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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6azh | ||||||
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タイトル | Clostridium perfringens putative fatty acid metabolism regulator | ||||||
要素 | TetR family transcriptional regulator | ||||||
キーワード | TRANSCRIPTION / Regulator | ||||||
機能・相同性 | Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / : 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å | ||||||
データ登録者 | William, W.G. / Redinbo, M.R. | ||||||
引用 | ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018 タイトル: Structural basis for the regulation of beta-glucuronidase expression by human gut Enterobacteriaceae. 著者: Little, M.S. / Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Tripathy, A. / Redinbo, M.R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6azh.cif.gz | 92.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6azh.ent.gz | 74.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6azh.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6azh_validation.pdf.gz | 431.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6azh_full_validation.pdf.gz | 434.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6azh_validation.xml.gz | 19 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6azh_validation.cif.gz | 28.7 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/az/6azh | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 22434.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌) 遺伝子: BXT94_00180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9V3V3 #2: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Formate |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97935 Å |
検出器 | タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97935 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.68→29.104 Å / Num. obs: 39564 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 23.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 解像度: 1.75→29.104 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.35
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.104 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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