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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6azk | |||||||||
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タイトル | Structure of cetuximab with aminoheptanoic acid-linked N-(3-hydroxypropyl)-L-arginine meditope variant | |||||||||
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![]() | IMMUNE SYSTEM / antibody / anti-EGFR | |||||||||
機能・相同性 | ![]() IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation ...IgD immunoglobulin complex / IgM immunoglobulin complex / IgA immunoglobulin complex / IgE immunoglobulin complex / CD22 mediated BCR regulation / IgG immunoglobulin complex / Fc epsilon receptor (FCERI) signaling / Classical antibody-mediated complement activation / Initial triggering of complement / FCGR activation / immunoglobulin mediated immune response / Role of phospholipids in phagocytosis / Role of LAT2/NTAL/LAB on calcium mobilization / Scavenging of heme from plasma / immunoglobulin complex, circulating / immunoglobulin receptor binding / FCERI mediated Ca+2 mobilization / FCGR3A-mediated IL10 synthesis / Antigen activates B Cell Receptor (BCR) leading to generation of second messengers / complement activation, classical pathway / Regulation of Complement cascade / Cell surface interactions at the vascular wall / FCERI mediated MAPK activation / FCGR3A-mediated phagocytosis / antigen binding / B cell receptor signaling pathway / Regulation of actin dynamics for phagocytic cup formation / FCERI mediated NF-kB activation / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / antibacterial humoral response / adaptive immune response / Potential therapeutics for SARS / blood microparticle / immune response / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() ![]() ![]() synthetic construct (人工物) | |||||||||
手法 | ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Bzymek, K.P. / Williams, J.C. | |||||||||
![]() | ![]() タイトル: Meditope-Fab interaction: threading the hole. 著者: Bzymek, K.P. / Ma, Y. / Avery, K.N. / Horne, D.A. / Williams, J.C. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 194.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 152.6 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 465.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 37.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 54.3 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: 抗体 | 分子量: 23287.705 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: chimeric murine/human antibody purified from Erbitux 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: P01834 #2: 抗体 | 分子量: 23725.504 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: chimeric murine/human antibody purified from Erbitux 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 発現宿主: unidentified (未定義) / 参照: UniProt: S6B291 #3: タンパク質・ペプチド | 分子量: 1450.726 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物) #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 配列の詳細 | Sequence of cetuximab Fab light chain in this entry matches to the sequence of cetuximab Fab light ...Sequence of cetuximab Fab light chain in this entry matches to the sequence of cetuximab Fab light chain from the first deposited cetuximab structure in PDB (1yy8) | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.86 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 0.1 M citrate pH 5, 1.8 M ammonium sulfate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: ![]() |
検出器 | タイプ: RIGAKU RAXIS IV++ / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 2012年4月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.5418 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.477→33.113 Å / Num. obs: 40781 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.8 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.067 / Net I/σ(I): 19.8 |
反射 シェル | 解像度: 2.48→2.54 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.207 / Mean I/σ(I) obs: 6.5 / Num. unique obs: 2690 / CC1/2: 0.954 / % possible all: 90.1 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4gw1 解像度: 2.477→33.113 Å / SU ML: 0.29 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 2.02 / 位相誤差: 19.04
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.477→33.113 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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