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- PDB-6ap7: Crystal Structure of DAD2 in complex with 2-(2-methyl-3-nitroanil... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ap7
タイトルCrystal Structure of DAD2 in complex with 2-(2-methyl-3-nitroanilino)benzoic acid
要素Probable strigolactone esterase DAD2
キーワードPLANT PROTEIN / alpha/beta hydrolase
機能・相同性
機能・相同性情報


strigolactone biosynthetic process / secondary shoot formation / hydrolase activity, acting on ester bonds / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素
類似検索 - 分子機能
Alpha/beta hydrolase family / Alpha/beta hydrolase fold-1 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
2-[(2-methyl-3-nitrophenyl)amino]benzoic acid / Probable strigolactone esterase DAD2
類似検索 - 構成要素
生物種Petunia hybrida (ナス科)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.51 Å
データ登録者Hamiaux, C.
資金援助 ニュージーランド, 2件
組織認可番号国
AGMARDT1323 ニュージーランド
MarsdenPAF1301 ニュージーランド
引用
ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2018
タイトル: Inhibition of strigolactone receptors byN-phenylanthranilic acid derivatives: Structural and functional insights.
著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S.M. / Luo, Z. / Lee, H.W. / Sharma, P. / Janssen, B.J. / Perry, N.B. / Denny, W.A. / Snowden, K.C.
#1: ジャーナル: Curr. Biol. / 年: 2012
タイトル: DAD2 is an alpha/beta hydrolase likely to be involved in the perception of the plant branching hormone, strigolactone.
著者: Hamiaux, C. / Drummond, R.S. / Janssen, B.J. / Ledger, S.E. / Cooney, J.M. / Newcomb, R.D. / Snowden, K.C.
履歴
登録2017年8月17日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年3月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年4月4日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI ..._citation.journal_abbrev / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22018年5月9日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title
改定 1.32023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Probable strigolactone esterase DAD2
B: Probable strigolactone esterase DAD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,4095
ポリマ－59,7722
非ポリマー6373
水8,107450
1
A: Probable strigolactone esterase DAD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,1582
ポリマ－29,8861
非ポリマー2721
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: Probable strigolactone esterase DAD2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2513
ポリマ－29,8861
非ポリマー3642
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)36.697, 48.315, 71.942
Angle α, β, γ (deg.)82.670, 86.760, 69.950
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: GLN / Beg label comp-ID: GLN / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Refine code: _ / Auth seq-ID: 3 - 266 / Label seq-ID: 5 - 268

Dom-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
1AA
2BB

-
要素

#1: タンパク質 Probable strigolactone esterase DAD2 / Protein DECREASED APICAL DOMINANCE 2


分子量: 29886.164 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: gene carrying C89Q mutation was codon optimized for E.coli expression
由来: (組換発現) Petunia hybrida (ナス科) / 遺伝子: DAD2 / プラスミド: pDEST566 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): Rosetta gami 2 / 参照: UniProt: J9U5U9
#2: 化合物 ChemComp-BNY / 2-[(2-methyl-3-nitrophenyl)amino]benzoic acid


分子量: 272.256 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H12N2O4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 450 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.02 Å3/Da / 溶媒含有率: 39.08 % / 解説: Rod
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.5 / 詳細: Tris/Acetate 0.1M, MgCl2 0.2M, PEG 3350 27%

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX1 / 波長: 0.9537 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 210r / 検出器: CCD / 日付: 2015年8月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.51→45.08 Å / Num. obs: 69577 / % possible obs: 95.9 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 10.3 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.084 / Rpim(I) all: 0.049 / Rrim(I) all: 0.098 / Net I/σ(I): 12.1
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) all% possible all
1.51-1.533.70.8326910.5930.4920.96674.9
8.26-45.083.80.0274370.9970.0160.03299.3

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRModel details: Phaser MODE: MR_AUTO
最高解像度最低解像度
Rotation5.16 Å36.27 Å
Translation5.16 Å36.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータスケーリング
Aimless0.5.12データ削減
PHASER2.5.7位相決定
REFMAC5.8.0124精密化
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4DNP

4dnp


解像度: 1.51→36.27 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.947 / SU B: 3.628 / SU ML: 0.066 / SU R Cruickshank DPI: 0.0811 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.081 / ESU R Free: 0.082
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1973 3485 5 %RANDOM
Rwork0.1644 ---
obs0.1661 66090 95.87 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.7 Å / 減衰半径: 0.7 Å / VDWプローブ半径: 1.1 Å
原子変位パラメータBiso max: 110.14 Å2 / Biso mean: 19.047 Å2 / Biso min: 5.63 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--0.1 Å20.12 Å2-0.09 Å2
2---0.01 Å20.2 Å2
3---0.24 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.51→36.27 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4154 0 46 450 4650
Biso mean--14.74 26.35 -
残基数----528
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0170.0194403
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0080.024178
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.761.966002
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.43639545
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.6775547
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg28.05922.585205
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.10215685
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.8421538
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1120.2666
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0110.0215075
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.010.021111
Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 32876 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.09 Å / Weight position: 0.05

Dom-IDAuth asym-ID
1A
2B
LS精密化 シェル解像度: 1.508→1.547 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.304 197 -
Rwork0.28 4204 -
all-4401 -
obs--81.91 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.18280.4644-0.1151.11-0.96592.0289-0.0153-0.06170.04110.03360.0128-0.03660.0199-0.04180.00260.012-0.0052-0.00170.10880.02140.0103-12.269-51.253-34.561
21.32030.03840.04040.8281-0.28351.2534-0.03540.08570.04-0.04910.00760.05330.0338-0.0190.02780.0137-0.034-0.01110.15350.04150.0168-9.323-36.398-70.369
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 266
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 266

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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