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- PDB-6asc: Mre11 dimer in complex with Endonuclease inhibitor PFM04 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6asc
タイトルMre11 dimer in complex with Endonuclease inhibitor PFM04
要素Nuclease SbcCD subunit D
キーワードhydrolase/hydrolase inhibitor / DNA REPAIR MRE11 THERMOPHILIC NUCLEASE DNA DOUBLE-STRAND BREAK REPAIR HYDROLASE / hydrolase-hydrolase inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA exonuclease activity / 3'-5' exonuclease activity / DNA endonuclease activity / double-strand break repair / DNA recombination / DNA replication / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素 / DNA repair / DNA binding / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
DNA double-strand break repair nuclease / Nuclease SbcCD subunit D / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich ...DNA double-strand break repair nuclease / Nuclease SbcCD subunit D / Mre11 nuclease, N-terminal metallophosphatase domain / Metallo-dependent phosphatases / Purple Acid Phosphatase; chain A, domain 2 / Calcineurin-like phosphoesterase domain, ApaH type / Calcineurin-like phosphoesterase / Metallo-dependent phosphatase-like / Double Stranded RNA Binding Domain / 4-Layer Sandwich / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BU7 / : / DNA double-strand break repair protein Mre11
類似検索 - 構成要素
生物種Thermotoga maritima (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Moiani, D. / Arvai, A.S. / Tainer, J.A.
引用ジャーナル: Meth. Enzymol. / 年: 2018
タイトル: Targeting Allostery with Avatars to Design Inhibitors Assessed by Cell Activity: Dissecting MRE11 Endo- and Exonuclease Activities.
著者: Moiani, D. / Ronato, D.A. / Brosey, C.A. / Arvai, A.S. / Syed, A. / Masson, J.Y. / Petricci, E. / Tainer, J.A.
履歴
登録2017年8月24日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年3月21日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22024年3月13日Group: Data collection / Database references / Derived calculations
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / struct_conn
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Nuclease SbcCD subunit D
B: Nuclease SbcCD subunit D
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)78,0199
ポリマ－77,1502
非ポリマー8697
水2,558142
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2490 Å2
ΔGint-47 kcal/mol
Surface area29720 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)48.053, 112.682, 81.162
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 100.26, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質 Nuclease SbcCD subunit D


分子量: 38575.215 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Thermotoga maritima (バクテリア)
株: ATCC 43589 / MSB8 / DSM 3109 / JCM 10099 / 遺伝子: sbcD, TM_1635 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X1X0
#2: 化合物
ChemComp-MN / MANGANESE (II) ION


分子量: 54.938 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 式: Mn
#3: 化合物 ChemComp-BU7 / (5E)-3-butyl-5-[(4-hydroxyphenyl)methylidene]-2-sulfanylidene-1,3-thiazolidin-4-one


分子量: 293.404 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H15NO2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 142 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.87 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.13 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: We added 5mM PFM04 (dissolved in DMSO) to 10 mg/ml TmMre11. The mother liquor was 10% PEG3350, 20 mM CaCl2, 0.1 M Mes pH 6.5. This was mixed 1:1 with the protein:inhibitor complex and set up ...詳細: We added 5mM PFM04 (dissolved in DMSO) to 10 mg/ml TmMre11. The mother liquor was 10% PEG3350, 20 mM CaCl2, 0.1 M Mes pH 6.5. This was mixed 1:1 with the protein:inhibitor complex and set up as hanging drop vapor diffusion. For cryoprotection, 20% ethylene glycol was added to the mother liquor.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALS / ビームライン: 12.3.1 / 波長: 1.11583 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2011年12月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.11583 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→50 Å / Num. obs: 43590 / % possible obs: 94.2 % / 冗長度: 4.8 % / Net I/σ(I): 46.71

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2580: ???)精密化
HKL-2000データ削減
SCALEPACKデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.15→46.038 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 29.73 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2318 3303 4.56 %
Rwork0.1969 --
obs0.1984 72439 79.46 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.15→46.038 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5184 0 46 142 5372
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0045351
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7897247
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.5513216
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.046800
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004932
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.15-2.18080.317750.30711480X-RAY DIFFRACTION40
2.1808-2.21330.3576760.31051645X-RAY DIFFRACTION45
2.2133-2.24790.35930.30021832X-RAY DIFFRACTION51
2.2479-2.28480.32661010.27082095X-RAY DIFFRACTION57
2.2848-2.32410.3771260.27362397X-RAY DIFFRACTION67
2.3241-2.36640.32171230.27342642X-RAY DIFFRACTION73
2.3664-2.41190.32631280.2442756X-RAY DIFFRACTION75
2.4119-2.46110.30191180.24912743X-RAY DIFFRACTION76
2.4611-2.51470.28581480.23722884X-RAY DIFFRACTION80
2.5147-2.57320.2651410.23542874X-RAY DIFFRACTION80
2.5732-2.63750.29311420.23972986X-RAY DIFFRACTION82
2.6375-2.70880.24751460.23133080X-RAY DIFFRACTION84
2.7088-2.78850.29451500.24413106X-RAY DIFFRACTION86
2.7885-2.87850.26181440.23073066X-RAY DIFFRACTION86
2.8785-2.98140.27141570.22813232X-RAY DIFFRACTION88
2.9814-3.10070.25061510.23693187X-RAY DIFFRACTION89
3.1007-3.24180.27961610.22443244X-RAY DIFFRACTION90
3.2418-3.41260.24831620.22873339X-RAY DIFFRACTION92
3.4126-3.62640.25191530.20263338X-RAY DIFFRACTION92
3.6264-3.90620.25451550.18663373X-RAY DIFFRACTION93
3.9062-4.29910.15811660.16263402X-RAY DIFFRACTION94
4.2991-4.92050.18981550.14533446X-RAY DIFFRACTION95
4.9205-6.1970.18961600.17643473X-RAY DIFFRACTION96
6.197-46.04820.20651720.16873516X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 17.4429 Å / Origin y: 456.001 Å / Origin z: 19.7368 Å
111213212223313233
T0.3106 Å20.0215 Å2-0.0042 Å2-0.3418 Å20.0502 Å2--0.3719 Å2
L0.2663 °20.1023 °20.0735 °2-0.363 °2-0.1455 °2--0.3622 °2
S-0.0286 Å °0.0153 Å °0.0706 Å °-0.032 Å °-0.0675 Å °-0.0318 Å °0.1227 Å °-0.0405 Å °-0.0125 Å °
精密化 TLSグループSelection details: not resname HOH

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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