PDB-6aty: Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aty

タイトル

Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox

要素

Venom protein 51.1

キーワード

TOXIN / Knottins / Cystine knot / Toxins

機能・相同性

toxin activity / extracellular region / Venom protein 51.1

機能・相同性情報

生物種

Lychas mucronatus (サソリ)

手法

X線回折 /

単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å

データ登録者

Gewe, M.M. / Rupert, P. / Strong, R.K.

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Exploring Cystine Dense Peptide Space to Open a Unique Molecular Toolbox
著者: Correnti, C. / Gewe, M.M.

履歴

登録	2017年8月29日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年8月22日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年11月13日	Group: Data collection / Database references / Structure summary カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aty.cif.gz	21.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aty.ent.gz	12.2 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aty.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6aty_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6aty_full_validation.pdf.gz	423.6 KB	表示
XML形式データ	6aty_validation.xml.gz	4.3 KB	表示
CIF形式データ	6aty_validation.cif.gz	5.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/6aty ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/at/6aty	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6atmC 6atl 6atn 6ats 6atu 6atw C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	3lvx-2 2b5b-d 1bkt-d 3lo4-2 3l8l-1 2pm1-d 3lo9-1 3hjd-1 2pm5-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Venom protein 51.1

ヘテロ分子

4.24 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

2

A: Venom protein 51.1

ヘテロ分子

x 6

ソフトウェアが定義した集合体
25.5 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

タイプ	名称	対称操作	数
identity operation	1_555	x,y,z	1
crystal symmetry operation	2_655	-y+1,x-y,z	1
crystal symmetry operation	3_665	-x+y+1,-x+1,z	1
crystal symmetry operation	10_665	-y+1,-x+1,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	11_655	-x+y+1,y,-z+1/2	1
crystal symmetry operation	12_555	x,x-y,-z+1/2	1

3

A: Venom protein 51.1

ヘテロ分子

A: Venom protein 51.1

ヘテロ分子

ソフトウェアが定義した集合体
8.49 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	39.775, 39.775, 68.563
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number	182
Space group name H-M	P6₃22

#1: タンパク質・ペプチド	Venom protein 51.1 分子量: 4151.752 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lychas mucronatus (サソリ) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293F / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P0CJ17
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 38 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.89 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.77 %
結晶化	温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1 M Phosphate-citrate pH 4.2, 40% Ethanol, 5% PEG 000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU MICROMAX-007 HF / 波長: 1.54 Å
検出器	タイプ: RIGAKU SATURN 944+ / 検出器: CCD / 日付: 2016年4月8日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.54 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.8→50 Å / Num. obs: 10167 / % possible obs: 90 % / 冗長度: 16.9 % / Net I/σ(I): 105.8
反射シェル	解像度: 1.8→1.83 Å / 冗長度: 2.3 % / R_merge(I) obs: 0.103 / Mean I/σ(I) obs: 11.6 / Num. unique obs: 147 / CC_1/2: 0.983 / R_pim(I) all: 0.67 / % possible all: 27.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0155	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

単波長異常分散 / 解像度: 1.8→34.45 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.963 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.937 / SU B: 2.996 / SU ML: 0.094 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.142 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.22294	140	4.6 %	RANDOM
R_work	0.16614	-	-	-
obs	0.16899	2905	91.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 18.233 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.01 Å²	0.01 Å²	0 Å²
2-	-	0.01 Å²	0 Å²
3-	-	-	-0.04 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 1.8→34.45 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	280	0	6	38	324

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.019	298
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.02	271
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.713	1.978	396
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.932	3	633
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.734	5	38
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	31.79	22	10
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	10.875	15	51
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	4.469	15	2
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.126	0.2	43
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.009	0.02	317
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	63
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.601	1.001	155
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.572	0.993	154
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.569	2.207	189
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.562	2.226	190
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.244	1.259	143
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.201	1.26	143
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	3.548	2.692	207
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.093	20.106	341
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.094	20.097	341
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 1.801→1.848 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.758	6	-
R_work	0.344	91	-
obs	-	-	42.36 %

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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