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- PDB-6awt: Structure of PR 10 Allergen in complex with epicatechin -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6awt
タイトルStructure of PR 10 Allergen in complex with epicatechin
要素PR 10 protein
キーワードPLANT PROTEIN / PEANUT / ALLERGEN
機能・相同性
機能・相同性情報


abscisic acid binding / abscisic acid-activated signaling pathway / protein phosphatase inhibitor activity / defense response / signaling receptor activity / nucleus / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Pathogenesis-related proteins Bet v I family signature. / Bet v I type allergen / Bet v I/Major latex protein / Pathogenesis-related protein Bet v 1 family / : / START domain / Alpha-D-Glucose-1,6-Bisphosphate; Chain A, domain 4 / START-like domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-28E / BENZOIC ACID / Ara h 8 allergen
類似検索 - 構成要素
生物種Arachis hypogaea (トウジンマメ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.3 Å
データ登録者Offermann, L.R. / Perdue, M. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Structure of PR-10 Allergen Ara h 8.01.
著者: Offermann, L.R. / Yarbrough, J. / McBride, J. / Hurlburt, B.K. / Maleki, S.J. / Pote, S.S. / Chruszcz, M.
履歴
登録2017年9月6日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年9月12日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: PR 10 protein
B: PR 10 protein
C: PR 10 protein
D: PR 10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)69,30114
ポリマ－67,3684
非ポリマー1,93310
水2,162120
1
A: PR 10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4464
ポリマ－16,8421
非ポリマー6043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: PR 10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,1553
ポリマ－16,8421
非ポリマー3132
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
3
C: PR 10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,4464
ポリマ－16,8421
非ポリマー6043
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
4
D: PR 10 protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)17,2543
ポリマ－16,8421
非ポリマー4122
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)55.451, 62.507, 186.585
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: TYR / End label comp-ID: TYR / Refine code: _ / Auth seq-ID: 2 - 157 / Label seq-ID: 1 - 156

Dom-IDEns-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AA
21BB
12AA
22CC
13AA
23DD
14BB
24CC
15BB
25DD
16CC
26DD

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

-
要素

#1: タンパク質
PR 10 protein


分子量: 16842.014 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Arachis hypogaea (トウジンマメ)
発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q6VT83*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-28E / (2R,3R)-2-(3,4-dihydroxyphenyl)-3,4-dihydro-2H-chromene-3,5,7-triol / Epicatechin / エピカテキン


分子量: 290.268 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H14O6
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 化合物 ChemComp-BEZ / BENZOIC ACID / 安息香酸


分子量: 122.121 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C7H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 120 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.4 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.75 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 200 mM NaCl, 100 mM Bis-Tris pH 6.5, PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-225 / 検出器: CCD / 日付: 2013年6月20日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.3→40 Å / Num. obs: 29305 / % possible obs: 98.4 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 7.4 % / Rmerge(I) obs: 0.05 / Rpim(I) all: 0.026 / Rrim(I) all: 0.071 / Rsym value: 0.05 / Net I/σ(I): 36.1
反射 シェル解像度: 2.3→2.34 Å / 冗長度: 4.7 % / Rmerge(I) obs: 0.468 / Mean I/σ(I) obs: 2.4 / Num. unique obs: 1203 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.66 / Rsym value: 0.468 / % possible all: 83.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0135精密化
MOLREP位相決定
HKL-2000データスケーリング
HKL-3000精密化
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4MAP

