[日本語] English
万見
- PDB-6aq3: Crystal structure of a trafficking protein particle complex subun... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aq3
タイトルCrystal structure of a trafficking protein particle complex subunit 3 from Naegleria fowleri covalently bound to palmitic acid
要素trafficking protein particle complex subunit 3
キーワードTRANSPORT PROTEIN / structural genomics / brain eating bacteria / NIAID / lipid / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease / SSGCID
機能・相同性
機能・相同性情報


TRAPP complex / cis-Golgi network membrane / intra-Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum to Golgi vesicle-mediated transport / endoplasmic reticulum / cytosol
類似検索 - 分子機能
Trafficking protein particle complex subunit 3 / Bet3 family / Transport protein particle (TRAPP) component / Transport protein particle (TRAPP) component / Muramoyl-pentapeptide Carboxypeptidase; domain 2 / NO signalling/Golgi transport ligand-binding domain superfamily / 2-Layer Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
PALMITIC ACID / Trafficking protein particle complex subunit
類似検索 - 構成要素
生物種Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Edwards, T.E. / Seattle Structural Genomics Center for Infectious Disease (SSGCID)
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of a trafficking protein particle complex subunit 3 from Naegleria fowleri covalently bound to palmitic acid
著者: Edwards, T.E. / Abendroth, J. / Lorimer, D.D.
履歴
登録2017年8月18日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02017年8月30日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年10月30日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: trafficking protein particle complex subunit 3
B: trafficking protein particle complex subunit 3
C: trafficking protein particle complex subunit 3
D: trafficking protein particle complex subunit 3
E: trafficking protein particle complex subunit 3
F: trafficking protein particle complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)136,78923
ポリマ－134,5676
非ポリマー2,22117
水1,982110
1
A: trafficking protein particle complex subunit 3
C: trafficking protein particle complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,5557
ポリマ－44,8562
非ポリマー6995
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4570 Å2
ΔGint-18 kcal/mol
Surface area14530 Å2
手法PISA
2
B: trafficking protein particle complex subunit 3
D: trafficking protein particle complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6178
ポリマ－44,8562
非ポリマー7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5050 Å2
ΔGint-19 kcal/mol
Surface area15100 Å2
手法PISA
3
E: trafficking protein particle complex subunit 3
F: trafficking protein particle complex subunit 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)45,6178
ポリマ－44,8562
非ポリマー7616
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5120 Å2
ΔGint-14 kcal/mol
Surface area15290 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)53.640, 78.670, 80.570
Angle α, β, γ (deg.)114.550, 87.670, 95.020
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 16 through 19 and (name N...
21(chain B and ((resid 16 through 19 and (name N...
31(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...
41(chain D and ((resid 16 through 19 and (name N...
51(chain E and ((resid 16 through 19 and (name N...
61(chain F and ((resid 16 through 19 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11GLUGLUASNASN(chain A and ((resid 16 through 19 and (name N...AA16 - 1924 - 27
12GLUGLUPLMPLM(chain A and ((resid 16 through 19 and (name N...AA - G16 - 20124
13GLUGLUPLMPLM(chain A and ((resid 16 through 19 and (name N...AA - G16 - 20124
14GLUGLUPLMPLM(chain A and ((resid 16 through 19 and (name N...AA - G16 - 20124
15GLUGLUPLMPLM(chain A and ((resid 16 through 19 and (name N...AA - G16 - 20124
21GLUGLUASNASN(chain B and ((resid 16 through 19 and (name N...BB16 - 1924 - 27
22THRTHRPLMPLM(chain B and ((resid 16 through 19 and (name N...BB - J11 - 20119
23THRTHRPLMPLM(chain B and ((resid 16 through 19 and (name N...BB - J11 - 20119
24THRTHRPLMPLM(chain B and ((resid 16 through 19 and (name N...BB - J11 - 20119
25THRTHRPLMPLM(chain B and ((resid 16 through 19 and (name N...BB - J11 - 20119
31GLUGLULEULEU(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...CC16 - 3524 - 43
32LYSLYSASPASP(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...CC36 - 3744 - 45
33ILEILEPLMPLM(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...CC - N15 - 20123
34ILEILEPLMPLM(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...CC - N15 - 20123
35ILEILEPLMPLM(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...CC - N15 - 20123
36ILEILEPLMPLM(chain C and (resid 16 through 35 or (resid 36...CC - N15 - 20123
41GLUGLUASNASN(chain D and ((resid 16 through 19 and (name N...DD16 - 1924 - 27
42PHEPHEPLMPLM(chain D and ((resid 16 through 19 and (name N...DD - P12 - 20120
43PHEPHEPLMPLM(chain D and ((resid 16 through 19 and (name N...DD - P12 - 20120
44PHEPHEPLMPLM(chain D and ((resid 16 through 19 and (name N...DD - P12 - 20120
45PHEPHEPLMPLM(chain D and ((resid 16 through 19 and (name N...DD - P12 - 20120
51GLUGLUASNASN(chain E and ((resid 16 through 19 and (name N...EE16 - 1924 - 27
52LYSLYSEDOEDO(chain E and ((resid 16 through 19 and (name N...EE - T14 - 20322
53LYSLYSEDOEDO(chain E and ((resid 16 through 19 and (name N...EE - T14 - 20322
54LYSLYSEDOEDO(chain E and ((resid 16 through 19 and (name N...EE - T14 - 20322
55LYSLYSEDOEDO(chain E and ((resid 16 through 19 and (name N...EE - T14 - 20322
61GLUGLUASNASN(chain F and ((resid 16 through 19 and (name N...FF16 - 1924 - 27
62ASNASNEDOEDO(chain F and ((resid 16 through 19 and (name N...FF - U13 - 20121
63ASNASNEDOEDO(chain F and ((resid 16 through 19 and (name N...FF - U13 - 20121
64ASNASNEDOEDO(chain F and ((resid 16 through 19 and (name N...FF - U13 - 20121
65ASNASNEDOEDO(chain F and ((resid 16 through 19 and (name N...FF - U13 - 20121

