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- PDB-6axq: CREBBP bromodomain in complex with Cpd6 (methyl 1H-indole-3-carbo... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6axq
タイトルCREBBP bromodomain in complex with Cpd6 (methyl 1H-indole-3-carboxylate)
要素CREB-binding protein
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE inhibitor / CREBBP / Bromodomain (ブロモドメイン) / TRANSFERASE-TRANSFERASE inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


peptide lactyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity ...peptide lactyltransferase activity / NFE2L2 regulating ER-stress associated genes / peptide N-acetyltransferase activity / Activation of the TFAP2 (AP-2) family of transcription factors / NFE2L2 regulating inflammation associated genes / regulation of smoothened signaling pathway / histone H3K18 acetyltransferase activity / LRR FLII-interacting protein 1 (LRRFIP1) activates type I IFN production / N-terminal peptidyl-lysine acetylation / histone H3K27 acetyltransferase activity / NFE2L2 regulates pentose phosphate pathway genes / NFE2L2 regulating MDR associated enzymes / MRF binding / RUNX1 regulates transcription of genes involved in differentiation of myeloid cells / Regulation of gene expression in late stage (branching morphogenesis) pancreatic bud precursor cells / RUNX3 regulates NOTCH signaling / NOTCH4 Intracellular Domain Regulates Transcription / Regulation of FOXO transcriptional activity by acetylation / Regulation of gene expression by Hypoxia-inducible Factor / Nuclear events mediated by NFE2L2 / Regulation of NFE2L2 gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase I / NOTCH3 Intracellular Domain Regulates Transcription / NFE2L2 regulating anti-oxidant/detoxification enzymes / TRAF6 mediated IRF7 activation / FOXO-mediated transcription of cell death genes / NFE2L2 regulating tumorigenic genes / peptide-lysine-N-acetyltransferase activity / embryonic digit morphogenesis / homeostatic process / protein acetylation / Notch-HLH transcription pathway / Formation of paraxial mesoderm / positive regulation of transforming growth factor beta receptor signaling pathway / non-canonical NF-kappaB signal transduction / Zygotic genome activation (ZGA) / stimulatory C-type lectin receptor signaling pathway / acetyltransferase activity / TP53 Regulates Transcription of Genes Involved in Cytochrome C Release / cellular response to nutrient levels / positive regulation of double-strand break repair via homologous recombination / histone acetyltransferase complex / Attenuation phase / regulation of cellular response to heat / histone acetyltransferase activity / ヒストンアセチルトランスフェラーゼ / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基以外のアシル基を移すもの / RORA activates gene expression / NPAS4 regulates expression of target genes / Regulation of lipid metabolism by PPARalpha / CD209 (DC-SIGN) signaling / BMAL1:CLOCK,NPAS2 activates circadian gene expression / SUMOylation of transcription cofactors / Activation of gene expression by SREBF (SREBP) / Evasion by RSV of host interferon responses / Formation of the beta-catenin:TCF transactivating complex / Heme signaling / protein destabilization / Transcriptional activation of mitochondrial biogenesis / PPARA activates gene expression / Cytoprotection by HMOX1 / NOTCH1 Intracellular Domain Regulates Transcription / chromatin DNA binding / Pre-NOTCH Transcription and Translation / Constitutive Signaling by NOTCH1 PEST Domain Mutants / Constitutive Signaling by NOTCH1 HD+PEST Domain Mutants / transcription coactivator binding / Transcriptional regulation of white adipocyte differentiation / Activation of anterior HOX genes in hindbrain development during early embryogenesis / positive regulation of protein localization to