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- PDB-6aqh: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium the... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aqh
タイトルCrystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium thermoresistibile complexed with L-lysine and Cladosporin
要素Lysine--tRNA ligase
キーワードLIGASE/INHIBITOR / SSGCID / Lysine--tRNA ligase / synthetase / cladosporin / Structural Genomics / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / LIGASE-INHIBITOR complex
機能・相同性
機能・相同性情報


lysine-tRNA ligase / lysine-tRNA ligase activity / lysyl-tRNA aminoacylation / nucleic acid binding / magnesium ion binding / ATP binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II ...Lysine-tRNA ligase, class II / Lysine-tRNA ligase, class II, N-terminal / Lysyl-tRNA synthetase, class II, C-terminal / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II (D/K/N) / tRNA synthetases class II (D, K and N) / OB-fold nucleic acid binding domain, AA-tRNA synthetase-type / OB-fold nucleic acid binding domain / Bira Bifunctional Protein; Domain 2 / BirA Bifunctional Protein; domain 2 / Aminoacyl-tRNA synthetase, class II / Aminoacyl-transfer RNA synthetases class-II family profile. / Class II Aminoacyl-tRNA synthetase/Biotinyl protein ligase (BPL) and lipoyl protein ligase (LPL) / Nucleic acid-binding proteins / OB fold (Dihydrolipoamide Acetyltransferase, E2P) / Nucleic acid-binding, OB-fold / Beta Barrel / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
cladosporin / LYSINE / Lysine--tRNA ligase
類似検索 - 構成要素
生物種Mycobacterium thermoresistibile (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.35 Å
データ登録者Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: to be published
タイトル: Crystal Structure of Lysyl-tRNA Synthetase from Mycobacterium thermoresistibile complexed with L-lysine and Cladosporin
著者: Dranow, D.M. / Lorimer, D.D. / Edwards, T.E.
履歴
登録2017年8月19日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Lysine--tRNA ligase
B: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)229,83614
ポリマ－227,9544
非ポリマー1,88210
水4,900272
1
A: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4283
ポリマ－56,9881
非ポリマー4402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,5525
ポリマ－56,9881
非ポリマー5644
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4283
ポリマ－56,9881
非ポリマー4402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)57,4283
ポリマ－56,9881
非ポリマー4402
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
A: Lysine--tRNA ligase
C: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,8566
ポリマ－113,9772
非ポリマー8794
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area8470 Å2
ΔGint-39 kcal/mol
Surface area37590 Å2
手法PISA
6
B: Lysine--tRNA ligase
D: Lysine--tRNA ligase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)114,9808
ポリマ－113,9772
非ポリマー1,0036
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area9050 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area37790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.460, 88.160, 123.430
Angle α, β, γ (deg.)93.340, 96.450, 98.930
Int Tables number1
Space group name H-MP1

-
要素

#1: タンパク質
Lysine--tRNA ligase / Lysyl-tRNA synthetase / LysRS


分子量: 56988.488 Da / 分子数: 4 / 断片: MyulA.00612.a.B1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Mycobacterium thermoresistibile (strain ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316) (バクテリア)
株: ATCC 19527 / DSM 44167 / CIP 105390 / JCM 6362 / NCTC 10409 / 316
遺伝子: lysS, KEK_07907 / プラスミド: MythA.00612.a.B1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) / 参照: UniProt: G7CF12, lysine-tRNA ligase
#2: 化合物
ChemComp-LYS / LYSINE / 2-アンモニオ-2-デアミノ-L-リシンアニオン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 147.195 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H15N2O2
#3: 化合物
ChemComp-KRS / cladosporin / (3R)-3-[[(2R,6S)-6-methyloxan-2-yl]methyl]-6,8-bis(oxidanyl)-3,4-dihydroisochromen-1-one / クラドスポリン


