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- PDB-6ay6: Naegleria fowleri CYP51-voriconazole complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ay6
タイトルNaegleria fowleri CYP51-voriconazole complex
要素CYP51, sterol 14alpha-demethylase
キーワードOXIDOREDUCTASE / CYP51 / sterol 14alpha-demethylase
機能・相同性
機能・相同性情報


oxidoreductase activity, acting on paired donors, with incorporation or reduction of molecular oxygen / monooxygenase activity / iron ion binding / heme binding
類似検索 - 分子機能
: / Cytochrome P450, E-class, group IV / Cytochrome p450 / Cytochrome P450 / Cytochrome P450, conserved site / Cytochrome P450 cysteine heme-iron ligand signature. / Cytochrome P450 / Cytochrome P450 superfamily / Cytochrome P450 / Orthogonal Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / Voriconazole / CYP51, sterol 14alpha-demethylase
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Debnath, A. / Calvet, C.M. / Jennings, G. / Zhou, W. / Aksenov, A. / Luth, M. / Abagyan, R. / Nes, W.D. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
引用ジャーナル: PLoS Negl Trop Dis / 年: 2017
タイトル: CYP51 is an essential drug target for the treatment of primary amoebic meningoencephalitis (PAM).
著者: Debnath, A. / Calvet, C.M. / Jennings, G. / Zhou, W. / Aksenov, A. / Luth, M.R. / Abagyan, R. / Nes, W.D. / McKerrow, J.H. / Podust, L.M.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年11月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年1月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.name
改定 1.22019年2月27日Group: Data collection / カテゴリ: reflns / reflns_shell
Item: _reflns.pdbx_Rmerge_I_obs / _reflns_shell.Rmerge_I_obs
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.42023年11月15日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_2
改定 1.52024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CYP51, sterol 14alpha-demethylase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)54,5423
ポリマ－53,5761
非ポリマー9662
水1629
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: P450 (CYP) function as monomers
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area1280 Å2
ΔGint-24 kcal/mol
Surface area19480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)120.180, 55.340, 73.220
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 100.800, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

#1: タンパク質 CYP51, sterol 14alpha-demethylase


分子量: 53575.992 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 詳細: Coding sequence synthetically generated
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
遺伝子: NF0102700 / プラスミド: pCW-LIC / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: A0A2H4A2U9*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-VOR / Voriconazole / (2R,3S)-2-(2,4-difluorophenyl)-3-(5-fluoropyrimidin-4-yl)-1-(1H-1,2,4-triazol-1-yl)butan-2-ol / ボリコナゾ-ル


分子量: 349.310 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H14F3N5O
#3: 化合物 ChemComp-HEM / PROTOPORPHYRIN IX CONTAINING FE / HEME


分子量: 616.487 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C34H32FeN4O4
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.23 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.91 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.1
詳細: 33% PEG MME 550, 0.03 M CaCl2, 2% Jeffamine, 0.1 M bis-Tris propane, pH 7.1
Temp details: Room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 110 K / Ambient temp details: Nitrogen stream
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 8.3.1 / 波長: 1.11587 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年5月13日 / 詳細: MIRRORS
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11587 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→71.92 Å / Num. obs: 18189 / % possible obs: 97.3 % / 冗長度: 5.5 % / Rmerge(I) obs: 0.109 / Net I/σ(I): 7.01
反射 シェル解像度: 2.4→2.46 Å / 冗長度: 2.2 % / Rmerge(I) obs: 1.36 / Mean I/σ(I) obs: 0.47 / Num. unique obs: 914 / % possible all: 66.5

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.462
最高解像度最低解像度
Rotation71.93 Å3.2 Å

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
MOLREP11.1.03位相決定
REFMAC精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
Cootモデル構築
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5TL8

5tl8


解像度: 2.4→71.92 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.962 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.934 / SU B: 24.067 / SU ML: 0.282 / SU R Cruickshank DPI: 0.6381 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.638 / ESU R Free: 0.33
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2901 933 5.1 %RANDOM
Rwork0.2187 ---
obs0.2222 17255 97.36 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 161.6 Å2 / Biso mean: 85.259 Å2 / Biso min: 39.52 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-2.94 Å20 Å2-3.65 Å2
2---1.57 Å2-0 Å2
3----0.63 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→71.92 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3583 0 68 9 3660
Biso mean--62.39 76.78 -
残基数----449
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0090.0193738
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.023605
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.0052.0085063
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.57238309
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg8.1555448
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.95323.208159
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.61615670
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg19.71528
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0540.2554
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0214118
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0040.02832
LS精密化 シェル解像度: 2.402→2.464 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.548 43 -
Rwork0.461 867 -
all-910 -
obs--66.37 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 18.4357 Å / Origin y: -0.1883 Å / Origin z: 19.1498 Å
111213212223313233
T0.138 Å20.0191 Å20.042 Å2-0.2152 Å2-0.0018 Å2--0.0755 Å2
L1.5844 °20.429 °20.3796 °2-2.7168 °20.0388 °2--1.7696 °2
S0.022 Å °0.0665 Å °-0.0852 Å °-0.2276 Å °-0.033 Å °0.0592 Å °-0.0149 Å °-0.0929 Å °0.0109 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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