-
要素

#1: タンパク質
trafficking protein particle complex subunit 3


分子量: 22427.902 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Naegleria fowleri (フォーラーネグレリア)
株: ATCC 30863 / 遺伝子: NF0066220 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0A2D0TCJ8*PLUS
#2: 化合物
ChemComp-PLM / PALMITIC ACID / パルミチン酸


分子量: 256.424 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C16H32O2
#3: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL / エチレングリコ-ル


分子量: 62.068 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.29 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.27 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.5
詳細: 22 mg/mL NafoA.00964.a.B1 PS38152 against JCSG+ screen condition H10 (0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350), cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID ...詳細: 22 mg/mL NafoA.00964.a.B1 PS38152 against JCSG+ screen condition H10 (0.2 M ammonium sulfate, 0.1 M Bis-Tris, pH 5.5, 25% PEG3350), cryoprotectant: 15% ethylene glycol, crystal tracking ID 288103h10, unique puck ID afj8-5

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 21-ID-G / 波長: 0.97856 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2017年8月7日
放射モノクロメーター: diamond(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97856 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→33.381 Å / Num. obs: 45852 / % possible obs: 98.1 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 3.868 % / Biso Wilson estimate: 53.96 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.043 / Rrim(I) all: 0.05 / Χ2: 1.023 / Net I/σ(I): 18.62
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.4-2.463.9750.552.7533730.8280.63697.6
2.46-2.533.9510.4433.3832950.8950.51397.6
2.53-2.63.9360.3554.332050.920.41198
2.6-2.683.780.2675.6431120.960.31296.8
2.68-2.773.9310.236.2529920.9640.26798
2.77-2.873.9790.1598.2929380.9840.18498.3
2.87-2.983.9510.1211.1428410.9890.13898.1
2.98-3.13.9580.09213.7227040.9930.10798.4
3.1-3.243.9460.06817.7925980.9960.07998.4
3.24-3.393.930.05521.9125250.9970.06498.4
3.39-3.583.7390.04626.5323830.9970.05498.2
3.58-3.793.7060.03730.3922350.9980.04497.6
3.79-4.063.6430.03333.5620590.9980.03997.5
4.06-4.383.8030.02938.220050.9980.03498.9
4.38-4.83.7840.02740.4418230.9990.03299.2
4.8-5.373.7940.02740.4516470.9990.03198.7
5.37-6.23.820.02739.6714590.9990.03299.2
6.2-7.593.8130.02541.1912190.9990.02998.8
7.59-10.733.7620.02244.129500.9990.02598.7
10.73-33.3813.5660.02343.644890.9980.02794

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XSCALEデータスケーリング
PHENIX精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XDSデータ削減
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: PDB entry 1SZ7

