PDB-6apl: Crystal Structure of human ST6GALNAC2 in complex with CMP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6apl

タイトル

Crystal Structure of human ST6GALNAC2 in complex with CMP

要素

Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

キーワード

TRANSFERASE / glycosyltransferase / Structural Genomics / PSI-Biology / Northeast Structural Genomics Consortium / NESG

機能・相同性

機能・相同性情報

alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase / alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase activity / protein sialylation / Maturation of protein 3a / sialyltransferase activity / Maturation of protein 3a / Termination of O-glycan biosynthesis / O-glycan processing / Sialic acid metabolism / protein O-linked glycosylation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.35 Å

データ登録者

Forouhar, F. / Moremen, K.W. / Northeast Structural Genomics Consortium (NESG) / Tong, L.

引用

ジャーナル: Nat. Chem. Biol. / 年: 2018
タイトル: Expression system for structural and functional studies of human glycosylation enzymes.
著者: Moremen, K.W. / Ramiah, A. / Stuart, M. / Steel, J. / Meng, L. / Forouhar, F. / Moniz, H.A. / Gahlay, G. / Gao, Z. / Chapla, D. / Wang, S. / Yang, J.Y. / Prabhakar, P.K. / Johnson, R. / Rosa, ...

履歴

登録	2017年8月17日	登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.0	2017年12月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2018年1月3日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2018年1月24日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.3	2020年7月29日	Group: Data collection / Derived calculations / Structure summary カテゴリ: chem_comp / entity ...chem_comp / entity / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_nonpoly / struct_conn / struct_site / struct_site_gen Item: _chem_comp.name / _chem_comp.type ..._chem_comp.name / _chem_comp.type / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _struct_conn.pdbx_role 解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation
改定 1.4	2024年4月3日	Group: Data collection / Database references ...Data collection / Database references / Refinement description / Structure summary カテゴリ: chem_comp / chem_comp_atom ...chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _chem_comp.pdbx_synonyms / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6apl.cif.gz	745.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6apl.ent.gz	617.4 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6apl.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	6apl_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	6apl_full_validation.pdf.gz	2.4 MB	表示
XML形式データ	6apl_validation.xml.gz	65.6 KB	表示
CIF形式データ	6apl_validation.cif.gz	87.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apl ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ap/6apl	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6apjC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1mmk-d 3r94-d 1evf-d 1ffl-d 6apj-2 4qp0-d 4h7c-d 2fpd-d 4hmn-d 6t5g-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

B: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

C: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

D: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

E: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

F: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

258 kDa, 6 ポリマー
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1

A: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, Both in solution and the crystal, the enzyme is monomeric
43 kDa, 1 ポリマー
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2

B: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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3

C: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43 kDa, 1 ポリマー
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4

D: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
43.3 kDa, 1 ポリマー
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5

E: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.6 kDa, 1 ポリマー
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6

F: Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
42.8 kDa, 1 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	71.168, 71.125, 138.608
Angle α, β, γ (deg.)	103.69, 97.26, 103.03
Int Tables number	1
Space group name H-M	P1

#1: タンパク質

Alpha-N-acetylgalactosaminide alpha-2,6-sialyltransferase 2 / GalNAc alpha-2 / 6-sialyltransferase II / ST6GalNAc II / ST6GalNAcII / SThM / Sialyltransferase 7B / SIAT7-B

分子量: 42271.477 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: ST6GALNAC2, SIAT7B, SIATL1, STHM / プラスミド: pGEn2
詳細 (発現宿主): mammalian expression vector (CMV promoter)
細胞株 (発現宿主): HEK293S GNT1- / 発現宿主:

Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9UJ37, EC: 2.4.99.-

#2: 化合物

ChemComp-C5P / CYTIDINE-5'-MONOPHOSPHATE / CMP

分子量: 323.197 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₉H₁₄N₃O₈P

#3: 糖

ChemComp-NAG / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose / N-acetyl-beta-D-glucosamine / 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-D-glucose / 2-acetamido-2-deoxy-glucose / N-ACETYL-D-GLUCOSAMINE / N-アセチル-β-D-グルコサミン

タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 221.208 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 組換発現 / 式: C₈H₁₅NO₆

識別子	タイプ	プログラム
DGlcpNAcb	CONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0
N-acetyl-b-D-glucopyranosamine	COMMON NAME	GMML 1.0
b-D-GlcpNAc	IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOL	PDB-CARE 1.0
GlcNAc	SNFG CARBOHYDRATE SYMBOL	GMML 1.0

#4: 水

ChemComp-HOH / water

分子量: 18.015 Da / 分子数: 215 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.5 Å³/Da / Density meas: 51 Mg/m³ / 溶媒含有率: 52.47 %
結晶化	温度: 277 K / 手法: マイクロバッチ法 / pH: 4.2 詳細: 0.1M Sodium Citrate (pH 4.2), 0.1M Ammonium Sulfate, and 24% (w/v) PEG 20000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRL / ビームライン: BL14-1 / 波長: 1.18076 Å
検出器	タイプ: MARMOSAIC 325 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2015年6月14日 / 詳細: mirrors
放射	モノクロメーター: SI III / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.18076 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.35→50 Å / Num. obs: 120969 / % possible obs: 97.5 % / Observed criterion σ(F): 0 / Observed criterion σ(I): 0 / 冗長度: 1.7 % / R_merge(I) obs: 0.059 / R_pim(I) all: 0.042 / Χ²: 1.374 / Net I/σ(I): 19.8
反射シェル	解像度: 2.35→2.39 Å / 冗長度: 1.6 % / R_merge(I) obs: 0.595 / Mean I/σ(I) obs: 1.2 / Num. unique obs: 6277 / R_pim(I) all: 0.421 / Χ²: 0.659 / % possible all: 96

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	(1.12_2829: ???)	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: the structure of apo enzyme, the associated PDB entry

解像度: 2.35→41.605 Å / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 2.01 / 位相誤差: 27.27 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2357	10322	10.03 %
R_work	0.1961	-	-
obs	0.2001	102956	97.87 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.35→41.605 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	14169	0	266	215	14650

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.004	14872
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.729	20206
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	21.198	8567
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.044	2194
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.005	2530

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.35-2.3767	0.3714	357	0.301	3064	X-RAY DIFFRACTION	97
2.3767-2.4047	0.3037	314	0.2832	3003	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4047-2.434	0.329	351	0.273	3060	X-RAY DIFFRACTION	97
2.434-2.4648	0.3029	359	0.2651	3056	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4648-2.4972	0.3189	353	0.2584	2999	X-RAY DIFFRACTION	97
2.4972-2.5314	0.302	322	0.2644	3140	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5314-2.5676	0.3217	335	0.2679	3039	X-RAY DIFFRACTION	97
2.5676-2.6059	0.3111	323	0.2688	3082	X-RAY DIFFRACTION	97
2.6059-2.6466	0.2992	335	0.249	3098	X-RAY DIFFRACTION	98
2.6466-2.69	0.3347	339	0.2565	3074	X-RAY DIFFRACTION	97
2.69-2.7364	0.2903	339	0.252	3091	X-RAY DIFFRACTION	97
2.7364-2.7861	0.2983	369	0.2444	3012	X-RAY DIFFRACTION	98
2.7861-2.8397	0.2871	361	0.233	3084	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8397-2.8976	0.2921	322	0.2326	3048	X-RAY DIFFRACTION	98
2.8976-2.9606	0.2698	346	0.2364	3171	X-RAY DIFFRACTION	98
2.9606-3.0295	0.283	355	0.2433	3025	X-RAY DIFFRACTION	98
3.0295-3.1052	0.309	348	0.2533	3108	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1052-3.1892	0.2767	313	0.2519	3087	X-RAY DIFFRACTION	98
3.1892-3.283	0.2775	343	0.232	3147	X-RAY DIFFRACTION	98
3.283-3.3889	0.2783	368	0.234	3113	X-RAY DIFFRACTION	98
3.3889-3.5099	0.2699	319	0.2202	3087	X-RAY DIFFRACTION	98
3.5099-3.6504	0.2559	365	0.2156	3063	X-RAY DIFFRACTION	99
3.6504-3.8164	0.2356	363	0.1957	3115	X-RAY DIFFRACTION	99
3.8164-4.0175	0.2	323	0.1757	3167	X-RAY DIFFRACTION	99
4.0175-4.269	0.2168	341	0.1674	3103	X-RAY DIFFRACTION	99
4.269-4.5982	0.1779	375	0.1516	3071	X-RAY DIFFRACTION	99
4.5982-5.0602	0.1902	320	0.1463	3183	X-RAY DIFFRACTION	99
5.0602-5.7907	0.2142	361	0.1674	3126	X-RAY DIFFRACTION	99
5.7907-7.2893	0.214	363	0.1785	3124	X-RAY DIFFRACTION	100
7.2893-41.6114	0.177	340	0.1545	3094	X-RAY DIFFRACTION	98