nucleus / transcription corepressor activity / cellular response to UV / rhythmic process / Circadian Clock / p53 binding / TRAF3-dependent IRF activation pathway / HATs acetylate histones / protein-containing complex assembly / DNA-binding transcription factor binding / Estrogen-dependent gene expression / RNA polymerase II-specific DNA-binding transcription factor binding / transcription regulator complex / damaged DNA binding / transcription coactivator activity / nuclear body / response to hypoxia / chromatin binding / クロマチン / regulation of DNA-templated transcription / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / positive regulation of DNA-templated transcription / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / シグナル伝達 / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / zinc ion binding / 核質 / 細胞核 / 細胞質基質 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain ...Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking / Nuclear receptor coactivator, CREB-bp-like, interlocking domain superfamily / Creb binding / Zinc finger, TAZ-type / TAZ domain superfamily / TAZ zinc finger / Zinc finger TAZ-type profile. / TAZ zinc finger, present in p300 and CBP / Coactivator CBP, KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / CBP/p300-type histone acetyltransferase domain / CBP/p300, atypical RING domain superfamily / KIX domain / CREB-binding protein/p300, atypical RING domain / KIX domain profile. / CBP/p300-type histone acetyltransferase (HAT) domain profile. / Histone acetyltransferase Rtt109/CBP / Coactivator CBP, KIX domain superfamily / Histone acetylation protein / Histone acetylation protein / Zinc finger ZZ-type signature. / Zinc-binding domain, present in Dystrophin, CREB-binding protein. / Zinc finger, ZZ type / Zinc finger, ZZ-type / Zinc finger, ZZ-type superfamily / Zinc finger ZZ-type profile. / Nuclear receptor coactivator, interlocking / Bromodomain-like / Histone Acetyltransferase; Chain A / Bromodomain, conserved site / Bromodomain signature. / ブロモドメイン / Bromodomain profile. / bromo domain / ブロモドメイン / Bromodomain-like superfamily / Zinc finger, RING/FYVE/PHD-type / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
methyl 1H-indole-3-carboxylate / CREB-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Murray, J.M. / Jayaram, H.
引用ジャーナル: J. Med. Chem. / 年: 2017
タイトル: A Unique Approach to Design Potent and Selective Cyclic Adenosine Monophosphate Response Element Binding Protein, Binding Protein (CBP) Inhibitors.
著者: Bronner, S.M. / Murray, J. / Romero, F.A. / Lai, K.W. / Tsui, V. / Cyr, P. / Beresini, M.H. / de Leon Boenig, G. / Chen, Z. / Choo, E.F. / Clark, K.R. / Crawford, T.D. / Jayaram, H. / ...著者: Bronner, S.M. / Murray, J. / Romero, F.A. / Lai, K.W. / Tsui, V. / Cyr, P. / Beresini, M.H. / de Leon Boenig, G. / Chen, Z. / Choo, E.F. / Clark, K.R. / Crawford, T.D. / Jayaram, H. / Kaufman, S. / Li, R. / Li, Y. / Liao, J. / Liang, X. / Liu, W. / Ly, J. / Maher, J. / Wai, J. / Wang, F. / Zheng, A. / Zhu, X. / Magnuson, S.
履歴
登録2017年9月7日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: CREB-binding protein
B: CREB-binding protein
C: CREB-binding protein
D: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,41514
ポリマ－54,2464
非ポリマー1,17010
水9,206511
1
A: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8934
ポリマ－13,5611
非ポリマー3313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8153
ポリマ－13,5611
非ポリマー2532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8934
ポリマ－13,5611
非ポリマー3313
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: CREB-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8153
ポリマ－13,5611
非ポリマー2532
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)68.710, 69.980, 110.280
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21221

