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- PDB-6azh: Clostridium perfringens putative fatty acid metabolism regulator -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6azh
タイトルClostridium perfringens putative fatty acid metabolism regulator
要素TetR family transcriptional regulator
キーワードTRANSCRIPTION / Regulator
機能・相同性Homeodomain-like / Arc Repressor Mutant, subunit A / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha / :
機能・相同性情報
生物種Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.75 Å
データ登録者William, W.G. / Redinbo, M.R.
引用ジャーナル: Proc. Natl. Acad. Sci. U.S.A. / 年: 2018
タイトル: Structural basis for the regulation of beta-glucuronidase expression by human gut Enterobacteriaceae.
著者: Little, M.S. / Pellock, S.J. / Walton, W.G. / Tripathy, A. / Redinbo, M.R.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年12月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月3日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年1月17日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.32024年10月30日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: TetR family transcriptional regulator
B: TetR family transcriptional regulator


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)44,8682
ポリマ－44,8682
非ポリマー00
水7,116395
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-28 kcal/mol
Surface area16750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.869, 93.873, 55.067
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 96.07, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 TetR family transcriptional regulator


分子量: 22434.172 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Clostridium perfringens (ウェルシュ菌)
遺伝子: BXT94_00180 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A1U9V3V3
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 395 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.28 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.14 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: 20% PEG 3350, 0.2 M Sodium Formate

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 23-ID-B / 波長: 0.97935 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年10月15日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97935 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.68→29.104 Å / Num. obs: 39564 / % possible obs: 97.5 % / 冗長度: 7.1 % / Net I/σ(I): 23.7

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1_2575精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
AutoSol位相決定
精密化解像度: 1.75→29.104 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.35
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2253 1999 5.09 %
Rwork0.1964 --
obs0.1979 39276 96.78 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→29.104 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3034 0 0 395 3429
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0073097
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7434157
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d2.4192275
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047472
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004524
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.75-1.79380.28531430.23212667X-RAY DIFFRACTION98
1.7938-1.84230.3141440.24382700X-RAY DIFFRACTION98
1.8423-1.89650.33471450.27082689X-RAY DIFFRACTION97
1.8965-1.95770.38161270.35632357X-RAY DIFFRACTION87
1.9577-2.02760.2691440.21532683X-RAY DIFFRACTION99
2.0276-2.10880.24871420.23852647X-RAY DIFFRACTION96
2.1088-2.20470.22511450.19822702X-RAY DIFFRACTION99
2.2047-2.32090.28181360.2222545X-RAY DIFFRACTION92
2.3209-2.46630.22071450.19592708X-RAY DIFFRACTION99
2.4663-2.65660.21591460.18192721X-RAY DIFFRACTION99
2.6566-2.92370.18561450.19412716X-RAY DIFFRACTION99
2.9237-3.34620.20311460.19592710X-RAY DIFFRACTION99
3.3462-4.21380.22661430.16662670X-RAY DIFFRACTION96
4.2138-29.10760.17651480.16552762X-RAY DIFFRACTION99

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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