PDB-6asq: Structure of Grp94 bound to methyl 2-[2-(2-benzylpyridin-3-yl)eth...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6asq

タイトル

Structure of Grp94 bound to methyl 2-[2-(2-benzylpyridin-3-yl)ethyl]-3-chloro-4,6-dihydroxybenzoate, a pan-Hsp90 inhibitor

要素

Endoplasmin

キーワード

CHAPERONE/INHIBITOR / Grp94 / Hsp90 / Inhibitor / CHAPERONE-INHIBITOR complex

機能・相同性

機能・相同性情報

Trafficking and processing of endosomal TLR / Scavenging by Class A Receptors / Regulation of Insulin-like Growth Factor (IGF) transport and uptake by Insulin-like Growth Factor Binding Proteins (IGFBPs) / Interleukin-4 and Interleukin-13 signaling / Post-translational protein phosphorylation / sarcoplasmic reticulum lumen / ERAD pathway / ATP-dependent protein folding chaperone / unfolded protein binding / melanosome ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Canis lupus familiaris (イヌ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Huard, D.J.E. / Lieberman, R.L.

引用

ジャーナル: ACS Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Trifunctional High-Throughput Screen Identifies Promising Scaffold To Inhibit Grp94 and Treat Myocilin-Associated Glaucoma.
著者: Huard, D.J.E. / Crowley, V.M. / Du, Y. / Cordova, R.A. / Sun, Z. / Tomlin, M.O. / Dickey, C.A. / Koren, J. / Blair, L. / Fu, H. / Blagg, B.S.J. / Lieberman, R.L.

履歴

登録	2017年8月25日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2018年4月18日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年5月2日	Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 1.2	2019年4月17日	Group: Author supporting evidence / Data collection / カテゴリ: pdbx_audit_support
改定 1.3	2023年10月4日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6asq.cif.gz	197.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6asq.ent.gz	156.7 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6asq.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6asq_validation.pdf.gz	3.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6asq_full_validation.pdf.gz	3.1 MB	表示
XML形式データ	6asq_validation.xml.gz	21.9 KB	表示
CIF形式データ	6asq_validation.cif.gz	28.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asq ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/as/6asq	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6aspC 2gfdS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	4re1-1 1yt2-d 1gg0-d 4j6o-2 2vwc-d 2xx4-d 4asa-d 1qye-d 6m8d-d 6d28-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#108 - 2008年12月 Hsp90 (Hsp90) 類似性 (14) #110 - 2009年2月オーキシンとTIR1ユビキチンリガーゼ (Auxin and TIR1 Ubiquitin Ligase) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Endoplasmin

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

58.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Endoplasmin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
29.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Endoplasmin

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
29.1 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	65.431, 84.717, 95.759
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1 分子量: 26187.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 69-286, GGGG linker, 328-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41148

#1: タンパク質

Endoplasmin / 94 kDa glucose-regulated protein / GRP-94 / Heat shock protein 90 kDa beta member 1

分子量: 26187.615 Da / 分子数: 2 / 断片: UNP residues 69-286, GGGG linker, 328-337 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Canis lupus familiaris (イヌ) / 遺伝子: HSP90B1, GRP94, TRA1 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P41148

-
非ポリマー , 5種, 100分子

#2: 化合物	ChemComp-PE8 / 3,6,9,12,15,18,21-HEPTAOXATRICOSANE-1,23-DIOL / オクタエチレングリコ-ル分子量: 370.436 Da / 分子数: 13 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₆H₃₄O₉
#3: 化合物	ChemComp-PEG / DI(HYDROXYETHYL)ETHER / ジエチレングリコ-ル分子量: 106.120 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₄H₁₀O₃
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 化合物	ChemComp-VC4 / methyl 2-[2-(2-benzylpyridin-3-yl)ethyl]-3-chloro-4,6-dihydroxybenzoate 分子量: 397.852 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₂₂H₂₀ClNO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 78 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %
結晶化	温度: 289.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8 詳細: 1:1 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 against mother liquor (37% PEG400, 5% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride). Crystals were harvested, and soaked for 48 ...詳細: 1:1 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 against mother liquor (37% PEG400, 5% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride). Crystals were harvested, and soaked for 48 hours in mother liquor containing 2.5 mM inhibitor. After soaking, glycerol was added to ~25% final concentration.

結晶

マシュー密度: 2.53 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.45 %

結晶化

温度: 289.2 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.8
詳細: 1:1 30 mg/mL protein in 100 mM bicine, pH 7.8 against mother liquor (37% PEG400, 5% glycerol, 100 mM bicine, pH 7.8, 75 mM magnesium chloride). Crystals were harvested, and soaked for 48 ...