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要素

#1: タンパク質
CREB-binding protein /


分子量: 13561.468 Da / 分子数: 4 / 断片: bromodomain (UNP residues 1085-1196) / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CREBBP, CBP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q92793, ヒストンアセチルトランスフェラーゼ
#2: 化合物
ChemComp-DMS / DIMETHYL SULFOXIDE / 2-チアプロパン2-オキシド / ジメチルスルホキシド


分子量: 78.133 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6OS / コメント: DMSO, 沈殿剤*YM
#3: 化合物
ChemComp-C2Y / methyl 1H-indole-3-carboxylate / 1H-インド-ル-3-カルボン酸メチル


分子量: 175.184 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H9NO2
#4: 水 ChemComp-HOH / water / 水


分子量: 18.015 Da / 分子数: 511 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.67 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8.2
詳細: 3.545 M Formate, 100 mM Tris-HCl pH 8.2, 10% glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 0.999 Å
検出器タイプ: MACSCIENCE / 検出器: CCD / 日付: 2011年2月4日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 130910 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.2 % / Biso Wilson estimate: 13.3 Å2 / Net I/σ(I): 4

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIXdev_2747精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5KTX

5ktx


解像度: 1.3→29.544 Å / SU ML: 0.2 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.41 / 位相誤差: 22.47
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2161 6589 5.03 %
Rwork0.1998 --
obs0.2006 130894 99.92 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 76.49 Å2 / Biso mean: 17.7644 Å2 / Biso min: 5.44 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.3→29.544 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3784 0 76 511 4371
Biso mean--18.17 22.35 -
残基数----450
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084014
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.0135456
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.092560
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.008764
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d22.2111573
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
1.3-1.31480.39142330.395940524285100
1.3148-1.33020.3922200.372241194339100
1.3302-1.34650.36052010.352341384339100
1.3465-1.36350.3332470.332940614308100
1.3635-1.38150.32592290.320640924321100
1.3815-1.40040.34822010.308841244325100
1.4004-1.42040.31332250.288140804305100
1.4204-1.44160.28612220.268140984320100
1.4416-1.46410.27052340.24641124346100
1.4641-1.48810.2482330.233141024335100
1.4881-1.51380.26842290.222140874316100
1.5138-1.54130.25062010.217641244325100
1.5413-1.57090.2322030.211441194322100
1.5709-1.6030.2331990.199241574356100
1.603-1.63790.21942120.193841224334100
1.6379-1.6760.20122080.180541414349100
1.676-1.71790.21362590.17940854344100
1.7179-1.76430.2152170.1841064323100
1.7643-1.81620.21892060.178241874393100
1.8162-1.87480.19122100.174741104320100
1.8748-1.94180.20372320.182341504382100
1.9418-2.01960.19682020.183541444346100
2.0196-2.11140.17782090.178341684377100
2.1114-2.22270.18912120.169941704382100
2.2227-2.36190.19712040.17341854389100
2.3619-2.54420.20552180.18441994417100
2.5442-2.80010.20932150.196441984413100
2.8001-3.20480.2122180.204942364454100
3.2048-4.03610.18652390.184842444483100
4.0361-29.55140.18742510.17614395464699
精密化 TLS手法: refined / Origin x: -0.4109 Å / Origin y: -17.0306 Å / Origin z: -23.3673 Å
111213212223313233
T0.0577 Å2-0.0054 Å20.0019 Å2-0.0452 Å2-0.0055 Å2--0.0581 Å2
L0.1141 °2-0.022 °20.0189 °2-0.1273 °2-0.0574 °2--0.2891 °2
S-0.002 Å °0.0079 Å °-0.0114 Å °-0.0301 Å °0.0035 Å °-0.0068 Å °0.0616 Å °0.0095 Å °0.0001 Å °
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1allA1085 - 1196
2X-RAY DIFFRACTION1allB1085 - 1196
3X-RAY DIFFRACTION1allC1085 - 1196
4X-RAY DIFFRACTION1allD1083 - 1196
5X-RAY DIFFRACTION1allE1
6X-RAY DIFFRACTION1allF1 - 474
7X-RAY DIFFRACTION1allG1
8X-RAY DIFFRACTION1allH1
9X-RAY DIFFRACTION1allI1
10X-RAY DIFFRACTION1allK1
11X-RAY DIFFRACTION1allO1
12X-RAY DIFFRACTION1allP1 - 54
13X-RAY DIFFRACTION1allL1 - 4

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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