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- PDB-6ary: Crystal structure of an insecticide-resistant acetylcholinesteras... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ary
タイトルCrystal structure of an insecticide-resistant acetylcholinesterase mutant from the malaria vector Anopheles gambiae in complex with a difluoromethyl ketone inhibitor
要素Acetylcholinesterase
キーワードHYDROLASE/Hydrolase Inhibitor / hydrolase / difluoromethyl ketone / HYDROLASE-Hydrolase Inhibitor complex
機能・相同性
機能・相同性情報


choline metabolic process / acetylcholine catabolic process / acetylcholinesterase / acetylcholinesterase activity / synapse / extracellular space / plasma membrane
類似検索 - 分子機能
: / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold ...: / Cholinesterase / Carboxylesterase type B, active site / Carboxylesterases type-B serine active site. / Carboxylesterase type B, conserved site / Carboxylesterases type-B signature 2. / Carboxylesterase, type B / Carboxylesterase family / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BT7 / CITRATE ANION / Acetylcholinesterase
類似検索 - 構成要素
生物種Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.257 Å
データ登録者Cheung, J. / Mahmood, A. / Kalathur, R. / Lixuan, L. / Carlier, P.R.
引用ジャーナル: Structure / 年: 2018
タイトル: Structure of the G119S Mutant Acetylcholinesterase of the Malaria Vector Anopheles gambiae Reveals Basis of Insecticide Resistance.
著者: Cheung, J. / Mahmood, A. / Kalathur, R. / Liu, L. / Carlier, P.R.
履歴
登録2017年8月23日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12020年7月29日Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI ..._chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.32024年10月16日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Acetylcholinesterase
B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,18812
ポリマ－121,2962
非ポリマー1,89210
水6,990388
1
A: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子

B: Acetylcholinesterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)123,18812
ポリマ－121,2962
非ポリマー1,89210
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_565-y,x-y+1,z+1/31
Buried area3410 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area41470 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)150.333, 150.333, 226.478
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number169
Space group name H-MP61
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 163 through 337 or resid 339...
21(chain B and (resid 163 through 337 or resid 339...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASNASNLEULEU(chain A and (resid 163 through 337 or resid 339...AA163 - 3373 - 177
12TRPTRPPROPRO(chain A and (resid 163 through 337 or resid 339...AA339 - 351179 - 191
13ARGARGGLNGLN(chain A and (resid 163 through 337 or resid 339...AA353 - 569193 - 409
14TYRTYRALAALA(chain A and (resid 163 through 337 or resid 339...AA571 - 659411 - 499
15GLYGLYASNASN(chain A and (resid 163 through 337 or resid 339...AA661 - 699501 - 539
21ASNASNLEULEU(chain B and (resid 163 through 337 or resid 339...BB163 - 3373 - 177
22TRPTRPPROPRO(chain B and (resid 163 through 337 or resid 339...BB339 - 351179 - 191
23ARGARGGLNGLN(chain B and (resid 163 through 337 or resid 339...BB353 - 569193 - 409
24TYRTYRALAALA(chain B and (resid 163 through 337 or resid 339...BB571 - 659411 - 499
25GLYGLYASNASN(chain B and (resid 163 through 337 or resid 339...BB661 - 699501 - 539

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要素

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タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 AB

#1: タンパク質 Acetylcholinesterase / AChE


分子量: 60647.996 Da / 分子数: 2 / 断片: residues 162 to 702 / 変異: G280S / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Anopheles gambiae (ガンビエハマダラカ)
遺伝子: Ace, ACE1, ACHE1, AGAP001356 / プラスミド: modified pFastBac
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q869C3, acetylcholinesterase
#3: 糖 ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C8H15NO6
識別子タイププログラム
DGlcpNAcbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamineCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-GlcpNAcIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
GlcNAcSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 4種, 395分子

#2: 化合物 ChemComp-BT7 / (1S)-2,2-difluoro-1-[1-(pentan-3-yl)-1H-pyrazol-4-yl]ethan-1-ol


