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万見
- PDB-6b04: Crystal structure of CfFPPS2, a lepidopteran type-II farnesyl dip... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6b04
タイトルCrystal structure of CfFPPS2, a lepidopteran type-II farnesyl diphosphate synthase, complexed with [2-(1-methylpyridin-2-yl)-1-phosphono-ethyl]phosphonic acid (inhibitor 1b)
要素Farnesyl diphosphate synthase
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / juvenile hormone / farnesyl diphosphate synthase / inhibitor design / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


pheromone biosynthetic process / farnesyl diphosphate biosynthetic process / dimethylallyltranstransferase activity / geranyltranstransferase activity / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Farnesyl pyrophosphate synthase-like / Polyprenyl synthases signature 1. / Polyprenyl synthases signature 2. / Polyprenyl synthetase, conserved site / Polyprenyl synthetase / Polyprenyl synthetase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Farnesyl Diphosphate Synthase / Isoprenoid synthase domain superfamily / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-C6J / Farnesyl pyrophosphate synthase
類似検索 - 構成要素
生物種Choristoneura fumiferana (蝶・蛾)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.83 Å
データ登録者Picard, M.-E. / Cusson, M. / Shi, R.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)436202 カナダ
引用ジャーナル: Insect Biochem. Mol. Biol. / 年: 2017
タイトル: Structural characterization of a lepidopteran type-II farnesyl diphosphate synthase from the spruce budworm, Choristoneura fumiferana: Implications for inhibitor design.
著者: Picard, M.E. / Nisole, A. / Beliveau, C. / Sen, S. / Barbar, A. / Shi, R. / Cusson, M.
履歴
登録2017年9月13日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月13日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22018年1月17日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id
改定 2.02024年5月1日Group: Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity / pdbx_entity_nonpoly
Item: _chem_comp.formula / _chem_comp.name ..._chem_comp.formula / _chem_comp.name / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Farnesyl diphosphate synthase
B: Farnesyl diphosphate synthase
C: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)118,85920
ポリマ－117,4833
非ポリマー1,37617
水16,412911
1
A: Farnesyl diphosphate synthase
B: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,21813
ポリマ－78,3222
非ポリマー89611
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-84 kcal/mol
Surface area27010 Å2
手法PISA
2
C: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子

C: Farnesyl diphosphate synthase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)79,28014
ポリマ－78,3222
非ポリマー95812
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y,-z+11
Buried area5540 Å2
ΔGint-81 kcal/mol
Surface area26500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)187.440, 122.449, 68.761
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 106.600, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11B-592-

HOH

21C-801-

HOH

-
要素

#1: タンパク質 Farnesyl diphosphate synthase / CfFPPS2 / type-II farnesyl diphosphate synthase


分子量: 39161.051 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 57-397 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Choristoneura fumiferana (蝶・蛾) / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta2 (DE3)
参照: UniProt: Q1XAB1, 転移酵素; メチル基以外のアルキル基またはアリル基を移すもの; -
#2: 化合物 ChemComp-C6J / 2-(2,2-diphosphonoethyl)-1-methylpyridin-1-ium


分子量: 282.147 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H14NO6P2
#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 911 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.78 % / Mosaicity: 0.572 °
結晶化温度: 295 K / 手法: マイクロバッチ法 / 詳細: 20% PEG3350, 0.2 M ammonium formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2015年3月20日
放射モノクロメーター: double crystal Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.82→101.18 Å / Num. obs: 131301 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 3.8 % / Rmerge(I) obs: 0.057 / Rpim(I) all: 0.034 / Rrim(I) all: 0.067 / Χ2: 1.019 / Net I/σ(I): 12.8
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
1.82-1.893.80.704130860.650.4190.821.041100
1.89-1.963.80.456130970.820.2710.5311.075100
1.96-2.053.80.291130560.9190.1720.3391.044100
2.05-2.163.80.195131380.960.1160.2271.02100
2.16-2.293.80.134131150.9810.0790.1551.007100
2.29-2.473.90.108131020.9850.0640.1261.016100
2.47-2.723.90.074131120.9930.0440.0860.982100
2.72-3.113.90.056131770.9950.0330.0661.02100
3.11-3.923.90.051131270.9950.030.0590.992100
3.92-503.80.029132910.9990.0170.0340.99599.8

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALEPACKデータスケーリング
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
DENZOデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1YV5

1yv5


解像度: 1.83→101.18 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.974 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.961 / SU B: 2.382 / SU ML: 0.071 / SU R Cruickshank DPI: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.096
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1908 6604 5 %RANDOM
Rwork0.1566 ---
obs0.1583 124696 99.68 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.61 Å2 / Biso mean: 33.66 Å2 / Biso min: 13.03 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.18 Å2-0 Å2-0.05 Å2
2---0.13 Å2-0 Å2
3---0.29 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.83→101.18 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8157 0 80 911 9148
Biso mean--28.32 44.2 -
残基数----1014
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0230.0198420
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.028039
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.0611.97911403
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.1453.00118563
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.44851019
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg41.33224.785372
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.978151529
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.3711531
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.150.21290
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.029304
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021861
LS精密化 シェル解像度: 1.825→1.873 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.283 450 -
Rwork0.266 8928 -
all-9378 -
obs--96.41 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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