-
データ収集

回折	平均測定温度: 197.5 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年10月21日
放射	モノクロメーター: double crystal Si(220) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→42.36 Å / Num. obs: 22770 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 14.3 % / R_merge(I) obs: 0.09377 / Net I/σ(I): 24.75
反射シェル	解像度: 2.35→2.434 Å / R_merge(I) obs: 0.4773

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.10.1_2155: ???)	精密化
HKL-3000		データ削減
HKL-3000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: PDB entry 2GFD

2gfd

解像度: 2.35→42.359 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 25.94

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2367	1997	8.78 %
R_work	0.1966	-	-
obs	0.2001	22739	99.75 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→42.359 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3441	0	218	78	3737

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	3692
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8	4914
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.278	2185
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	554
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.003	595

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3502-2.409	0.2932	138	0.2202	1435	X-RAY DIFFRACTION	98
2.409-2.4741	0.295	141	0.221	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.4741-2.5469	0.2759	140	0.2111	1451	X-RAY DIFFRACTION	100
2.5469-2.6291	0.2399	140	0.2106	1464	X-RAY DIFFRACTION	100
2.6291-2.7231	0.2572	142	0.2224	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
2.7231-2.8321	0.3036	141	0.2293	1468	X-RAY DIFFRACTION	100
2.8321-2.9609	0.2521	140	0.2127	1457	X-RAY DIFFRACTION	100
2.9609-3.117	0.2417	143	0.2192	1486	X-RAY DIFFRACTION	100
3.117-3.3122	0.2295	142	0.2049	1469	X-RAY DIFFRACTION	100
3.3122-3.5678	0.2181	142	0.1944	1478	X-RAY DIFFRACTION	100
3.5678-3.9266	0.2042	143	0.1766	1483	X-RAY DIFFRACTION	100
3.9266-4.4943	0.2228	144	0.1595	1511	X-RAY DIFFRACTION	100
4.4943-5.6602	0.2067	146	0.1808	1515	X-RAY DIFFRACTION	100
5.6602-42.3654	0.2462	155	0.2071	1599	X-RAY DIFFRACTION	99

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0753	0.1217	0.7621	1.272	-0.1895	1.6938	0.0728	0.0259	0.0352	-0.093	-0.0858	0.0578	0.1266	0.0485	-0.01	0.1894	-0.0037	0.0314	0.1917	-0.0517	0.2071	-56.8504	120.7859	-55.0347
2	0.2563	0.269	0.1153	0.3591	0.0313	0.1384	0.4565	0.8095	0.2766	-0.9822	-0.5517	-0.3291	0.4932	0.2763	0.2483	0.6758	0.1798	0.0749	1.4056	-0.1419	0.8589	-48.3189	119.556	-72.3821
3	2.1769	-0.4915	0.6377	2.3537	0.0789	1.452	0.0673	-0.0974	-0.1777	0.0108	-0.0563	0.0404	0.1912	-0.0159	-0.0226	0.2114	-0.0265	0.0131	0.1939	-0.0473	0.2363	-60.5406	116.1209	-51.2809
4	1.9592	-0.7382	0.5217	3.5932	-0.8582	2.0254	-0.0792	0.2062	-0.0099	-0.1873	0.0691	-0.4799	0.389	0.2064	-0.0109	0.3797	0.0127	0.0275	0.3302	0.0151	0.1994	-59.7802	159.5762	-66.0886
5	3.2891	1.4487	0.4478	2.2665	-0.1128	1.2246	0.0672	-0.236	0.1567	0.1646	-0.0154	0.0255	0.0238	-0.0126	-0.0312	0.1751	0.0275	-0.005	0.218	-0.0361	0.1572	-55.2425	161.5938	-44.4542
6	0.8805	-0.1433	0.6406	3.4184	0.2581	1.4666	-0.0206	0.6577	0.0665	-0.6466	0.014	-0.7482	-0.1553	0.7851	0.148	0.307	-0.0274	0.0579	0.6017	-0.037	0.4227	-51.2796	163.68	-61.6908
7	2.4819	-0.3466	0.5035	1.8246	0.1911	1.9291	0.0347	-0.1266	-0.0409	-0.0195	-0.0654	-0.0047	0.1529	-0.0447	0.0242	0.1704	-0.0252	-0.0049	0.1882	-0.0452	0.1709	-61.7031	158.0676	-46.9328

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 74 through 164 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 165 through 179 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 180 through 337 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'B' and (resid 74 through 96 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'B' and (resid 97 through 149 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'B' and (resid 150 through 197 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'B' and (resid 198 through 337 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

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