PDB-6aum: Crystal structure of human soluble epoxide hydrolase complexed wi...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aum

タイトル

Crystal structure of human soluble epoxide hydrolase complexed with trans-4-[4-(3-trifluoromethoxyphenyl-l-ureido)-cyclohexyloxy]-benzoic acid.

要素

Bifunctional epoxide hydrolase 2

キーワード

hydrolase/hydrolase inhibitor / soluble epoxide hydrolase / urea inhibitors / neuropathic pain / HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex

機能・相同性

機能・相同性情報

lipid-phosphate phosphatase / 10-hydroxy-9-(phosphonooxy)octadecanoate phosphatase activity / stilbene catabolic process / phospholipid dephosphorylation / lipid phosphatase activity / Biosynthesis of maresins / epoxide metabolic process / soluble epoxide hydrolase / lysophosphatidic acid phosphatase activity / Synthesis of epoxy (EET) and dihydroxyeicosatrienoic acids (DHET) ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.95 Å

データ登録者

Kodani, S.D. / Bahkta, S. / Hwang, S.H. / Pakhomova, S. / Newcomer, M.E. / Morisseau, C. / Hammock, B.

資金援助

米国, 3件

組織	認可番号	国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	R01 ES002710	米国
National Institutes of Health/National Institute of Environmental Health Sciences (NIH/NIEHS)	P42 ES004699	米国
National Institutes of Health/National Heart, Lung, and Blood Institute (NIH/NHLBI)	HL 107877	米国

引用

ジャーナル: Bioorg. Med. Chem. Lett. / 年: 2018
タイトル: Identification and optimization of soluble epoxide hydrolase inhibitors with dual potency towards fatty acid amide hydrolase.
著者: Kodani, S.D. / Bhakta, S. / Hwang, S.H. / Pakhomova, S. / Newcomer, M.E. / Morisseau, C. / Hammock, B.D.

履歴

登録	2017年9月1日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年2月7日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年2月14日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.2	2018年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.3	2019年12月4日	Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.4	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_struct_conn_angle / struct_conn Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aum.cif.gz	231.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aum.ent.gz	186.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aum.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aum_validation.pdf.gz	652.4 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aum_full_validation.pdf.gz	653.7 KB	表示
XML形式データ	6aum_validation.xml.gz	20.5 KB	表示
CIF形式データ	6aum_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6aum ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6aum	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	1s8oS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	5alh-1 3wk7-1 5alt-1 5am4-1 5alu-1 5akh-1 3wkd-1 5ai6-1 5aky-1 5ak3-1 5alp-1 5am0-1 5akx-1 5aki-1 5akg-1 3wk6-1 5alx-1 3wk9-1 1zd4-1 5am2-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#220 - 2018年4月脱ハロゲン酵素 (Dehalogenases) 類似性 (6) #165 - 2013年9月人工設計されたタンパク質製の籠 (Designed Protein Cages) 類似性 (3) #118 - 2009年10月ナトリウム・カリウムポンプ (Sodium-Potassium Pump) 類似性 (1) #216 - 2017年12月生分解性プラスチック (Biodegradable Plastic) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

63.3 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

A: Bifunctional epoxide hydrolase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
127 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	92.713, 92.713, 243.736
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	179
Space group name H-M	P6₅22

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質	Bifunctional epoxide hydrolase 2 分子量: 62685.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: EPHX2 / プラスミド: ACHSEH1 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: P34913, soluble epoxide hydrolase, lipid-phosphate phosphatase

-
非ポリマー , 5種, 31分子

#2: 化合物	ChemComp-PO4 / PHOSPHATE ION / ホスファ-ト分子量: 94.971 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: PO₄
#3: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#4: 化合物	ChemComp-BXV / 4-{[trans-4-({[4-(trifluoromethoxy)phenyl]carbamoyl}amino)cyclohexyl]oxy}benzoic acid 分子量: 438.397 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₁H₂₁F₃N₂O₅
#5: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 25 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.41 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.09 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 30% PEG 3350, 0-10% sucrose

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: CAMD / ビームライン: GCPCC / 波長: 1.38079 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2011年11月23日 / 詳細: MIRRORS
放射	モノクロメーター: Si 111 CHANNEL / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.38079 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.95→40 Å / Num. obs: 13636 / % possible obs: 98.7 % / 冗長度: 2.8 % / B_iso Wilson estimate: 78.9 Å² / R_sym value: 0.11 / Net I/σ(I): 9.8
反射シェル	解像度: 2.95→3.06 Å / 冗長度: 2.9 % / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 1296 / R_sym value: 0.66 / % possible all: 97.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0158	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 1S8O