1sz7


解像度: 2.4→33.381 Å / SU ML: 0.31 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.99 / 位相誤差: 25.68
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2086 2024 4.42 %
Rwork0.1712 --
obs0.173 45811 98.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 146.37 Å2 / Biso mean: 67.4393 Å2 / Biso min: 28.66 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.4→33.381 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数7715 0 146 111 7972
Biso mean--64.73 59.01 -
残基数----1014
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0087990
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9210742
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0551228
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0061365
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.4024887
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A4363X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
12B4363X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
13C4363X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
14D4363X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
15E4363X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
16F4363X-RAY DIFFRACTION8.697TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.4001-2.46010.30741520.25483090324297
2.4601-2.52660.30491360.23273138327498
2.5266-2.60090.24381460.2273110325698
2.6009-2.68480.32081340.24163114324897
2.6848-2.78070.25491260.21933099322598
2.7807-2.8920.24611340.22013137327198
2.892-3.02350.29081310.20883149328098
3.0235-3.18280.2611580.20373154331299
3.1828-3.3820.25431380.1953134327299
3.382-3.64290.24011460.17993146329298
3.6429-4.00890.19231540.16583061321597
4.0089-4.58770.16161820.12773131331399
4.5877-5.77520.16991300.13853193332399
5.7752-33.38430.17891570.15373131328899
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
18.258-2.41311.14944.6757-1.80239.06920.25850.2552-0.0373-0.7567-0.0860.1310.58760.9075-0.21980.525-0.0885-0.00240.46-0.06420.31868.889-3.2841-13.5685
28.47760.8746-1.17053.0881-2.9057.85240.13510.2038-0.84640.0648-0.1013-0.01140.6531-0.2117-0.10520.5286-0.031-0.0180.2615-0.06250.3947-4.3952-2.9174-7.4968
32.13461.2291.9841.03210.85774.9175-0.0833-0.906-1.05720.34030.21920.54010.7791-0.47950.07860.5789-0.10890.04350.53510.26890.6306-6.319-6.38316.8135
41.27880.1584-0.72442.21051.89362.2646-0.0392-0.5095-0.12050.62340.0919-0.01330.75170.86620.11880.7032-0.0581-0.05170.64020.1050.37924.6615-3.24529.0239
57.9245-4.1915-4.92455.18164.50816.7771-0.0729-1.00320.21930.39350.268-0.13580.04860.4422-0.28930.536-0.10820.01960.4721-0.0080.33711.04183.2497.2394
62.8367-3.6761-1.97665.82653.71218.8569-0.2476-0.74160.72540.12870.2591-0.9331-0.47691.42160.22320.5484-0.19430.04440.5565-0.02390.649613.49256.1453-7.6594
77.7907-1.4233-2.21042.7311-1.13922.51880.1653-0.42510.28050.1741-0.11760.051-0.05470.24290.03210.4794-0.0520.01470.33080.03530.3409-1.19243.4001-0.8487
83.4399-2.8055-2.12174.4216-0.31264.0331-0.04810.040.87250.0784-0.02410.287-0.26370.10620.05710.4314-0.1070.01710.35260.00760.3379-9.02915.56543.0464
97.8828-1.3814-0.07067.5321-2.5248.3506-0.0737-0.03770.33250.32860.4096-0.5731-0.37430.3961-0.13260.3457-0.0493-0.10280.5064-0.04110.51124.2669-22.365129.7729
107.12852.11730.09947.7872.86593.55680.05820.4084-0.23750.071-0.08250.48550.0866-0.43890.02790.30050.02830.01810.44670.05530.325613.2682-34.184327.8164
114.10750.8725-0.24819.0048-4.45084.1255-0.0320.6633-0.598-0.1517-0.2695-0.32330.29260.33890.33580.33450.01190.05340.6988-0.14450.468221.9019-43.162622.1254
125.09161.45640.07185.4055-1.0562.7659-0.07860.0497-0.25010.58-0.0787-0.9998-0.10910.69060.10890.36390.0268-0.08570.6233-0.10560.447824.2205-37.375832.2167
136.98631.7635-2.31862.51131.20013.00610.0963-0.04610.14260.4043-0.13890.0202-0.295-0.0333-0.0040.41540.07620.0220.2364-0.01840.38765.433-7.7164-21.4801
144.9084-4.29343.82944.138-3.68833.418-0.2598-1.9377-0.51582.63641.0539-0.17370.2516-0.4602-0.37650.86660.1734-0.12780.89660.16180.779119.0506-20.0805-10.3018
156.4588-1.7330.58754.4839-0.38452.30570.1638-0.006-1.10880.1271-0.1322-0.20650.47460.4675-0.07530.62120.0849-0.03450.35990.05310.672412.4169-27.8357-21.337
168.3805-2.24031.18533.7469-0.31812.21960.24460.4471-0.3225-0.2046-0.2621-0.38280.25960.25610.07970.4230.09770.02270.32540.03860.399.0466-17.9934-27.3288
176.2367-0.08681.48333.9002-0.06454.1917-0.2589-0.3905-0.2190.32110.59080.228-0.46570.0929-0.23920.44070.01020.03570.62060.16190.480415.7609-18.594229.5575
