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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6aoz | ||||||
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タイトル | Crystal structure of human FLASH N-terminal domain C54S/C83A (Crystal form 1) | ||||||
要素 | CASP8-associated protein 2 | ||||||
キーワード | GENE REGULATION / coiled-coil | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Fas signaling pathway / SUMO polymer binding / peptidase activator activity involved in apoptotic process / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SUMOylation of transcription cofactors / apoptotic signaling pathway / PML body / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process ...Fas signaling pathway / SUMO polymer binding / peptidase activator activity involved in apoptotic process / death receptor binding / cysteine-type endopeptidase activator activity involved in apoptotic process / extrinsic apoptotic signaling pathway via death domain receptors / SUMOylation of transcription cofactors / apoptotic signaling pathway / PML body / activation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / cellular response to mechanical stimulus / transcription corepressor activity / signal transduction / mitochondrion / nucleoplasm / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.1 Å | ||||||
データ登録者 | Aik, W.S. / Tong, L. | ||||||
引用 | ジャーナル: PLoS ONE / 年: 2017 タイトル: The N-terminal domains of FLASH and Lsm11 form a 2:1 heterotrimer for histone pre-mRNA 3'-end processing. 著者: Aik, W.S. / Lin, M.H. / Tan, D. / Tripathy, A. / Marzluff, W.F. / Dominski, Z. / Chou, C.Y. / Tong, L. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6aoz.cif.gz | 72.9 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6aoz.ent.gz | 54.5 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6aoz.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 6aoz_validation.pdf.gz | 467.5 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 6aoz_full_validation.pdf.gz | 469.1 KB | 表示 | |
XML形式データ | 6aoz_validation.xml.gz | 12 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 6aoz_validation.cif.gz | 16 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6aoz ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ao/6aoz | HTTPS FTP |
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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2 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 11333.769 Da / 分子数: 4 / 断片: UNP residues 51-137 / 変異: C54S, C83A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CASP8AP2, FLASH, KIAA1315, RIP25 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9UKL3 #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 水 | ChemComp-HOH / | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.3 Å3/Da / 溶媒含有率: 46.56 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 4% (w/v) tacsimate pH 7.0, 11 % (w/v) PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 24-ID-E / 波長: 0.9792 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2015年11月12日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9792 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→36.721 Å / Num. obs: 18642 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 3.9 % / CC1/2: 0.822 / Rmerge(I) obs: 0.428 / Rpim(I) all: 0.278 / Net I/σ(I): 18.2 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.18 Å / 冗長度: 3.4 % / Rmerge(I) obs: 0.428 / Mean I/σ(I) obs: 3.25 / Num. unique obs: 1888 / % possible all: 97.7 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 6ANO 解像度: 2.1→36.721 Å / SU ML: 0.25 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 30.43 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.1→36.721 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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