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- PDB-6aze: Crystal Structure of the BPTF PHD-bromodomain module bound to H3K... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aze
タイトルCrystal Structure of the BPTF PHD-bromodomain module bound to H3KC4me3 methyl lysine analog
要素
  • ALA-ARG-THR-ML3-GLN-THR
  • Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
キーワードGENE REGULATION / PHD-finger / bromodomain / histone reader / methyllsine analog / MLA
機能・相同性
機能・相同性情報


NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening ...NURF complex / endoderm development / anterior/posterior pattern specification / ATPase complex / embryonic placenta development / Chromatin modifying enzymes / methylated histone binding / telomere organization / Interleukin-7 signaling / RNA Polymerase I Promoter Opening / epigenetic regulation of gene expression / Assembly of the ORC complex at the origin of replication / Regulation of endogenous retroelements by the Human Silencing Hub (HUSH) complex / DNA methylation / Condensation of Prophase Chromosomes / cellular response to nerve growth factor stimulus / SIRT1 negatively regulates rRNA expression / Chromatin modifications during the maternal to zygotic transition (MZT) / ERCC6 (CSB) and EHMT2 (G9a) positively regulate rRNA expression / HCMV Late Events / PRC2 methylates histones and DNA / Regulation of endogenous retroelements by KRAB-ZFP proteins / Defective pyroptosis / Regulation of endogenous retroelements by Piwi-interacting RNAs (piRNAs) / HDACs deacetylate histones / RNA Polymerase I Promoter Escape / Transcriptional regulation by small RNAs / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / brain development / RUNX1 regulates genes involved in megakaryocyte differentiation and platelet function / NoRC negatively regulates rRNA expression / Activated PKN1 stimulates transcription of AR (androgen receptor) regulated genes KLK2 and KLK3 / HDMs demethylate histones / B-WICH complex positively regulates rRNA expression / PKMTs methylate histone lysines / Meiotic recombination / Pre-NOTCH Transcription and Translation / RMTs methylate histone arginines / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / HCMV Early Events / Transcriptional regulation of granulopoiesis / structural constituent of chromatin / nucleosome / nucleosome assembly / chromatin organization / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of HSCs / Factors involved in megakaryocyte development and platelet production / HATs acetylate histones / gene expression / cell body / Senescence-Associated Secretory Phenotype (SASP) / Oxidative Stress Induced Senescence / Estrogen-dependent gene expression / sequence-specific DNA binding / cadherin binding / chromatin remodeling / protein heterodimerization activity / RNA polymerase II cis-regulatory region sequence-specific DNA binding / Amyloid fiber formation / dendrite / regulation of DNA-templated transcription / chromatin / regulation of transcription by RNA polymerase II / perinuclear region of cytoplasm / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / DNA binding / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / membrane / nucleus / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site ...Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / DDT domain / DDT domain / WHIM2 domain / Williams-Beuren syndrome DDT (WSD), D-TOX E motif / DDT domain profile. / domain in different transcription and chromosome remodeling factors / Zinc/RING finger domain, C3HC4 (zinc finger) / Herpes Virus-1 / Zinc finger, PHD-type, conserved site / PHD-finger / Zinc finger PHD-type signature. / Zinc finger PHD-type profile. / Zinc finger, PHD-finger / Zinc finger, PHD-type / PHD zinc finger / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Histone H3 signature 1. / Histone H3 signature 2. / Histone H3 / Histone H3/CENP-A / Zinc finger, FYVE/PHD-type / Histone H2A/H2B/H3 / Core histone H2A/H2B/H3/H4 / Histone-fold / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / Bromodomain / Bromodomain profile. / bromo domain / Bromodomain / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / 2-Layer Sandwich / Mainly Alpha / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Histone H3.1 / Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.451 Å
データ登録者Chen, Z. / Ruthenburg, A.J.
資金援助 米国, 3件
組織認可番号国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)R01-GM115945 米国
National Institutes of Health/National Human Genome Research Institute (NIH/NHGRI)R21HG007426 米国
American Cancer Society130230- RSG-16-248-01-DMC 米国
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Quantitative and structural assessment of methyllysine analog engagement by cognate binding proteins reveals decrements that can impact qualitative experiment interpretation
著者: Chen, Z. / Ruthenburg, A.J. / Notti, R.Q. / Ueberheide, B. / Banaszynski, L.A.
履歴
登録2017年9月11日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月19日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年1月1日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF
P: ALA-ARG-THR-ML3-GLN-THR
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)20,5964
ポリマ－20,4652
非ポリマー1312
水1,838102
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: isothermal titration calorimetry, monomeric binding model fits well. No evidence for oligomerization from gel filtration and DLS.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1060 Å2
ΔGint-3 kcal/mol
Surface area10700 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)38.263, 64.130, 85.670
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Nucleosome-remodeling factor subunit BPTF / Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal ...Bromodomain and PHD finger-containing transcription factor / Fetal Alz-50 clone 1 protein / Fetal Alzheimer antigen


