PDB-6avh: GH3.15 acyl acid amido synthetase

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6avh

タイトル

GH3.15 acyl acid amido synthetase

要素

GH3.15 acyl acid amido synthetase

キーワード

LIGASE / PLANT PROTEIN / auxin / plant hormone / amino acid

機能・相同性

機能・相同性情報

auxin conjugate metabolic process / glutamine binding / acid-amino acid ligase activity / 合成酵素; C-N結合を形成; 酸-D-アミノ酸リガーゼ（ペプチド合成） / ATP binding / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 3.011 Å

データ登録者

Sherp, A.M. / Jez, J.M.

資金援助

米国, 1件

引用

ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Arabidopsis thalianaGH3.15 acyl acid amido synthetase has a highly specific substrate preference for the auxin precursor indole-3-butyric acid.
著者: Sherp, A.M. / Westfall, C.S. / Alvarez, S. / Jez, J.M.

履歴

登録	2017年9月2日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月14日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年3月28日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年4月4日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年11月27日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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PDB形式	pdb6avh.ent.gz	723.8 KB	表示	PDB形式
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その他	その他のダウンロード

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文書・詳細版	6avh_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
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アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6avh ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/av/6avh	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	4eplS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	6eeq-d 6xd1-d 5mqp-3 4ewv-2 6j6x-d 5mqp-7 4gm1-d 6dns-d 5mqp-1 1e6e-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1) #129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #24 - 2001年12月グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase) 類似性 (1) #55 - 2004年7月 DNAリガーゼ (DNA Ligase) 類似性 (1) #16 - 2001年4月アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#110 - 2009年2月
オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase)
類似性 (1)
#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#24 - 2001年12月
グリコーゲンホスホリラーゼ (Glycogen Phosphorylase)
類似性 (1)
#55 - 2004年7月
DNAリガーゼ (DNA Ligase)
類似性 (1)
#16 - 2001年4月
アミノアシル転移RNA合成酵素 (Aminoacyl-tRNA Synthetases)
類似性 (1)

登録構造単位

A: GH3.15 acyl acid amido synthetase

B: GH3.15 acyl acid amido synthetase

C: GH3.15 acyl acid amido synthetase

D: GH3.15 acyl acid amido synthetase

ヘテロ分子

270 kDa, 4 ポリマー
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1

A: GH3.15 acyl acid amido synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
67.4 kDa, 1 ポリマー
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2

B: GH3.15 acyl acid amido synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.4 kDa, 1 ポリマー
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3

C: GH3.15 acyl acid amido synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
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4

D: GH3.15 acyl acid amido synthetase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
67.4 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	180.911, 191.605, 319.364
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	22
Space group name H-M	F222

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	D-276- GLN

#1: タンパク質	GH3.15 acyl acid amido synthetase / At5g13370 / Auxin-responsive GH3 family protein / Putative auxin responsive protein 分子量: 67052.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ) 遺伝子: At5g13370, At5g13370/T22N19_20, T22N19.20, T22N19_20 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GZ29, 合成酵素
#2: 化合物	ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP 分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM

#1: タンパク質

GH3.15 acyl acid amido synthetase / At5g13370 / Auxin-responsive GH3 family protein / Putative auxin responsive protein

分子量: 67052.461 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現)

Arabidopsis thaliana (シロイヌナズナ)
遺伝子: At5g13370, At5g13370/T22N19_20, T22N19.20, T22N19_20
発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8GZ29, 合成酵素

#2: 化合物

ChemComp-AMP / ADENOSINE MONOPHOSPHATE / AMP

分子量: 347.221 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₄N₅O₇P / コメント: AMP*YM

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実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.58 Å³/Da / 溶媒含有率: 52.32 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 5 詳細: 25% PEG1500, 0.1 M MIB (sodium malonate, imidazole, boric acid), pH 5.0, 2 mM AMP

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 19-ID / 波長: 0.98 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2014年12月2日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 3.011→159.682 Å / Num. obs: 54417 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.4 % / R_sym value: 0.117 / Net I/σ(I): 14.9
反射シェル	解像度: 3.011→3.09 Å / Mean I/σ(I) obs: 2.6 / R_sym value: 0.759 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHENIX		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 4EPL

4epl

解像度: 3.011→46.528 Å / SU ML: 0.42 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 26.07

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2494	1995	3.67 %
R_work	0.1851	-	-
obs	0.1875	54296	99.14 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 3.011→46.528 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	17307	0	92	0	17399

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.015	17771
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	1.405	24094
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	4.041	10724
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.073	2762
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.009	3034

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
3.0106-3.0858	0.3628	140	0.2455	3364	X-RAY DIFFRACTION	91
3.0858-3.1693	0.2894	133	0.2326	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1693-3.2625	0.3258	144	0.2228	3729	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2625-3.3678	0.292	146	0.2088	3738	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3678-3.4881	0.3225	140	0.2063	3743	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4881-3.6277	0.248	141	0.1984	3742	X-RAY DIFFRACTION	100
3.6277-3.7927	0.2833	141	0.1912	3771	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7927-3.9926	0.2848	149	0.1842	3758	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9926-4.2426	0.2296	133	0.1633	3748	X-RAY DIFFRACTION	100
4.2426-4.5699	0.1969	143	0.1509	3790	X-RAY DIFFRACTION	100
4.5699-5.0293	0.2033	139	0.1519	3754	X-RAY DIFFRACTION	100
5.0293-5.7559	0.2396	155	0.1703	3792	X-RAY DIFFRACTION	100
5.7559-7.2474	0.2521	142	0.1953	3809	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2474-46.5338	0.193	149	0.1856	3820	X-RAY DIFFRACTION	97