1s8o

解像度: 2.95→36.89 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.901 / SU B: 43.443 / SU ML: 0.363 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R Free: 0.448 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.2546	674	5 %	RANDOM
R_work	0.19307	-	-	-
obs	0.19616	12929	98.87 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 51.387 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.45 Å²	-0.23 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.45 Å²	0 Å²
3-	-	-	1.47 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.95→36.89 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4331	0	40	25	4396

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.009	0.019	4493
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	4199
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.407	1.977	6082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.945	3	9763
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.52	5	550
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.069	24.227	194
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.698	15	787
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.097	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.071	0.2	665
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.005	0.021	4916
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.002	0.02	901
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	0.525	2.888	2194
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	0.525	2.887	2193
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	0.925	4.331	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	0.925	4.331	2744
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	0.585	2.974	2298
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	0.585	2.976	2299
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	0.866	4.438	3339
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	2.132	33.69	4911
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	2.132	33.694	4912
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.954→3.03 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.454	48	-
R_work	0.342	908	-
obs	-	-	97.85 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	9.611	-2.9257	1.3199	5.3484	-0.9279	4.6524	0.2876	-0.3047	-0.7338	-0.4131	0.1724	0.2095	0.313	0.3727	-0.46	0.2321	-0.134	0.0728	0.3035	-0.0957	0.1773	-20.2232	-50.4183	-10.8297
2	9.9595	-1.6098	-3.8877	0.6406	0.9788	2.0703	0.0095	0.5902	-0.5328	0.0016	-0.0433	-0.1297	0.1093	0.0924	0.0338	0.3192	-0.0073	0.0191	0.4455	-0.0535	0.2459	-15.9626	-70.3328	-5.4481
3	1.3563	1.0402	-0.1974	0.8038	-0.1233	2.065	0.0608	0.0949	-0.1984	0.0524	0.0934	-0.1807	-0.0982	0.3444	-0.1542	0.2719	-0.0555	0.0346	0.4075	-0.1123	0.1857	-17.8961	-53.4429	-2.5311
4	1.012	1.319	-0.4791	6.0137	-1.8263	1.5441	-0.287	0.4108	0.2448	-0.6526	0.5196	0.2432	0.1571	-0.3329	-0.2327	0.2845	-0.1571	0.0289	0.4302	-0.0115	0.1706	-27.2533	-49.5768	-16.4239
5	0.9047	0.2606	0.1127	1.8238	-0.585	3.7428	-0.0503	-0.0441	0.0009	-0.1688	0.1538	0.23	0.0281	0.0164	-0.1035	0.1275	-0.0218	-0.0073	0.1291	0.0208	0.0318	-23.5953	-29.2211	13.4166
6	1.3464	0.078	-0.0253	1.7304	-0.6509	1.3402	0.0348	-0.127	0.1193	0.2205	-0.0565	-0.2513	-0.3166	0.1381	0.0217	0.1412	-0.0012	-0.0083	0.1667	0.0088	0.0571	-16.1076	-20.6204	24.7345
7	1.5945	-0.8069	0.686	4.1474	0.4207	3.8351	-0.1204	0.3107	0.3906	-0.4117	0.0632	0.1215	-0.4345	0.0391	0.0572	0.2064	-0.0185	-0.0417	0.1926	0.0893	0.1358	-26.0339	-8.8858	10.2907
8	2.1267	0.6559	0.8184	2.4357	0.686	4.6713	-0.0893	0.1587	0.0451	-0.0342	0.0157	-0.4946	-0.0381	0.2635	0.0735	0.0752	-0.0226	0.0229	0.1515	0.0413	0.1363	-6.6174	-20.6354	17.0871

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	2 - 24
2	X-RAY DIFFRACTION	2	A	25 - 75
3	X-RAY DIFFRACTION	3	A	76 - 152
4	X-RAY DIFFRACTION	4	A	153 - 222
5	X-RAY DIFFRACTION	5	A	223 - 283
6	X-RAY DIFFRACTION	6	A	284 - 382
7	X-RAY DIFFRACTION	7	A	383 - 468
8	X-RAY DIFFRACTION	8	A	469 - 548

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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