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万見
- PDB-6avd: Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6avd
タイトルExploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox
要素Potassium channel toxin alpha-KTx 6.9
キーワードTOXIN / Knottins / Cystine knot / Toxins
機能・相同性
機能・相同性情報


ion channel inhibitor activity / potassium channel regulator activity / toxin activity / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Scorpion short toxins signature. / Scorpion short chain toxin, potassium channel inhibitor / Scorpion short toxin, BmKK2 / Knottin, scorpion toxin-like / Knottin, scorpion toxin-like superfamily / Defensin A-like / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Potassium channel toxin alpha-KTx 6.9
類似検索 - 構成要素
生物種Opistophthalmus carinatus (サソリ)
手法X線回折 / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Gewe, M.M. / Rupert, P. / Strong, R.K.
引用ジャーナル: Nat. Struct. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Screening, large-scale production and structure-based classification of cystine-dense peptides.
著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S. ...著者: Correnti, C.E. / Gewe, M.M. / Mehlin, C. / Bandaranayake, A.D. / Johnsen, W.A. / Rupert, P.B. / Brusniak, M.Y. / Clarke, M. / Burke, S.E. / De Van Der Schueren, W. / Pilat, K. / Turnbaugh, S.M. / May, D. / Watson, A. / Chan, M.K. / Bahl, C.D. / Olson, J.M. / Strong, R.K.
履歴
登録2017年9月1日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年2月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月14日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年11月13日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Potassium channel toxin alpha-KTx 6.9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)4,3802
ポリマ－4,2841
非ポリマー961
水1,02757
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)21.502, 26.209, 31.102
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 99.20, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質・ペプチド Potassium channel toxin alpha-KTx 6.9 / OcKTx4


分子量: 4284.128 Da / 分子数: 1 / 断片: residues 24-61 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Opistophthalmus carinatus (サソリ)
Cell (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q6XLL6
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 57 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.09 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.5 / 詳細: 100 mM Na Acetate pH 4.5, 200 mM Li2SO4, 50% PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器タイプ: RIGAKU SATURN 944 / 検出器: CCD / 日付: 2015年5月27日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 2751 / % possible obs: 83.9 % / 冗長度: 1.8 % / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.06 / Rpim(I) all: 0.045 / Χ2: 1.981 / Net I/σ(I): 14.2
反射 シェル解像度: 1.8→1.8 Å / 冗長度: 1.2 % / Rmerge(I) obs: 0.092 / Mean I/σ(I) obs: 6.2 / Num. unique obs: 108 / CC1/2: 0.944 / Rpim(I) all: 0.092 / Χ2: 1.981 / % possible all: 67.9

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
HKL-2000データ削減
HKL-2000データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→30.7 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.965 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 4.593 / SU ML: 0.078 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.144 / ESU R Free: 0.145 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.20506 125 4.5 %RANDOM
Rwork0.13905 ---
obs0.14215 2623 83.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso mean: 16.084 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.73 Å20 Å20.13 Å2
2---0.34 Å20 Å2
3----0.41 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.8→30.7 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数289 0 5 57 351
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.020.019299
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0040.02275
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.7231.997401
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.8113644
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.968539
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg25.79223.3339
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.9791556
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg7.528152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1340.244
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0130.02320
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.0254
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.3561.058159
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.271.049158
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.0331.752197
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.031.76198
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it4.3491.527140
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.1931.458137
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.4552.218199
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined8.34612.492340
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other7.52710.665322
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.798→1.844 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.325 5 -
Rwork0.166 159 -
obs--66.94 %
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 19.4634 Å / Origin y: 4.3833 Å / Origin z: 4.176 Å
111213212223313233
T0.0022 Å20.0001 Å2-0.0058 Å2-0.0027 Å2-0.0003 Å2--0.0355 Å2
L2.542 °2-0.5288 °2-0.7837 °2-2.1333 °20.044 °2--2.5538 °2
S-0.0281 Å °-0.0187 Å °0.0607 Å °0.0228 Å °0.0121 Å °0.0636 Å °0.0394 Å °0.0031 Å °0.0161 Å °

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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