PDB-6azq: Structural and biochemical characterization of a non-canonical bi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6azq

タイトル

Structural and biochemical characterization of a non-canonical biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841

要素

Putative amidase

キーワード

HYDROLASE / s-triazine / xenobiotic

機能・相同性

biuret amidohydrolase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase family / hydrolase activity / dicarbonimidic diamide / Biuret amidohydrolase

機能・相同性情報

生物種

Rhizobium leguminosarum bv. viciae (根粒菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.22 Å

データ登録者

Peat, T.S. / Esquirol, L. / Newman, J. / Scott, C.

引用

ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841.
著者: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Lucent, D. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C.

履歴

登録	2017年9月11日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6azq.cif.gz	361.3 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6azq.ent.gz	292 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6azq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6azq_validation.pdf.gz	521.2 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6azq_full_validation.pdf.gz	537.6 KB	表示
XML形式データ	6azq_validation.xml.gz	66.2 KB	表示
CIF形式データ	6azq_validation.cif.gz	90 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5bk6C 6aznSC 6azoC 6azsC S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6azn-2 7c69-d 6azn-1 5bk6-d 7c66-d 7c67-d 6azs-d 5mdl-d 6xjm-d 4bp9-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

G: Putative amidase

H: Putative amidase

A: Putative amidase

B: Putative amidase

C: Putative amidase

D: Putative amidase

E: Putative amidase

F: Putative amidase

ヘテロ分子

230 kDa, 8 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

G: Putative amidase

H: Putative amidase

C: Putative amidase

D: Putative amidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

A: Putative amidase

B: Putative amidase

E: Putative amidase

F: Putative amidase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
115 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.702, 87.303, 341.695
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	ASN	ASN	PRO	PRO	G	A	8 - 233	28 - 253
2	1	ASN	ASN	PRO	PRO	H	B	8 - 233	28 - 253
1	2	ASN	ASN	PRO	PRO	G	A	8 - 233	28 - 253
2	2	ASN	ASN	PRO	PRO	A	C	8 - 233	28 - 253
1	3	ASN	ASN	PRO	PRO	G	A	8 - 233	28 - 253
2	3	ASN	ASN	PRO	PRO	B	D	8 - 233	28 - 253
1	4	ARG	ARG	LEU	LEU	G	A	9 - 232	29 - 252
2	4	ARG	ARG	LEU	LEU	C	E	9 - 232	29 - 252
1	5	ASN	ASN	PRO	PRO	G	A	8 - 233	28 - 253
2	5	ASN	ASN	PRO	PRO	D	F	8 - 233	28 - 253
1	6	ASN	ASN	PRO	PRO	G	A	8 - 233	28 - 253
2	6	ASN	ASN	PRO	PRO	E	G	8 - 233	28 - 253
1	7	ARG	ARG	LEU	LEU	G	A	9 - 232	29 - 252
2	7	ARG	ARG	LEU	LEU	F	H	9 - 232	29 - 252
1	8	ASN	ASN	PRO	PRO	H	B	8 - 233	28 - 253
2	8	ASN	ASN	PRO	PRO	A	C	8 - 233	28 - 253
1	9	ASN	ASN	PRO	PRO	H	B	8 - 233	28 - 253
2	9	ASN	ASN	PRO	PRO	B	D	8 - 233	28 - 253
1	10	ARG	ARG	LEU	LEU	H	B	9 - 232	29 - 252
2	10	ARG	ARG	LEU	LEU	C	E	9 - 232	29 - 252
1	11	ASN	ASN	PRO	PRO	H	B	8 - 233	28 - 253
2	11	ASN	ASN	PRO	PRO	D	F	8 - 233	28 - 253
1	12	ASN	ASN	PRO	PRO	H	B	8 - 233	28 - 253
2	12	ASN	ASN	PRO	PRO	E	G	8 - 233	28 - 253
1	13	ARG	ARG	LEU	LEU	H	B	9 - 232	29 - 252
2	13	ARG	ARG	LEU	LEU	F	H	9 - 232	29 - 252
1	14	ASN	ASN	PRO	PRO	A	C	8 - 233	28 - 253
2	14	ASN	ASN	PRO	PRO	B	D	8 - 233	28 - 253
1	15	ARG	ARG	LEU	LEU	A	C	9 - 232	29 - 252
2	15	ARG	ARG	LEU	LEU	C	E	9 - 232	29 - 252
1	16	ASN	ASN	PRO	PRO	A	C	8 - 233	28 - 253
2	16	ASN	ASN	PRO	PRO	D	F	8 - 233	28 - 253
1	17	ASN	ASN	PRO	PRO	A	C	8 - 233	28 - 253
2	17	ASN	ASN	PRO	PRO	E	G	8 - 233	28 - 253
1	18	ARG	ARG	LEU	LEU	A	C	9 - 232	29 - 252
2	18	ARG	ARG	LEU	LEU	F	H	9 - 232	29 - 252
1	19	ARG	ARG	LEU	LEU	B	D	9 - 232	29 - 252
2	19	ARG	ARG	LEU	LEU	C	E	9 - 232	29 - 252
1	20	ASN	ASN	PRO	PRO	B	D	8 - 233	28 - 253
2	20	ASN	ASN	PRO	PRO	D	F	8 - 233	28 - 253
1	21	ASN	ASN	PRO	PRO	B	D	8 - 233	28 - 253
2	21	ASN	ASN	PRO	PRO	E	G	8 - 233	28 - 253
1	22	ARG	ARG	LEU	LEU	B	D	9 - 232	29 - 252
2	22	ARG	ARG	LEU	LEU	F	H	9 - 232	29 - 252
1	23	ARG	ARG	LEU	LEU	C	E	9 - 232	29 - 252
2	23	ARG	ARG	LEU	LEU	D	F	9 - 232	29 - 252
1	24	ARG	ARG	LEU	LEU	C	E	9 - 232	29 - 252
2	24	ARG	ARG	LEU	LEU	E	G	9 - 232	29 - 252
1	25	ARG	ARG	PRO	PRO	C	E	9 - 233	29 - 253
2	25	ARG	ARG	PRO	PRO	F	H	9 - 233	29 - 253
1	26	ASN	ASN	PRO	PRO	D	F	8 - 233	28 - 253
2	26	ASN	ASN	PRO	PRO	E	G	8 - 233	28 - 253
1	27	ARG	ARG	LEU	LEU	D	F	9 - 232	29 - 252
2	27	ARG	ARG	LEU	LEU	F	H	9 - 232	29 - 252
1	28	ARG	ARG	LEU	LEU	E	G	9 - 232	29 - 252
2	28	ARG	ARG	LEU	LEU	F	H	9 - 232	29 - 252

