PDB-6ayz: Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6ayz

タイトル

Crystal structure of Asf1-Fab 12E complex

要素

Fab Heavy Chain
Fab Light Chain
Histone chaperone ASF1

キーワード

IMMUNE SYSTEM / Antibody / Complex / Asf1 / Crystal Chaperone

機能・相同性

機能・相同性情報

Formation of Senescence-Associated Heterochromatin Foci (SAHF) / H3 histone acetyltransferase complex / DNA replication-dependent chromatin assembly / acetyltransferase activator activity / nucleosome disassembly / silent mating-type cassette heterochromatin formation / cellular response to stress / negative regulation of DNA damage checkpoint / subtelomeric heterochromatin formation / regulation of DNA repair ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.096 Å

データ登録者

Bailey, L.J. / Kossiakoff, A.A.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM094588	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM087519	米国
National Institutes of Health/National Institute of General Medical Sciences (NIH/NIGMS)	GM117372	米国

引用

ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Locking the Elbow: Improved Antibody Fab Fragments as Chaperones for Structure Determination.
著者: Bailey, L.J. / Sheehy, K.M. / Dominik, P.K. / Liang, W.G. / Rui, H. / Clark, M. / Jaskolowski, M. / Kim, Y. / Deneka, D. / Tang, W.J. / Kossiakoff, A.A.

履歴

登録	2017年9月8日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年1月17日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.2	2020年1月1日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.3	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6ayz.cif.gz	463.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6ayz.ent.gz	379.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6ayz.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6ayz_validation.pdf.gz	459.5 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6ayz_full_validation.pdf.gz	463.4 KB	表示
XML形式データ	6ayz_validation.xml.gz	47.8 KB	表示
CIF形式データ	6ayz_validation.cif.gz	69.6 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ayz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ay/6ayz	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	5cjoC 6az2C 5uea C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6az2-1 5uea-1 5ucb-d 4rrp-3 5uek-d 4rrp-5 4rrp-1 6az2-2 4rrp-6 5vkd-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#21 - 2001年9月抗体 (Antibodies) 類似性 (1) #256 - 2021年4月 SARSコロナウイルス2型のスパイクと抗体 (SARS-CoV-2 Spike and Antibodies) 類似性 (1)

登録構造単位

B: Fab Heavy Chain

C: Fab Light Chain

D: Fab Light Chain

M: Histone chaperone ASF1

R: Fab Heavy Chain

A: Histone chaperone ASF1

129 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

B: Fab Heavy Chain

D: Fab Light Chain

A: Histone chaperone ASF1

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
64.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

C: Fab Light Chain

M: Histone chaperone ASF1

R: Fab Heavy Chain

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
64.5 kDa, 3 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	86.811, 77.445, 101.734
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 110.56, 90.00
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

#1: 抗体	Fab Heavy Chain 分子量: 23708.410 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体	Fab Light Chain 分子量: 23355.900 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: タンパク質	Histone chaperone ASF1 / Anti-silencing function protein 1 / yASF1 分子量: 17428.648 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (strain ATCC 204508 / S288c) (パン酵母) 株: ATCC 204508 / S288c / 遺伝子: ASF1, CIA1, YJL115W, J0755 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P32447
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 739 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.49 Å³/Da / 溶媒含有率: 50.65 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1 / 詳細: 0.2 M Ammonium Acetate, 20% PEG 3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.97918 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2012年6月20日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97918 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.096→35.952 Å / Num. obs: 73866 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 32.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10_2152: ???)	精密化
HKL-2000		データ収集
SCALEPACK		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

解像度: 2.096→35.952 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 25.67 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.236	3712	5.03 %
R_work	0.1914	-	-
obs	0.1937	73866	99.39 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.096→35.952 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	8889	0	0	739	9628

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	9120
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.666	12442
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	11.083	5434
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.047	1413
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.004	1591