分子量: 292.327 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H20O5
#4: 化合物 ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 272 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.5 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.75 %
結晶化温度: 290 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 9.1
詳細: MythA.00612.a.B1.PW38257 at 33.5 mg/ml was incubated with 2 mM L-Lysine and 1 mM cladosporin, then mixed 1:1 with MCSG1 (d12): 0.2 M ammonium chloride, pH = 6.3, 20% (w/v) PEG-3350, ...詳細: MythA.00612.a.B1.PW38257 at 33.5 mg/ml was incubated with 2 mM L-Lysine and 1 mM cladosporin, then mixed 1:1 with MCSG1 (d12): 0.2 M ammonium chloride, pH = 6.3, 20% (w/v) PEG-3350, cryoprotected with 20% ethylene glycol. Tray: 293203d12, puck: ryc9-9.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-F / 波長: 0.97872 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月4日 / 詳細: Beryllium Lenses
放射モノクロメーター: Diamond [111] / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97872 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.35→42.457 Å / Num. obs: 87176 / % possible obs: 94.8 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 2.285 % / Biso Wilson estimate: 47.06 Å2 / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.054 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1 / Net I/σ(I): 10.13 / Num. measured all: 199158 / Scaling rejects: 53
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.35-2.412.3780.5761.9715504683165210.8660.75195.5
2.41-2.482.3770.4842.3114900659762680.8910.6395
2.48-2.552.3640.3832.9214657651662000.9220.49895.2
2.55-2.632.3640.3043.5714010622059260.9540.39595.3
2.63-2.712.3510.2454.1913402602357000.9680.3294.6
2.71-2.812.3450.1875.2513143594656040.9810.24494.2
2.81-2.912.3180.1486.6412261560752890.9840.19494.3
2.91-3.032.3020.1187.8611859546851510.9880.15594.2
3.03-3.172.2710.0869.911179524349220.9910.11493.9
3.17-3.322.2460.0681210495498346720.9930.09193.8
3.32-3.52.2180.05414.199796473744170.9940.07393.2
3.5-3.722.1880.04416.49158448741860.9950.0693.3
3.72-3.972.1810.03917.648699423039880.9960.05394.3
3.97-4.292.1640.03519.358055391537220.9960.04795.1
4.29-4.72.1610.03220.727441360534430.9970.04395.5
4.7-5.252.170.03320.86873329431680.9970.04496.2
5.25-6.072.1980.03320.46146288627960.9960.04496.9
6.07-7.432.2150.03121.325284243423860.9970.0498
7.43-10.512.240.03222.594138187718470.9970.04198.4
10.51-42.4572.2250.02922.91215810259700.9970.03794.6

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VL1

5vl1


解像度: 2.35→42.457 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 32.14
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2538 2073 2.38 %
Rwork0.2243 --
obs0.225 86921 94.58 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 129.92 Å2 / Biso mean: 59.27 Å2 / Biso min: 29.89 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.35→42.457 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数14952 0 132 273 15357
Biso mean--51.84 47.5 -
残基数----1953
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00215441
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.43721035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.042389
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0042765
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d14.7249235
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 15

