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- PDB-6aqk: Crystal structure of the C-terminal toxin domain of RHS2 from Yer... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aqk
タイトルCrystal structure of the C-terminal toxin domain of RHS2 from Yersinia entomophaga
要素Toxin protein
キーワードTOXIN / ADP-ribosylation / ADP-ribosyltransferase
機能・相同性Toxin complex C-like repeat / Tripartite Tc toxins repeat / Rhs repeat-associated core / : / metal ion binding / BROMIDE ION / : / RHS2
機能・相同性情報
生物種Yersinia entomophaga (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 1.8 Å
データ登録者Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
資金援助 ニュージーランド, 1件
組織認可番号国
Marsden Fund14-UOA-146 ニュージーランド
引用ジャーナル: To be published
タイトル: Crystal structure of the C-terminal toxin domain of RHS2 from Yersinia entomophaga
著者: Busby, J.N. / Hurst, M.R.H. / Lott, J.S.
履歴
登録2017年8月20日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月22日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年3月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Toxin protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)27,63317
ポリマ－26,0631
非ポリマー1,56916
水1,38777
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)37.510, 54.520, 100.820
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Toxin protein


分子量: 26063.283 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 738-963 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Yersinia entomophaga (バクテリア)
遺伝子: RHS2 / プラスミド: pDEST17 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): LOBSTR(DE3) / 参照: UniProt: A0A2D0TC51*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PT / PLATINUM (II) ION


分子量: 195.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Pt
#3: 化合物
ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド


分子量: 35.453 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#4: 化合物 ChemComp-BR / BROMIDE ION / ブロミド


分子量: 79.904 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Br
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 77 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細First 4 N-terminal residues GSGA are from a purification tag

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.98 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.81 % / 解説: plate
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 7.5 / 詳細: 29% PEG 2000 MME, 0.15 M KBr

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1.07219 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年8月15日
放射モノクロメーター: Silicon Double Crystal / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.07219 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.8→50.41 Å / Num. obs: 18821 / % possible obs: 99.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 13.523 % / Biso Wilson estimate: 42.029 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.107 / Rrim(I) all: 0.111 / Χ2: 1.091 / Net I/σ(I): 11.92 / Num. measured all: 499693 / Scaling rejects: 398
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
1.8-1.859.6882.095125906273826740.3992.21297.7
1.85-1.912.0631.5771.5732183266826680.6171.647100
1.9-1.9513.9041.362.0536275260926090.7841.412100
1.95-2.0114.3680.9723.0436207252025200.8551.008100
2.01-2.0814.2610.7633.8234967245224520.9270.792100
2.08-2.1514.1050.5565.1633162235123510.9520.577100
2.15-2.2313.7280.4286.5530956225522550.9670.445100
2.23-2.3213.2230.3417.8129395222322230.9810.355100
2.32-2.4313.5480.289.528179208020800.9860.291100
2.43-2.5514.5090.22711.7329555203720370.9930.236100
2.55-2.6814.560.18914.0528043192619260.9920.196100
2.68-2.8514.3120.1517.0825561178617860.9940.156100
2.85-3.0413.9480.12720.0723823170817080.9960.132100
3.04-3.2913.0320.123.3320486157215720.9970.105100
3.29-3.613.410.08427.7119592146114610.9980.087100
3.6-4.0314.7060.07932.3119339131513150.9980.081100
4.03-4.6514.3720.07133.616873117411740.9980.074100
4.65-5.6913.8480.06433.23134609729720.9990.066100
5.69-8.0513.0270.06132.8197707507500.9980.064100
8.05-50.4114.2270.04636.959614204190.9990.04799.8

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位相決定

位相決定手法: 単波長異常分散
Phasing dm手法: Solvent flattening and Histogram matching / 反射: 15837
Phasing dm shell
解像度 (Å)Delta phi finalFOM 反射
6.42-100200.762504
5.04-6.4225.80.876501
4.38-5.0420.70.898505
3.96-4.3824.50.879505
3.66-3.9623.60.867505
3.43-3.6624.30.869502
3.25-3.4330.50.857511
3.1-3.25290.862515
2.98-3.131.10.841525
2.86-2.9832.70.819522
2.76-2.86310.829575
2.67-2.7630.40.846561
2.59-2.6733.80.82623
2.51-2.5931.40.836587
2.45-2.5134.40.822637
2.38-2.4530.10.842647
2.32-2.3830.20.847651
2.27-2.3232.90.828698
2.22-2.2731.50.829680
2.17-2.2231.90.819721
2.12-2.1734.20.818716
2.08-2.1232.10.806722
2.04-2.0834.20.792757
2.01-2.0432.40.784746
1.94-2.0136.50.751421

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0158精密化
Blu-Iceデータ収集
XDSJun 1, 2017 BUILT=20170720データ抽出
XSCALEJun 1, 2017 BUILT=20170720データスケーリング
Aimless0.5.32データ削減
SHELXDE2016/1位相決定
直接法7.0.044位相決定
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 1.8→50.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.96 / WRfactor Rfree: 0.233 / WRfactor Rwork: 0.181 / FOM work R set: 0.8024 / SU B: 3.682 / SU ML: 0.108 / SU R Cruickshank DPI: 0.1308 / SU Rfree: 0.1281 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.131 / ESU R Free: 0.128 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2258 995 5 %RANDOM
Rwork0.181 ---
obs0.1834 18821 99.81 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 180.4 Å2 / Biso mean: 38.567 Å2 / Biso min: 24.51 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.22 Å20 Å20 Å2
2---2 Å20 Å2
3---2.22 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.8→50.41 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1704 0 16 77 1797
Biso mean--74.76 40.93 -
残基数----216
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0180.0191758
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.021542
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8241.9452383
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0233598
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7145217
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.28624.56881
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.47615292
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg12.54156
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1160.2249
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0211964
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02358
LS精密化 シェル解像度: 1.8→1.847 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.288 67 -
Rwork0.303 1330 -
all-1397 -
obs--97.49 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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