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.0958-2.1224	0.2709	122	0.242	2275	X-RAY DIFFRACTION	87
2.1224-2.1503	0.3109	148	0.235	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1503-2.1797	0.2917	137	0.2327	2561	X-RAY DIFFRACTION	100
2.1797-2.2109	0.2733	125	0.2312	2637	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2109-2.2439	0.2523	139	0.2271	2580	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2439-2.2789	0.299	114	0.2352	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
2.2789-2.3163	0.2698	148	0.2291	2551	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3163-2.3562	0.3326	123	0.2285	2621	X-RAY DIFFRACTION	100
2.3562-2.399	0.2912	144	0.2368	2574	X-RAY DIFFRACTION	100
2.399-2.4452	0.297	107	0.227	2626	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4452-2.4951	0.2822	143	0.2252	2640	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4951-2.5493	0.2947	125	0.2239	2596	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5493-2.6086	0.262	148	0.2256	2603	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6086-2.6738	0.28	156	0.2202	2586	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6738-2.7461	0.2563	131	0.2228	2585	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7461-2.8269	0.2695	141	0.2139	2632	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8269-2.9181	0.3462	134	0.2277	2608	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9181-3.0223	0.2677	132	0.2278	2614	X-RAY DIFFRACTION	100
3.0223-3.1432	0.2462	144	0.2173	2594	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1432-3.2862	0.2598	127	0.2055	2647	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2862-3.4593	0.2547	144	0.2078	2601	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4593-3.6759	0.2078	154	0.184	2607	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6759-3.9594	0.2276	139	0.176	2609	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9594-4.3572	0.2147	159	0.1592	2597	X-RAY DIFFRACTION	100
4.3572-4.9863	0.1649	140	0.1282	2638	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9863-6.2767	0.1734	144	0.1556	2639	X-RAY DIFFRACTION	100
6.2767-35.9577	0.1868	144	0.1512	2701	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.7072	-0.2685	0.5324	0.2478	-0.0012	0.4168	0.0893	-0.1981	-0.0516	0.0011	-0.0047	-0.009	0.0373	-0.1105	-0.083	0.3124	-0.0355	0.0085	0.2251	0.0146	0.2356	38.074	8.204	94.3028
2	2.653	0.0853	0.7281	0.1881	-0.0816	1.1369	0.0057	-0.3301	-0.2119	-0.0167	0.0906	0.0754	0.2172	-0.3781	-0.0956	0.2966	-0.0525	-0.0109	0.3189	0.0458	0.2484	2.5308	-2.8426	44.6722
3	2.676	-0.5855	0.9431	0.342	-0.2048	0.7188	0.0014	0.221	-0.2994	0.0112	0.0352	0.0162	0.0594	0.109	-0.0534	0.2464	-0.0088	0.0054	0.1805	-0.0236	0.2256	43.6496	-0.7574	79.6425
4	1.4824	0.0486	0.4409	1.7982	-0.7262	1.9989	-0.0403	0.1583	0.1393	-0.0051	0.0132	-0.1029	-0.1519	0.1469	0.0382	0.1883	-0.0219	-0.0067	0.2767	0.0008	0.2389	46.8133	2.7659	45.1047
5	3.0398	-0.1691	0.4731	0.6323	-0.0589	0.892	0.0566	0.0326	0.0537	-0.0064	-0.0301	0.0654	0.0314	-0.0882	-0.0316	0.277	-0.0272	0.0068	0.2174	0.012	0.2179	8.1892	0.8	28.3003
6	3.2693	-0.7962	0.7468	2.7191	-0.6759	2.5363	0.1219	0.2055	0.1149	0.0181	-0.1134	0.0413	-0.0458	-0.0171	-0.0147	0.1783	0.0177	0.0229	0.2557	0.0002	0.2392	-0.3196	9.5762	75.9734

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	(chain B and resseq 0:219)
2	X-RAY DIFFRACTION	2	(chain C and resseq 2:211)
3	X-RAY DIFFRACTION	3	(chain D and resseq 2:212)
4	X-RAY DIFFRACTION	4	(chain M and resseq 9:153)
5	X-RAY DIFFRACTION	5	(chain R and resseq 1:221)
6	X-RAY DIFFRACTION	6	(chain A and resseq 9:154)

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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