[日本語] English
万見
- PDB-6azo: Structural and biochemical characterization of a non-canonical bi... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6azo
タイトルStructural and biochemical characterization of a non-canonical biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841
要素Putative amidase
キーワードHYDROLASE / s-triazine / xenobiotic
機能・相同性biuret amidohydrolase / : / Isochorismatase-like / Isochorismatase-like superfamily / Isochorismatase domain / hydrolase activity / Biuret amidohydrolase
機能・相同性情報
生物種Rhizobium leguminosarum bv. viciae (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.46 Å
データ登録者Peat, T.S. / Esquirol, L. / Newman, J. / Scott, C.
引用ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2018
タイトル: Structural and biochemical characterization of the biuret hydrolase (BiuH) from the cyanuric acid catabolism pathway of Rhizobium leguminasorum bv. viciae 3841.
著者: Esquirol, L. / Peat, T.S. / Wilding, M. / Lucent, D. / French, N.G. / Hartley, C.J. / Newman, J. / Scott, C.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年11月6日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Putative amidase
B: Putative amidase
C: Putative amidase
D: Putative amidase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)116,3626
ポリマ－116,2914
非ポリマー712
水7,440413
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area12170 Å2
ΔGint-43 kcal/mol
Surface area29060 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)135.688, 100.957, 65.605
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 91.84, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASN / Beg label comp-ID: ASN / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11PROPROAA8 - 23728 - 257
21PROPROBB8 - 23728 - 257
12VALVALAA8 - 23628 - 256
22VALVALCC8 - 23628 - 256
13PROPROAA8 - 23728 - 257
23PROPRODD8 - 23728 - 257
14VALVALBB8 - 23628 - 256
24VALVALCC8 - 23628 - 256
15PROPROBB8 - 23728 - 257
25PROPRODD8 - 23728 - 257
16VALVALCC8 - 23628 - 256
26VALVALDD8 - 23628 - 256

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
Putative amidase


分子量: 29072.729 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhizobium leguminosarum bv. viciae (strain 3841) (根粒菌)
株: 3841 / 遺伝子: pRL100352 / プラスミド: pETcc2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 / Variant (発現宿主): DE3 / 参照: UniProt: Q1M7F4
#2: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 413 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.96 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.23 %
結晶化温度: 281 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.1
詳細: Protein at 4 mg/mL was set up in 200 nL plus 200 nL drops with reservoir: 100 mM bis-tris chloride at pH 6.1, 20.7% (w/v) PEG 4000, 89 mM lithium sulfate at 8C

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 0.97919 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月30日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97919 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.46→47.9 Å / Num. obs: 32094 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 19.8 % / CC1/2: 0.991 / Rpim(I) all: 0.066 / Net I/σ(I): 11.4
反射 シェル解像度: 2.46→2.56 Å / 冗長度: 7.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2.7 / Num. unique obs: 3560 / CC1/2: 0.817 / Rpim(I) all: 0.307 / % possible all: 98

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.46→44.99 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.894 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.83 / SU B: 12.347 / SU ML: 0.268 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 1.997 / ESU R Free: 0.342 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.27603 1647 5.1 %RANDOM
Rwork0.22525 ---
obs0.22789 30444 99.74 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 17.304 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-1.78 Å20 Å20.02 Å2
2---0.55 Å2-0 Å2
3----1.23 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.46→44.99 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7038 0 2 413 7453
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0120.0197203
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.026727
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6341.9819775
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.077315607
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.0825918
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.56823.645310
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.873151109
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.0131556
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0980.21077
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0090.0218048
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.021408
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.8621.7733683
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.861.7713682
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.4742.6524597
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.4742.6534598
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.8511.83520
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8511.8013521
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.4232.6855179
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined3.62132.90131828
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other3.5733.02531533
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A152420.07
12B152420.07
21A151760.07
22C151760.07
31A152920.06
32D152920.06
41B154520.05
42C154520.05
51B151800.07
52D151800.07
61C151940.07
62D151940.07
LS精密化 シェル解像度: 2.46→2.524 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.344 114 -
Rwork0.289 2188 -
obs--97.3 %

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る