分子量: 218.244 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16F2N2O
#4: 化合物
ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#5: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 388 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 6.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 79.81 % / Mosaicity: 0.194 °
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.9 - 1.0M tri-ammonium citrate pH 6.5, 1 - 3% isopropanol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-C / 波長: 0.9792 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年3月24日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9792 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→200 Å / Num. obs: 134751 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 22.1 % / Biso Wilson estimate: 60.62 Å2
Data reduction details: The redundancy was high from merging of multiple crystals and CC1/2 0.3 was used for resolution cut-off
Rmerge(I) obs: 0.157 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.161 / Χ2: 0.973 / Net I/σ(I): 3.7 / Num. measured all: 2982777
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.25-2.2912.12.53467420.4150.7392.6510.453100
2.29-2.3313.72.10567220.6130.5732.1880.445100
2.33-2.3815.91.97667290.7050.4992.0420.443100
2.38-2.42171.78767020.7940.4391.8430.451100
2.42-2.4819.11.70467180.8580.3951.7510.463100
2.48-2.5320.91.54967440.8740.3451.5880.467100
2.53-2.622.21.43266820.9120.3111.4660.482100
2.6-2.6723.21.27367750.9380.2731.3020.516100
2.67-2.7524.31.05366790.9540.2191.0760.526100
2.75-2.8324.60.83967350.9730.1740.8570.557100
2.83-2.9424.70.67667560.9780.1390.690.594100
2.94-3.0524.60.49367070.9840.1020.5030.674100
3.05-3.19250.36567530.9890.0740.3720.77100
3.19-3.3625.40.2767070.9940.0550.2750.921100
3.36-3.5725.50.19867520.9960.040.2021.215100
3.57-3.8524.10.1667480.9970.0330.1641.541100
3.85-4.2325.10.13267350.9980.0270.1351.883100
4.23-4.8525.70.10867600.9980.0210.112.087100
4.85-6.1124.50.09767570.9980.020.0991.782100
6.11-20025.20.07468480.9990.0150.0751.90899.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.11.1_2575: ???)精密化
HKL-2000データ収集
HKL-2000データスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
PHASER位相決定
Cootモデル構築
HKL-2000データ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4EY4

4ey4


解像度: 2.257→49.299 Å / SU ML: 0.27 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 23.88
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1862 6662 4.95 %RANDOM
Rwork0.1617 ---
obs0.163 134527 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 147.75 Å2 / Biso mean: 69.7615 Å2 / Biso min: 47.01 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.257→49.299 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数8502 0 125 388 9015
Biso mean--98.34 69.99 -
残基数----1074
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0118967
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.06812262
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1761299
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0071618
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.8585274
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A5175X-RAY DIFFRACTION3.821TORSIONAL
12B5175X-RAY DIFFRACTION3.821TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 30

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.2574-2.2830.35091640.32123540370481
2.283-2.30990.35082280.313442564484100
2.3099-2.33810.32661890.299342724461100
2.3381-2.36770.30442310.280942854516100
2.3677-2.39880.29782100.267742834493100
2.3988-2.43170.27492040.263243194523100
2.4317-2.46640.27452350.253242714506100
2.4664-2.50320.28382190.251542684487100
2.5032-2.54230.26922610.231842584519100
2.5423-2.5840.25752270.227342424469100
2.584-2.62860.26532250.225242734498100
2.6286-2.67640.27042190.233943204539100
2.6764-2.72780.23641820.229443314513100
2.7278-2.78350.25872330.219542714504100
2.7835-2.8440.25052320.215642424474100
2.844-2.91020.29331800.222943054485100
2.9102-2.98290.26172280.212543034531100
2.9829-3.06360.24062340.205643014535100
3.0636-3.15370.25582340.20242484482100
3.1537-3.25550.25542370.207242874524100
3.2555-3.37180.23412320.203342614493100
3.3718-3.50680.20182400.174942944534100
3.5068-3.66630.19032670.162242664533100
3.6663-3.85960.18372090.148542864495100
3.8596-4.10130.14312000.129443254525100
4.1013-4.41780.132500.113742924542100
4.4178-4.8620.12622530.106242724525100
4.862-5.56470.12512200.118643124532100
5.5647-7.00770.14722150.129843154530100
7.0077-49.31090.15712040.140743674571100

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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