PDB-6auf: Crystal structure of Metalo beta Lactamases MIM-1 from Novosphing...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6auf

タイトル

Crystal structure of Metalo beta Lactamases MIM-1 from Novosphingobium pentaromativorans

要素

Beta-lactamase-like protein

キーワード

HYDROLASE / metallohydrolase / lactamase

機能・相同性

機能・相同性情報

Metallo-beta-lactamase superfamily / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / Metallo-beta-lactamase; Chain A / Metallo-beta-lactamase superfamily / Metallo-beta-lactamase / Ribonuclease Z/Hydroxyacylglutathione hydrolase-like / 4-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性

生物種

Novosphingobium pentaromativorans US6-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / 解像度: 2.603 Å

データ登録者

Selleck, C.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of Metalo beta Lactamases MIM-1 from Novosphingobium pentaromativorans
著者: Selleck, C.

履歴

登録	2017年8月31日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年9月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6auf.cif.gz	118 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6auf.ent.gz	96.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6auf.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6auf_validation.pdf.gz	452.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6auf_full_validation.pdf.gz	458.6 KB	表示
XML形式データ	6auf_validation.xml.gz	14 KB	表示
CIF形式データ	6auf_validation.cif.gz	19 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6auf ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/au/6auf	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	2blc-d 4zav-d 4gxn-d 1hia-2 4zag-d 4zay-d 4zal-d 6d3u-1 4npl-1 5zyk-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#187 - 2015年7月ニューデリーメタロβラクタマーゼ (New Delhi Metallo-β-Lactamase) 類似性 (3) #105 - 2008年9月リボヌクレアーゼA (Ribonuclease A) 類似性 (2)

登録構造単位

B: Beta-lactamase-like protein

ヘテロ分子

32.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	67.961, 67.961, 216.670
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	92
Space group name H-M	P4₁2₁2

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	B-531- HOH

#1: タンパク質	Beta-lactamase-like protein 分子量: 31875.607 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Novosphingobium pentaromativorans US6-1 (バクテリア) 遺伝子: NSU_3853 / 発現宿主: Escherichia coli 042 (大腸菌) / 参照: UniProt: G6EHN2
#2: 化合物	ChemComp-ZN / ZINC ION 分子量: 65.409 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#3: 化合物	ChemComp-CIT / CITRIC ACID / クエン酸分子量: 192.124 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₈O₇
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 100 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 3.92 Å³/Da / 溶媒含有率: 68.66 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.05 M citrate, pH 5, 0.05 M Bis Tris Propane, pH 9.7, and 16% w/v PEG-3350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.6→48.06 Å / Num. obs: 16486 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 14 % / Net I/σ(I): 21.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.11.1_2575: ???)	精密化
PHENIX		データ削減

精密化

解像度: 2.603→33.981 Å / SU ML: 0.32 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 23.27

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2194	1639	10 %
R_work	0.1728	-	-
obs	0.1775	16386	99.82 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.603→33.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2023	0	15	100	2138

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.006	2098
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.86	2872
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	19.688	1252
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.05	322
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.006	380

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.6025-2.6791	0.3084	130	0.2367	1185	X-RAY DIFFRACTION	99
2.6791-2.7655	0.2971	133	0.2212	1194	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7655-2.8643	0.2942	135	0.2244	1204	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8643-2.9789	0.2641	133	0.2015	1200	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9789-3.1144	0.293	135	0.2224	1217	X-RAY DIFFRACTION	100
3.1144-3.2785	0.2752	132	0.2155	1189	X-RAY DIFFRACTION	100
3.2785-3.4837	0.2683	135	0.1978	1214	X-RAY DIFFRACTION	100
3.4837-3.7524	0.2318	136	0.1719	1219	X-RAY DIFFRACTION	100
3.7524-4.1294	0.2088	137	0.1602	1240	X-RAY DIFFRACTION	100
4.1294-4.7256	0.1702	139	0.1273	1246	X-RAY DIFFRACTION	100
4.7256-5.9485	0.1695	141	0.143	1266	X-RAY DIFFRACTION	100
5.9485-33.9834	0.1984	153	0.1744	1373	X-RAY DIFFRACTION	100

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.244	0.7904	-1.3081	6.4306	3.5278	4.4451	0.9261	-1.2576	0.0269	-0.0262	-0.5731	0.0528	-0.3572	-0.6804	-0.439	1.468	-0.1684	-0.0195	1.1122	-0.0523	0.706	20.8997	26.7772	37.8613
2	3.3022	-0.4707	-0.2003	2.2914	-0.4258	2.8553	-0.1345	-0.7073	-0.1289	1.077	0.1823	-0.4174	0.5723	0.7929	-0.0461	1.0167	0.1573	-0.229	0.7019	-0.003	0.5621	30.2443	16.1426	27.839
3	4.3248	-1.1894	2.4665	1.7347	-1.8484	4.2538	0.0473	0.3493	-0.196	0.0415	0.003	-1.0451	0.1952	1.1423	0.0493	0.4921	0.1326	-0.0549	0.6424	-0.059	0.5688	34.806	19.5475	12.0405
4	2.9403	0.4889	-0.4061	2.342	0.2211	2.8179	0.0453	-0.2629	-0.4808	0.8361	-0.2719	-0.1932	0.8968	0.0112	0.3154	0.8994	0.0127	-0.0029	0.4091	0.0017	0.5163	19.5585	10.4602	18.9797
5	2.5361	0.573	-0.7855	2.8643	-1.1679	3.5799	0.0938	0.0492	0.2859	0.6123	0.1334	0.1884	-0.3903	-0.1821	-0.2748	0.6706	0.0885	0.0647	0.4008	-0.0551	0.5451	16.9565	27.8764	14.2667

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'B' and (resid 33 through 45 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'B' and (resid 46 through 130 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'B' and (resid 131 through 177 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 178 through 217 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 218 through 305 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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