184.15990.68111.36129.28090.16116.46280.1270.09470.02630.1159-0.0183-1.2185-1.02690.96440.18960.4621-0.039-0.1480.5660.06460.508625.8406-9.599626.7129
191.60960.8337-1.60780.5067-0.87871.735-1.22370.90440.2061-0.22981.2786-0.09750.6039-0.83040.27111.3655-0.3822-0.09341.05920.08061.022130.1959-4.06588.1145
205.0235-0.38730.63363.6465-0.12152.9254-0.15880.09520.27650.22290.05680.1582-0.5657-0.18880.10170.5364-0.01540.0310.52750.10180.311416.7662-3.501121.8506
215.0250.0052-1.23377.21412.21898.7853-0.3519-0.0752-0.213-0.0027-0.10650.34150.45090.27830.41790.31260.06680.02020.3829-0.00240.6811-5.2125-51.4272-6.1047
229.2328-4.8903-0.41732.7401-0.06364.9230.0445-0.2305-0.4719-0.6375-0.00421.0982-0.1231-0.7928-0.09110.5366-0.0289-0.06290.5122-0.09920.6578-15.5828-47.1136-15.0469
231.7414-0.39022.04450.3975-0.44872.4627-0.5184-0.38161.1935-0.46830.4026-0.21280.1352-0.4054-0.03651.06720.1517-0.27090.7887-0.15841.2346-20.1733-28.4305-19.649
242.67781.4389-1.01721.42070.4765.6144-0.16190.0931-0.1261-0.1858-0.135-0.1519-0.01940.20610.24650.52120.0883-0.0240.35710.01020.7628-3.2504-41.0975-18.6486
256.42242.46333.68941.29170.47015.2370.28610.5043-0.0451-0.8007-0.32540.26810.2261-0.2250.10740.71380.1814-0.12140.4092-0.12480.8703-14.5989-44.0532-22.2054
262.2964-0.6127-2.07611.2068-0.51982.50770.08851.3079-0.3862-0.5752-0.2255-0.1825-0.07060.4583-0.05240.66330.1057-0.03120.3245-0.09430.878-8.6383-42.6151-24.9016
270.4230.1213-0.39811.46120.82333.9115-0.0761-0.46520.45740.11010.1469-0.0953-0.10640.3631-0.08550.32470.0431-0.02730.6125-0.16430.6407-8.1944-49.37496.0297
283.4423-1.19540.39754.0742-1.49429.6488-0.2713-1.0620.21530.38990.37580.1851-0.1659-0.1515-0.10120.37780.111-0.02641.0322-0.29690.7718-14.7836-45.734615.7891
291.7050.75822.62264.0894-1.43558.8129-0.6871-1.15350.7355-0.46120.53551.77360.0048-1.74990.12640.5209-0.0173-0.02071.0065-0.1581.0059-23.4841-57.73822.418
300.77640.02422.09083.4238-0.10713.5481-0.0757-1.1294-0.03380.19420.15620.24470.373-0.45680.05560.44150.0646-0.03371.0167-0.26140.5842-9.5366-53.988315.6156
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 16 through 40 )A16 - 40
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 41 through 67 )A41 - 67
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 68 through 93 )A68 - 93
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 94 through 100 )A94 - 100
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 101 through 119 )A101 - 119
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 120 through 136 )A120 - 136
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 137 through 168 )A137 - 168
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 169 through 181 )A169 - 181
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 11 through 40 )B11 - 40
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 41 through 76 )B41 - 76
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 77 through 107 )B77 - 107
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 108 through 181 )B108 - 181
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 15 through 57 )C15 - 57
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'C' and (resid 58 through 67 )C58 - 67
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'C' and (resid 68 through 119 )C68 - 119
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 120 through 181 )C120 - 181
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 12 through 40 )D12 - 40
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 41 through 66 )D41 - 66
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 67 through 76 )D67 - 76
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 77 through 181 )D77 - 181
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 14 through 40 )E14 - 40
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 41 through 66 )E41 - 66
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 67 through 76 )E67 - 76
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 77 through 136 )E77 - 136
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 137 through 158 )E137 - 158
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 159 through 184 )E159 - 184
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'F' and (resid 13 through 86 )F13 - 86
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 87 through 119 )F87 - 119
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 120 through 136 )F120 - 136
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 137 through 181 )F137 - 181

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る