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.35-2.40470.37731250.33785723584895
2.4047-2.46480.38311280.33765633576195
2.4648-2.53140.36351300.32725708583895
2.5314-2.60590.41381420.32255636577895
2.6059-2.690.32061680.31445656582494
2.69-2.78610.36221390.30675582572194
2.7861-2.89770.35011560.29745622577894
2.8977-3.02950.31311400.29935575571594
3.0295-3.18920.33661200.29145646576694
3.1892-3.38890.28211520.2655575572794
3.3889-3.65040.25151310.23815584571593
3.6504-4.01750.23031340.20735638577294
4.0175-4.59830.18791280.16235713584195
4.5983-5.7910.19061350.16855741587696
5.791-42.46350.17871450.15465816596197
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.10720.1201-0.27212.4027-0.24713.2697-0.22170.12850.5797-0.1654-0.00170.3796-0.7319-1.21170.16070.94460.3423-0.23050.7520.05810.7197-24.918227.3852-9.598
20.8761-0.13310.06260.79250.67453.9294-0.0015-0.01720.0763-0.0623-0.17310.2827-0.309-0.61270.14490.65780.105-0.03140.4569-0.03060.4792-12.780517.1543-0.7402
32.36511.71962.22171.70651.87842.2388-2.6246-1.6241-1.462-4.20571.7636-2.1035-1.6251-1.72460.85030.5891-0.16440.09130.4506-0.05210.6651-10.449313.76740.3672
43.5390.0199-1.69012.47660.80273.64030.07760.16280.0767-0.4664-0.0386-0.1181-0.05310.1048-0.04420.7291-0.00590.04580.3305-0.01410.3912-9.1241-19.4072-87.4301
50.7299-0.6742-0.48042.2071.36891.3918-0.01320.13520.0506-0.2786-0.09770.1086-0.0737-0.10320.13140.4629-0.0204-0.0150.30150.03530.3039-21.8874-1.3271-70.4621
63.3472-1.4670.47272.50220.41142.92350.19930.4640.2121-0.5585-0.32680.3419-0.3269-0.78270.12660.55120.0635-0.12250.61480.07580.485-35.877425.774-72.3557
70.9413-0.6368-0.57462.16941.70464.74090.10.23250.1027-0.2033-0.24550.3043-0.1355-0.46730.15960.38870.0035-0.04220.3763-0.00810.4724-33.903820.5146-60.7665
85.62585.72483.89075.82543.95912.6908-1.77040.01980.6537-2.5590.980.1428-0.9698-0.38550.92810.3168-0.1225-0.08870.5613-0.11610.5003-31.064617.6383-59.7089
93.66242.19131.43913.10860.52441.5384-0.1274-0.1989-0.104-0.04740.0654-0.1145-0.22940.01760.07010.80740.08880.0810.4391-0.06120.44785.513129.954922.5982
100.87420.29530.29171.90330.84841.45550.1141-0.0741-0.1010.36120.0516-0.13010.16150.0325-0.17750.64720.0338-0.05860.3797-0.00320.40852.683-6.18116.5269
110.66750.16180.14210.89410.1370.89630.0637-0.1221-0.25770.57080.0305-0.11740.46410.0023-0.09190.91380.0728-0.12380.4071-0.01770.53192.0575-26.45826.3175
125.7022-2.6922-4.25678.33997.59857.59620.6553-1.72730.4851-0.44660.1013-0.18120.00991.736-0.71110.79810.0197-0.33470.4628-0.02440.72630.9227-18.14191.104
132.87350.9098-0.00514.5490.33182.02950.0289-0.22390.22360.18150.1362-0.19380.13670.1424-0.16110.38860.0088-0.0060.3429-0.08840.338-15.489431.8805-39.2143
141.1333-0.67010.03041.72610.08940.7879-0.089-0.0256-0.14490.0920.0511-0.07340.06380.03950.0410.5128-0.00810.01130.30930.00370.3374-14.2387-13.1504-54.2805
151.15040.07410.16632.50070.27370.96110.0038-0.0557-0.09570.2002-0.13460.17050.0457-0.25110.10160.5602-0.0370.02480.36820.01520.3665-19.0282-14.5402-57.5404
161.99411.99931.99182.01021.98782.00450.8394-0.93980.2135-1.8566-0.2615-0.1739-1.00151.5888-0.61420.5437-0.00730.03720.442-0.04040.2735-17.6163-13.2108-58.9509
173.29681.0223-1.21532.95170.21971.5998-0.1320.5793-0.3352-0.04320.2709-0.4511-0.00980.0101-0.13310.516-0.0032-0.02160.5991-0.22480.57210.8623-23.0895-26.0547
182.33411.0398-0.80882.6451.32971.8934-0.21810.81-0.4305-0.13490.2955-0.6217-0.1701-0.0617-0.07310.5345-0.0333-0.01780.6739-0.2170.4987.0965-22.0516-28.1172
191.3518-0.03680.1212.07820.82292.0667-0.00270.0830.0866-0.0376-0.04440.0272-0.20520.00250.03890.52830.0455-0.03120.33870.02360.3769-4.17748.2024-3.6051
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'C' and (resid 321 through 376 )C321 - 376
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'C' and (resid 377 through 497 )C377 - 497
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'C' and (resid 601 through 601 )C601
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 10 through 100 )D10 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 101 through 281 )D101 - 281
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 282 through 376 )D282 - 376
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'D' and (resid 377 through 498 )D377 - 498
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'D' and (resid 601 through 601 )D601
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 11 through 143 )A11 - 143
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 144 through 320 )A144 - 320
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'A' and (resid 321 through 497 )A321 - 497
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'A' and (resid 601 through 601 )A601
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 9 through 172 )B9 - 172
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 173 through 409 )B173 - 409
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 410 through 498 )B410 - 498
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 601 through 601 )B601
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 11 through 89 )C11 - 89
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 90 through 172 )C90 - 172
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 173 through 320 )C173 - 320

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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