity and a Nomenclature for Catalytic Subsites in this Class of Enzyme.
著者: Hettle, A.G. / Vickers, C. / Robb, C.S. / Liu, F. / Withers, S.G. / Hehemann, J.H. / Boraston, A.B.
履歴
登録2017年9月14日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22018年5月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_conn_angle / struct_asym / struct_conn / struct_conn_type / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.occupancy / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.mon_nstd_flag / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr2_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _struct_conn.conn_type_id / _struct_conn.id / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn_type.id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 2.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Iota-carrageenan sulfatase
B: Iota-carrageenan sulfatase
C: Iota-carrageenan sulfatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)160,16227
ポリマ－154,0163
非ポリマー6,14624
水4,306239
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12940 Å2
ΔGint15 kcal/mol
Surface area48960 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)123.390, 123.390, 240.110
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11LYSLYSAA28 - 4771 - 450
21LYSLYSBB28 - 4771 - 450
12LYSLYSAA28 - 4771 - 450
22LYSLYSCC28 - 4771 - 450
13THRTHRBB28 - 4781 - 451
23THRTHRCC28 - 4781 - 451

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 3分子 ABC

#1: タンパク質 Iota-carrageenan sulfatase


分子量: 51338.801 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudoalteromonas (バクテリア) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: A0A063KPH1*PLUS

-
糖 , 3種, 8分子

#2: 多糖
4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-2-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O- ...4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose-(1-4)-3,6-anhydro-2-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 726.612 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,3,2/[a2112h-1b_1-5_4*OSO/3=O/3=O][a2112h-1a_1-5_3-6_2*OSO/3=O/3=O]/1-2-1/a3-b1_b4-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
#3: 多糖 3,6-anhydro-2-O-sulfo-alpha-D-galactopyranose-(1-3)-4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 484.408 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/2,2,1/[a2112h-1b_1-5_4*OSO/3=O/3=O][a2112h-1a_1-5_3-6_2*OSO/3=O/3=O]/1-2/a3-b1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[][b-D-Galp4SO3]{[(3+1)]{}}LINUCSPDB-CARE
#5: 糖 ChemComp-G4S / 4-O-sulfo-beta-D-galactopyranose / 4-O-sulfo-beta-D-galactose / 4-O-sulfo-D-galactose / 4-O-sulfo-galactose


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 260.219 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H12O9S
識別子タイププログラム
DGalp[4S]bCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
4-sulfo-b-D-galactopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-Galp4SO3IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0

-
非ポリマー , 6種, 255分子

#4: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物
ChemComp-9RN / 3,6-anhydro-D-galactose / 3,6-アンヒドロ-α-D-ガラクトピラノ-ス


分子量: 162.141 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C6H10O5
#7: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#8: 化合物 ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER / トリス(ヒドロキシメチル)メチルアンモニウム


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#9: 化合物 ChemComp-ARG / ARGININE / L-アルギニン-ω′-カチオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 175.209 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N4O2
#10: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 239 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 58.54 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 3.65 / 詳細: PEG 3350, citric acid, arginine

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL9-2 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2014年2月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→109.8 Å / Num. obs: 63124 / CC1/2: 0.992 / Rmerge(I) obs: 0.174 / Rpim(I) all: 0.067
反射 シェル解像度: 2.5→2.64 Å / 冗長度: 6.9 % / Rmerge(I) obs: 0.78 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique all: 9074 / Num. unique obs: 63124 / CC1/2: 0.778 / Rpim(I) all: 0.311 / % possible all: 97.7

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
MOSFLMデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1HDH

1hdh


解像度: 2.5→109.75 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.915 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.9 / SU B: 9.064 / SU ML: 0.196 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.48 / ESU R Free: 0.26 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2337 3136 5 %RANDOM
Rwork0.2145 ---
obs0.2155 59927 97.2 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 74.89 Å2 / Biso mean: 27.894 Å2 / Biso min: 1 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.03 Å20 Å20 Å2
2---0.03 Å20 Å2
3---0.05 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.5→109.75 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数10625 0 376 239 11240
Biso mean--41.25 19.52 -
残基数----1354
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.01911377
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.029774
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3911.96615508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.956322811
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.97351361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.95824.376537
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.813151705
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg14.9721546
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0770.21671
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0050.02112443
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022323
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.04 Å / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数
11A30672
12B30672
21A30674
22C30674
31B30804
32C30804
LS精密化 シェル解像度: 2.5→2.565 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3 228 -
Rwork0.279 4380 -
all-4608 -
obs--97.32 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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