分子量: 19699.434 Da / 分子数: 1 / 断片: PHD-bromodomain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: BPTF, FAC1, FALZ / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q12830
#2: タンパク質・ペプチド ALA-ARG-THR-ML3-GLN-THR


分子量: 765.922 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 詳細: synthetic peptide made by SPSS / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P68431*PLUS
#3: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 102 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.57 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.1 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 1uL complex solution (~8 mg/ml of [1:1.2 protein to peptide molar ratio] in 100 mM KCl, 10 mM HEPES KOH, pH 7.5 and 5 mM DTT) + 1 uL reservoir (12% (w/v) polyethylene glycol 6000, 5% ...詳細: 1uL complex solution (~8 mg/ml of [1:1.2 protein to peptide molar ratio] in 100 mM KCl, 10 mM HEPES KOH, pH 7.5 and 5 mM DTT) + 1 uL reservoir (12% (w/v) polyethylene glycol 6000, 5% glycerol, 100 mM KCl, and 10 mM MgCl2 buffer), equilibrated against 1mL of reservoir in Nextal hanging drop plate format.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月21日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.45→25 Å / Num. obs: 6994 / % possible obs: 85.2 % / 冗長度: 4.8 % / Rmerge(I) obs: 0.103 / Χ2: 1.05 / Net I/σ(I): 7
反射 シェル
解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsΧ2Diffraction-ID% possible all
2.45-2.4930.3193071.083176.6
2.49-2.543.10.2733121.002178.4
2.54-2.593.50.2513260.98181.3
2.59-2.643.70.2843321.08185.8
2.64-2.740.2193551.073185.1
2.7-2.764.40.2263551.055186.8
2.76-2.834.60.2093381.097188.3
2.83-2.94.80.1823641.035189.2
2.9-2.994.90.1553641.065189.4
2.99-3.095.20.1533491.051188.6
3.09-3.25.30.1463741.094188.6
3.2-3.325.40.1233421.092188.1
3.32-3.475.40.1133701.063187.7
3.47-3.665.40.093481.082187.4
3.66-3.895.50.0733621.04186.2
3.89-4.185.50.0673501.021185.2
4.18-4.65.40.0653561.06186
4.6-5.265.40.0623570.999184.4
5.26-6.615.30.0773661.024182.6
6.61-2550.0663670.993178.9

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MR
最高解像度最低解像度
Rotation5.66 Å23.62 Å
Translation5.66 Å23.62 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ収集
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER2.5.5位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 2.451→23.623 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.38 / 詳細: PHENIX
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2131 356 5.1 %Random selection
Rwork0.1797 ---
obs0.1814 6975 85.22 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.51 Å2 / Biso mean: 24.53 Å2 / Biso min: 11.09 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.451→23.623 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1413 0 2 102 1517
Biso mean--19.18 27.04 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0121456
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.4691973
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.056206
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009252
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.028542
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 3

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4507-2.80480.29521130.21532087220083
2.8048-3.53180.22191210.19082270239189
3.5318-23.62460.17741220.15842262238484

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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