4map


解像度: 2.3→40 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.951 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.93 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.399 / ESU R Free: 0.25 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.25156 1447 4.9 %RANDOM
Rwork0.21502 ---
obs0.21683 27787 98.43 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 67.317 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.46 Å20 Å20 Å2
2---2.2 Å20 Å2
3---1.74 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.3→40 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4688 0 138 120 4946
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0160.024937
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7732.0246713
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg4.3045622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg33.74426.429182
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.86915819
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg30.302154
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0930.2757
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0213697
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.3913.6542497
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.8525.473116
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it3.154.1792440
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.10635.38219886
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A3920.16
12B3920.16
21A3820.13
22C3820.13
31A4040.15
32D4040.15
41B3820.15
42C3820.15
51B4060.17
52D4060.17
61C3740.12
62D3740.12
LS精密化 シェル解像度: 2.3→2.36 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.33 92 -
Rwork0.293 1744 -
obs--85.75 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
14.86210.38920.51680.628-1.158.0949-0.0172-0.31890.21560.1792-0.0005-0.2682-0.46150.92440.01770.20580.0075-0.05080.339-0.10570.21239.28711.30213.307
23.11950.16230.797410.03480.28652.45190.0248-0.2182-0.09180.4936-0.1237-0.0792-0.008-0.16770.09890.0847-0.02-0.00810.4763-0.03330.012920.76911.44612.991
33.78480.60660.70971.38690.76755.07780.10230.3277-0.00280.0440.013-0.15-0.35040.2524-0.11530.111-0.02510.01730.4001-0.04430.05333.210.4774.518
44.60676.6459-5.629612.4568-1.346625.3662-0.77630.31780.5534-0.97780.33631.08450.5945-1.14780.43990.33960.0039-0.21270.52050.0040.185732.67614.81921.61
56.2149-0.0272-0.36072.33060.33177.7872-0.45110.20030.5415-0.13850.0544-0.2487-0.47850.46820.39660.0831-0.0397-0.06280.39980.08460.115836.1430.12234.936
67.0677-2.5899-2.49653.64760.9377.255-0.4546-0.1245-0.3606-0.01180.1990.28510.3035-0.56860.25570.04670.01740.01910.54360.04760.033819.14723.1636.884
78.01561.0802-3.50991.7415-3.678112.1009-0.078-0.8070.24910.02710.0291-0.1086-0.2448-0.36010.04880.05750.0911-0.04480.5807-0.02570.077826.17930.53841.715
83.94630.32922.80681.79470.71029.3502-0.2046-0.2267-0.0691-0.01240.0516-0.0440.1781-0.20490.1530.02580.02910.01540.50130.05970.015532.96525.69538.589
92.6905-0.49971.13942.1927-0.41879.9868-0.0017-0.2175-0.03970.16410.2263-0.2816-0.0250.4911-0.22470.05690.0325-0.00220.4186-0.02660.055462.54240.98412.479
103.1837-0.6476-0.22221.03111.35581.96530.01450.0318-0.18890.0107-0.07330.0571-0.03410.02460.05890.1875-0.0452-0.00250.51680.06280.064750.94840.2449.565
113.71182.31112.10278.89644.618622.46580.03210.22850.4644-0.3988-0.3430.0918-1.5192-0.42210.31090.12280.06770.01390.48850.08450.075655.46248.414-4.012
1213.72365.1915-12.929210.12-4.063513.4197-0.02511.14831.26730.42561.29811.03750.4957-0.8422-1.27290.29420.02690.00350.81880.17280.185256.69844.90221.238
135.36580.21483.75182.0119-0.596814.3192-0.42590.16340.2474-0.18490.1749-0.1367-0.34070.39160.2510.0675-0.1126-0.00540.3955-0.02070.036363.09459.68332.64
143.5942-1.2705-3.30644.82071.987112.1534-0.40680.1163-0.0639-0.0042-0.1017-0.21520.5663-0.88070.50850.0583-0.01460.03090.6912-0.11930.071346.45355.49537.301
154.25060.4281-1.0212.4713-0.2029.2141-0.0875-0.49710.1991-0.0675-0.0228-0.02180.1402-0.07110.11040.0144-0.0182-0.00680.6413-0.04720.018660.30457.34742.362
1621.5226-0.754518.54963.49340.068917.0411-0.8181-0.3123-0.0484-0.14160.54450.0101-0.6636-0.32970.27360.2096-0.10440.01210.6764-0.00380.12656.01555.12324.016
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A2 - 22
2X-RAY DIFFRACTION2A23 - 66
3X-RAY DIFFRACTION3A67 - 134
4X-RAY DIFFRACTION4A135 - 157
5X-RAY DIFFRACTION5B2 - 21
6X-RAY DIFFRACTION6B22 - 70
7X-RAY DIFFRACTION7B71 - 91
8X-RAY DIFFRACTION8B92 - 157
9X-RAY DIFFRACTION9C2 - 23
10X-RAY DIFFRACTION10C24 - 117
11X-RAY DIFFRACTION11C118 - 136
12X-RAY DIFFRACTION12C137 - 157
13X-RAY DIFFRACTION13D2 - 22
14X-RAY DIFFRACTION14D23 - 73
15X-RAY DIFFRACTION15D74 - 138
16X-RAY DIFFRACTION16D139 - 157

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

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