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	2.0115	-1.2059	0.1996	3.304	-0.6232	1.8873	0.1338	-0.0843	0.009	-0.4403	-0.087	-0.0017	-0.074	0.0982	-0.0163	0.4871	-0.0753	0.0494	0.384	0.0112	0.3128	0.2586	-0.8814	-0.5366
2	3.7244	-0.7861	0.7039	1.6405	0.0726	2.0049	0.0258	-0.4919	-0.0431	-0.0635	0.0505	-0.0636	-0.129	0.0541	-0.0016	0.4237	-0.0834	0.0421	0.4676	0.0026	0.3501	1.5715	-2.0595	65.7626
3	2.2992	0.5073	0.3733	2.7964	-0.0766	2.1999	-0.0765	0.1881	-0.1064	-0.0786	0.1109	0.576	-0.2311	-0.4544	-0.0907	0.502	0.0877	0.037	0.5282	-0.0005	0.4602	-28.2478	34.6311	-17.9073
4	2.8805	0.7533	0.3454	3.1669	-0.0401	2.1201	0.1595	-0.0586	-0.6766	0.3439	-0.0644	-0.0072	0.416	0.1676	-0.0136	0.5346	0.0641	0.027	0.5384	0.056	0.5646	-28.7889	-21.5466	83.2459
5	2.0968	-2.1027	-0.4025	6.7845	0.6205	2.0005	0.3349	0.245	0.1611	-1.5281	-0.237	0.1936	-0.1004	0.0517	-0.0809	0.799	0.0375	-0.0063	0.3757	0.035	0.3566	-13.9699	26.0231	41.0569
6	7.7112	-0.2334	-0.8435	1.1982	0.1481	2.326	0.0873	-1.4758	-0.1033	0.1587	0.0074	-0.2217	-0.0648	0.1214	-0.0128	0.4271	-0.0478	0.0037	0.7968	0.0538	0.437	31.0566	-9.6773	23.7649

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:403 ) )	A	66 - 374
2	X-RAY DIFFRACTION	1	( CHAIN A AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:403 ) )	A	402 - 403
3	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:403 ) )	B	66 - 374
4	X-RAY DIFFRACTION	2	( CHAIN B AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:403 ) )	B	402 - 403
5	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:403 ) )	C	66 - 374
6	X-RAY DIFFRACTION	3	( CHAIN C AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:403 ) )	C	402 - 403
7	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:404 ) )	D	66 - 374
8	X-RAY DIFFRACTION	4	( CHAIN D AND ( RESID 66:374 OR RESID 402:404 ) )	D	402 - 404
9	X-RAY DIFFRACTION	5	( CHAIN E AND RESID 66:374 )	E	66 - 374
10	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND ( RESID 70:374 OR RESID 402:402 ) )	F	70 - 374
11	X-RAY DIFFRACTION	6	( CHAIN F AND ( RESID 70:374 OR RESID 402:402 ) )	F	402

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
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関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

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