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	3.5906	-0.1818	-1.199	2.5719	-0.1182	2.4863	0.1464	-0.1499	-0.6391	-0.1372	-0.3226	0.218	0.2154	-0.0055	0.1615	0.2676	-0.0349	-0.0845	0.3313	0.0686	0.4659	-69.3643	-51.7566	25.0719
2	1.5995	0.9686	-0.4221	2.3134	-0.9572	2.098	-0.0558	0.2254	0.1862	-0.2898	0.1123	0.2204	-0.175	-0.1364	-0.0433	0.2892	0.0569	-0.0483	0.384	0.0075	0.3957	-65.1913	-27.0946	13.9119
3	3.7128	2.0037	0.9488	2.2194	0.8269	0.6498	0.0278	-0.2411	0.1718	-0.0101	0.0416	0.1183	-0.084	-0.0938	0.0091	0.2768	0.0397	0.0326	0.3202	0.0007	0.3256	-55.7527	-23.8158	35.0933
4	3.1605	0.6415	2.2859	0.7229	-0.2851	4.9112	0.0134	0.004	-0.0044	-0.0382	0.0612	-0.1454	-0.0011	0.2552	-0.0478	0.2406	0.0528	0.0296	0.2436	-0.0281	0.4112	-46.1361	-19.9641	33.6273
5	5.7114	1.7493	-0.133	3.6041	0.4008	2.0736	-0.0352	0.487	-0.7224	-0.1312	-0.0822	-0.6418	0.3142	0.3021	0.0155	0.3569	0.1313	-0.0341	0.4459	-0.0317	0.6641	-63.6042	-5.3411	54.0379
6	5.6257	1.9692	1.2864	4.7719	2.8472	3.147	0.2126	0.2545	-0.2864	0.0582	0.0831	-0.933	-0.0331	0.3839	-0.2179	0.3498	-0.0782	-0.0401	0.4485	0.0319	0.4713	-65.6133	6.1801	66.1769
7	1.7822	-0.7788	-0.7623	2.6771	1.0279	2.3721	0.1242	-0.1366	0.1961	0.232	0.0942	-0.3303	-0.2125	0.172	-0.2101	0.3253	-0.0447	-0.0177	0.3705	-0.0301	0.4784	-69.7342	19.6548	65.6845
8	3.2932	-1.3965	1.4897	3.9926	-1.5573	4.132	0.1728	0.3479	0.0871	-0.3406	-0.0011	0.1333	0.0592	0.0287	-0.1253	0.3726	0.0008	0.0499	0.3773	0.071	0.4202	-84.9924	29.2142	43.7651
9	2.7668	-1.1456	0.8596	1.2202	-0.2922	3.6864	-0.028	-0.3285	-0.2434	0.0931	0.3562	0.2281	0.1303	-0.5506	-0.6097	0.3385	-0.0729	0.0524	0.4205	0.1115	0.5265	-88.6912	23.4293	53.6582
10	3.89	-1.5509	-0.2884	2.7881	0.7162	2.7486	0.1193	0.161	0.2601	-0.166	-0.1574	-0.3466	-0.2471	0.1871	0.0593	0.3621	-0.0148	0.0097	0.3067	0.0891	0.3263	-22.0989	45.9908	20.0958
11	1.7816	0.0848	0.2965	2.0551	0.6692	2.4352	-0.0052	0.8201	-0.4036	-0.3914	0.1406	-0.206	0.478	-0.1047	-0.1624	0.5798	-0.0962	-0.0477	0.6775	-0.2178	0.5484	-32.6395	22.9897	1.5597
12	1.8392	0.831	-0.5994	1.1558	-0.6375	1.2572	0.053	0.0405	-0.2482	-0.0083	0.0407	0.0604	0.1766	0.0204	-0.1063	0.3115	0.0611	-0.0643	0.3468	0.0119	0.4927	-33.2211	24.5497	30.3916
13	2.8648	0.2156	0.4335	1.2855	-0.3137	2.0929	0.0968	-0.1768	0.0969	0.1153	-0.2341	0.0773	-0.0445	-0.215	0.1504	0.3122	-0.0087	0.0267	0.3206	-0.082	0.3226	-20.7245	-4.726	61.9613
14	2.1369	-0.4703	1.212	1.2585	-0.2604	2.2419	0.1612	-0.3068	-0.3781	0.2046	0.0598	0.034	0.3864	-0.2359	-0.2474	0.3377	-0.0555	-0.0108	0.3392	0.0222	0.3824	-17.7903	-23.0946	64.4913
15	2.155	-0.2237	-0.9112	1.7939	0.2214	4.571	-0.1066	0.0419	-0.4411	0.069	0.0039	-0.1777	0.3063	-0.0622	0.1161	0.2213	-0.0271	0.0163	0.2846	0.0021	0.4964	-1.6199	-29.3415	45.1862

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 6 through 111 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 112 through 407 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 408 through 486 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 487 through 586 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 7 through 78 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 79 through 144 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 145 through 426 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 427 through 536 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 537 through 586 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'C' and (resid 3 through 144 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'C' and (resid 145 through 295 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'C' and (resid 296 through 587 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'D' and (resid 3 through 193 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'D' and (resid 194 through 427 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'D' and (resid 428 through 588 )

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

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