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万見
- PDB-6axd: Structures of REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin and with th... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6axd
タイトルStructures of REV1 UBM2 domain complex with ubiquitin and with the first small-molecule that inhibits the REV1 UBM2-ubiquitin interaction
要素DNA repair protein REV1DNA修復
キーワードTRANSFERASE/TRANSFERASE INHIBITOR / ubiquitin-binding motif / STRUCTURAL PROTEIN (タンパク質) / TRANSFERASE-TRANSFERASE INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


deoxycytidyl transferase activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to UV / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA複製 ...deoxycytidyl transferase activity / error-free translesion synthesis / error-prone translesion synthesis / response to UV / Translesion synthesis by REV1 / Translesion synthesis by POLK / Translesion synthesis by POLI / Termination of translesion DNA synthesis / 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの / DNA複製 / damaged DNA binding / DNA-directed DNA polymerase activity / 核質 / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / DNA repair protein Rev1 / DNApol eta/Rev1, HhH motif / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain ...DNA repair protein Rev1, C-terminal / Rev1, C-terminal domain superfamily / : / DNA repair protein REV1 C-terminal domain / HUWE1/Rev1, ubiquitin binding region / Ubiquitin binding region / DNA repair protein Rev1 / DNApol eta/Rev1, HhH motif / BRCA1 C Terminus (BRCT) domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain / impB/mucB/samB family C-terminal domain / UmuC domain / DNA polymerase, Y-family, little finger domain superfamily / impB/mucB/samB family / UmuC domain profile. / breast cancer carboxy-terminal domain / BRCT domain profile. / BRCT domain / BRCT domain superfamily / Reverse transcriptase/Diguanylate cyclase domain / DNA/RNA polymerase superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
DNA repair protein REV1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法溶液NMR / torsion angle dynamics
データ登録者Fujii, N. / Vanarotti, M.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structures of REV1 UBM2 Domain Complex with Ubiquitin and with a Small-Molecule that Inhibits the REV1 UBM2-Ubiquitin Interaction.
著者: Vanarotti, M. / Grace, C.R. / Miller, D.J. / Actis, M.L. / Inoue, A. / Evison, B.J. / Vaithiyalingam, S. / Singh, A.P. / McDonald, E.T. / Fujii, N.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年6月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年8月8日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.22024年5月1日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_nmr_spectrometer
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_nmr_spectrometer.model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: DNA repair protein REV1


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,8141
ポリマ－7,8141
非ポリマー00
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area3110 Å2
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20structures with the least restraint violations
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 DNA repair protein REV1 / DNA修復 / Alpha integrin-binding protein 80 / AIBP80 / Rev1-like terminal deoxycytidyl transferase


分子量: 7813.632 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 998-1040 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: REV1, REV1L
発現宿主: Escherichia coli-Pichia pastoris shuttle vector pPpARG4 (その他)
参照: UniProt: Q9UBZ9, 転移酵素; リンを含む基を移すもの; 核酸を移すもの

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
112anisotropic12D 1H-15N HSQC
121anisotropic13D HNCA
131anisotropic13D HN(CA)CB
141anisotropic23D (H)CCH-TOCSY
152anisotropic13D 1H-15N NOESY
161anisotropic12D 1H-13C HSQC

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試料調製

詳細
タイプSolution-ID内容詳細Label溶媒系
solution10.5 mM [U-13C; U-15N] REV1 UBM2, 20mM sodium phosphate, 100 mM NacL, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl, ph 7.013C15NUBM290% H2O/10% D2O
solution20.5 mM [U-99% 15N] REV1 UBM2, 20mM sodium phosphate, 100 mM NacL, pH 7.0, 90% H2O/10% D2O20 mM sodium phosphate, 100 mM NaCl, ph 7.015NUBM290% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
0.5 mMREV1 UBM2[U-13C; U-15N]1
0.5 mMREV1 UBM2[U-99% 15N]2
試料状態詳細: 20mM soidium phosphate, 100 mM NacL, pH 7.0 / イオン強度: 0.5 mM / Label: 20mM sodium phosphate, 100 mM NacL, pH 7.0 / pH: 7.0 / 圧: 1 mbar / 温度: 298 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCEBrukerAVANCE6001
Bruker AVANCEBrukerAVANCE8002

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解析

NMR software
名称バージョン分類
CYANA2.1精密化
CYANA2.1構造決定
精密化手法: torsion angle dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the least restraint violations
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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