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万見
- PDB-6ar4: Crystal structure of PICK1 in complex with the small molecule inh... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ar4
タイトルCrystal structure of PICK1 in complex with the small molecule inhibitor 1o
要素PRKCA-binding protein
キーワードActin Binding protein / PDZ domain PDZ inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


membrane curvature sensor activity / glial cell development / postsynaptic early endosome / neuronal ion channel clustering / Arp2/3 complex binding / cellular response to decreased oxygen levels / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / monoamine transport ...membrane curvature sensor activity / glial cell development / postsynaptic early endosome / neuronal ion channel clustering / Arp2/3 complex binding / cellular response to decreased oxygen levels / Trafficking of GluR2-containing AMPA receptors / regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / negative regulation of Arp2/3 complex-mediated actin nucleation / monoamine transport / retrograde vesicle-mediated transport, Golgi to endoplasmic reticulum / dendritic spine organization / : / long-term synaptic depression / dendritic spine maintenance / receptor clustering / positive regulation of receptor internalization / cellular response to glucose starvation / regulation of insulin secretion / trans-Golgi network membrane / G protein-coupled receptor binding / Cell surface interactions at the vascular wall / protein kinase C binding / intracellular protein transport / phospholipid binding / endocytic vesicle membrane / actin filament binding / synaptic vesicle / presynaptic membrane / postsynaptic density / cytoskeleton / neuron projection / protein phosphorylation / protein domain specific binding / signaling receptor binding / synapse / perinuclear region of cytoplasm / Golgi apparatus / identical protein binding / metal ion binding / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
PICK1, BAR domain / Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / AH/BAR domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain ...PICK1, BAR domain / Arfaptin homology (AH) domain / Arfaptin family / Arfaptin-like domain / Arfaptin homology (AH) domain profile. / Arfaptin-like domain / AH/BAR domain superfamily / PDZ domain / Pdz3 Domain / PDZ domain / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Roll / Mainly Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-BQA / PRKCA-binding protein
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Marcotte, D.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2018
タイトル: Potent PDZ-Domain PICK1 Inhibitors that Modulate Amyloid Beta-Mediated Synaptic Dysfunction.
著者: Lin, E.Y.S. / Silvian, L.F. / Marcotte, D.J. / Banos, C.C. / Jow, F. / Chan, T.R. / Arduini, R.M. / Qian, F. / Baker, D.P. / Bergeron, C. / Hession, C.A. / Huganir, R.L. / Borenstein, C.F. / ...著者: Lin, E.Y.S. / Silvian, L.F. / Marcotte, D.J. / Banos, C.C. / Jow, F. / Chan, T.R. / Arduini, R.M. / Qian, F. / Baker, D.P. / Bergeron, C. / Hession, C.A. / Huganir, R.L. / Borenstein, C.F. / Enyedy, I. / Zou, J. / Rohde, E. / Wittmann, M. / Kumaravel, G. / Rhodes, K.J. / Scannevin, R.H. / Dunah, A.W. / Guckian, K.M.
履歴
登録2017年8月21日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年9月19日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: citation / citation_author / struct
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct.title
改定 1.22023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession
改定 1.32024年10月23日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: PRKCA-binding protein
B: PRKCA-binding protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,1884
ポリマ－27,0812
非ポリマー1,1072
水4,450247
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration, Dimer has been formed artificially using peptide linker and oxidation of cysteines.
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area890 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area9480 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)54.311, 54.311, 77.633
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number145
Space group name H-MP32

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要素

#1: タンパク質 PRKCA-binding protein / Protein interacting with C kinase 1 / Protein kinase C-alpha-binding protein


分子量: 13540.405 Da / 分子数: 2 / 断片: PDZ domain / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: PICK1, PRKCABP / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9NRD5
#2: 化合物 ChemComp-BQA / N-[4-(4-bromophenyl)-1-{[2-(trifluoromethyl)phenyl]methyl}piperidine-4-carbonyl]-3-cyclopropyl-L-alanine


分子量: 553.411 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C26H28BrF3N2O3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 247 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.44 Å3/Da / 溶媒含有率: 49.61 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.5 / 詳細: 25% PEG3350, 0.1M BisTRIS pH 6.4

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 31-ID / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2012年3月2日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→47.03 Å / Num. obs: 28410 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.1 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.062 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.069 / Net I/σ(I): 16.4
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.69-1.724.41.24314030.4940.6351.40297.8
9.1-47.035.10.021460.9990.010.02378

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.5.32データスケーリング
REFMAC5.8.0158精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
MOLREPv1.0位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3HPK

3hpk


解像度: 1.69→25.63 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.969 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.952 / SU B: 0.362 / SU ML: 0.014 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.016 / ESU R Free: 0.017
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1897 1424 5 %RANDOM
Rwork0.157 ---
obs0.1588 27103 99.58 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å
原子変位パラメータBiso max: 108.95 Å2 / Biso mean: 28.638 Å2 / Biso min: 15.81 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.06 Å20 Å20 Å2
2--0.06 Å20 Å2
3----0.12 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.69→25.63 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1266 0 70 247 1583
Biso mean--41.06 37.41 -
残基数----173
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0320.0191371
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021320
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.8562.0391868
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.52233077
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.2545175
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.3726.81844
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg17.92615231
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg29.542152
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1960.2220
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0150.021490
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0030.02234
LS精密化 シェル解像度: 1.69→1.734 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.111 112 -
Rwork0.07 1945 -
all-2057 -
obs--99.28 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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