NCSアンサンブル:

#1: タンパク質	Putative amidase 分子量: 28634.611 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. viciae (strain 3841) (根粒菌) 株: 3841 / 遺伝子: pRL100352 / プラスミド: pETcc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q1M7F4
#2: 化合物	ChemComp-C5J / dicarbonimidic diamide / ビウレット分子量: 103.080 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂H₅N₃O₂
#3: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 409 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.4 Å³/Da / 溶媒含有率: 48.74 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5 詳細: Sitting drops were set up with 200 nL protein at 13 mg/mL plus 200 nL reservoir: 11.9% (w/v) PEG 8000, 27 mM calcium chloride, 100 mM citrate buffer at pH 5.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 210 / 検出器: CCD / 日付: 2017年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.22→47.7 Å / Num. obs: 110156 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 7.4 % / CC_1/2: 0.99 / R_merge(I) obs: 0.159 / R_pim(I) all: 0.093 / Net I/σ(I): 7.7
反射シェル	解像度: 2.22→2.26 Å / 冗長度: 7.1 % / R_merge(I) obs: 0.726 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 5317 / CC_1/2: 0.652 / R_pim(I) all: 0.434 / % possible all: 98.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
xia2		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 6azn

6azn

解像度: 2.22→42.85 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.894 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.873 / SU B: 8.695 / SU ML: 0.212 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.311 / ESU R Free: 0.232 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.27744	5462	5 %	RANDOM
R_work	0.24901	-	-	-
obs	0.25044	104573	99.94 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 32.755 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.45 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-1.07 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.37 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.22→42.85 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13849	0	54	409	14312

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.019	14270
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	13278
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.433	1.97	19363
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.019	3	30795
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.005	5	1816
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	32.712	23.645	620
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.12	15	2346
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.125	15	112
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.094	0.2	2119
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.021	16012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2804
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.314	3.27	7261
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.313	3.27	7260
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.388	4.897	9078
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.388	4.897	9079
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.294	3.408	7009
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.293	3.408	7010
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.421	5.059	10286
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.077	62.37	61966
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.077	62.37	61967
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	数	Rms dev position (Å)
1	1	G	15274	0.05
1	2	H	15274	0.05
2	1	G	15342	0.04
2	2	A	15342	0.04
3	1	G	15258	0.05
3	2	B	15258	0.05
4	1	G	15086	0.05
4	2	C	15086	0.05
5	1	G	15296	0.05
5	2	D	15296	0.05
6	1	G	15302	0.04
6	2	E	15302	0.04
7	1	G	15140	0.05
7	2	F	15140	0.05
8	1	H	15308	0.05
8	2	A	15308	0.05
9	1	H	15326	0.04
9	2	B	15326	0.04
10	1	H	15138	0.06
10	2	C	15138	0.06
11	1	H	15374	0.04
11	2	D	15374	0.04
12	1	H	15276	0.05
12	2	E	15276	0.05
13	1	H	15228	0.04
13	2	F	15228	0.04
14	1	A	15136	0.05
14	2	B	15136	0.05
15	1	A	14982	0.05
15	2	C	14982	0.05
16	1	A	15180	0.05
16	2	D	15180	0.05
17	1	A	15192	0.05
17	2	E	15192	0.05
18	1	A	15018	0.05
18	2	F	15018	0.05
19	1	B	15044	0.06
19	2	C	15044	0.06
20	1	B	15274	0.05
20	2	D	15274	0.05
21	1	B	15220	0.05
21	2	E	15220	0.05
22	1	B	15130	0.05
22	2	F	15130	0.05
23	1	C	15122	0.06
23	2	D	15122	0.06
24	1	C	15130	0.05
24	2	E	15130	0.05
25	1	C	15186	0.06
25	2	F	15186	0.06
26	1	D	15156	0.05
26	2	E	15156	0.05
27	1	D	15076	0.05
27	2	F	15076	0.05
28	1	E	15102	0.05
28	2	F	15102	0.05

LS精密化シェル

解像度: 2.22→2.278 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.357	386	-
R_work	0.322	7592	-
obs	-	-	99.63 %

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