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- PDB-6ana: LL2 Fab in complex with anti-Kappa VHH domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ana
タイトルLL2 Fab in complex with anti-Kappa VHH domain
要素
  • LL2 Fab Heavy Chain
  • LL2 Fab Light Chain
  • anti Kappa VHH domain
キーワードIMMUNE SYSTEM / Fab / antibody / CD22 / VHH domain
機能・相同性Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / Mainly Beta
機能・相同性情報
生物種Lama glama (ラマ)
Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 1.7 Å
データ登録者Sicard, T. / Ereno Orbea, J. / Julien, J.-P.
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2018
タイトル: Structural Basis of Enhanced Crystallizability Induced by a Molecular Chaperone for Antibody Antigen-Binding Fragments.
著者: Ereno-Orbea, J. / Sicard, T. / Cui, H. / Carson, J. / Hermans, P. / Julien, J.P.
履歴
登録2017年8月12日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年1月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年2月14日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年10月16日Group: Advisory / Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp / database_PDB_caveat / pdbx_entry_details
Item: _chem_comp.type
改定 2.02020年7月29日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / entity / pdbx_branch_scheme / pdbx_chem_comp_identifier / pdbx_entity_branch / pdbx_entity_branch_descriptor / pdbx_entity_branch_link / pdbx_entity_branch_list / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_struct_assembly_gen / struct_asym / struct_conn / struct_site / struct_site_gen
Item: _atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x ..._atom_site.B_iso_or_equiv / _atom_site.Cartn_x / _atom_site.Cartn_y / _atom_site.Cartn_z / _atom_site.auth_asym_id / _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.auth_comp_id / _atom_site.auth_seq_id / _atom_site.label_asym_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site.label_comp_id / _atom_site.label_entity_id / _atom_site.type_symbol / _chem_comp.name / _chem_comp.type / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _struct_conn.pdbx_role / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id
解説: Carbohydrate remediation / Provider: repository / タイプ: Remediation

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
K: anti Kappa VHH domain
H: LL2 Fab Heavy Chain
L: LL2 Fab Light Chain
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)58,7954
ポリマ－58,2243
非ポリマー5711
水12,376687
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-17 kcal/mol
Surface area25570 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)38.925, 63.682, 68.417
Angle α, β, γ (deg.)114.28, 96.14, 91.92
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: 抗体 anti Kappa VHH domain


分子量: 10400.812 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Lama glama (ラマ) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 抗体 LL2 Fab Heavy Chain


分子量: 23701.412 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#3: 抗体 LL2 Fab Light Chain


分子量: 24121.762 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト)
#4: 多糖 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta- ...2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-[alpha-L-fucopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 570.542 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
DGlcpNAcb1-4[LFucpa1-6]DGlcpNAcb1-Glycam Condensed SequenceGMML 1.0
WURCS=2.0/2,3,2/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a1221m-1a_1-5]/1-1-2/a4-b1_a6-c1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{}[(6+1)][a-L-Fucp]{}}}LINUCSPDB-CARE
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 687 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細Anti-kappa VHH domain is represented as poly-UNK. The side chains were not included in the refinement.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.71 Å3/Da / 溶媒含有率: 54.6 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法 / 詳細: 1M lithium chloride 0.1M MES, pH 6.0

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08ID-1 / 波長: 0.97949 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX-300 / 検出器: CCD / 日付: 2016年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97949 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.7→38.559 Å / Num. obs: 58574 / % possible obs: 89.6 % / 冗長度: 2.7 % / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.051 / Rpim(I) all: 0.036 / Net I/σ(I): 15.8
反射 シェル解像度: 1.7→1.72 Å / Rmerge(I) obs: 0.362 / CC1/2: 0.765 / Rpim(I) all: 0.258

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
XPREPデータ削減
PHENIX位相決定
精密化解像度: 1.7→38.559 Å / SU ML: 0.22 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 25.41 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2365 1991 3.4 %
Rwork0.2146 --
obs0.2154 116528 89.27 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.7→38.559 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3874 0 38 687 4599
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0044015
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.8245495
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d15.2132390
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.047649
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004705
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7-1.72080.3738810.30632097X-RAY DIFFRACTION47
1.7208-1.74250.3048700.29962323X-RAY DIFFRACTION52
1.7425-1.76550.3681870.28732526X-RAY DIFFRACTION54
1.7655-1.78970.30621060.28312918X-RAY DIFFRACTION65
1.7897-1.81520.30531160.26893044X-RAY DIFFRACTION70
1.8152-1.84230.3291070.25983718X-RAY DIFFRACTION81
1.8423-1.87110.23991590.26394303X-RAY DIFFRACTION95
1.8711-1.90180.28121480.24634206X-RAY DIFFRACTION96
1.9018-1.93460.30961570.2324369X-RAY DIFFRACTION95
1.9346-1.96970.27011630.22724261X-RAY DIFFRACTION96
1.9697-2.00760.2651340.22844336X-RAY DIFFRACTION96
2.0076-2.04860.22981660.22344412X-RAY DIFFRACTION96
2.0486-2.09310.26641440.21984290X-RAY DIFFRACTION97
2.0931-2.14180.26341720.21274302X-RAY DIFFRACTION96
2.1418-2.19540.28961540.20434348X-RAY DIFFRACTION97
2.1954-2.25470.25051340.2084342X-RAY DIFFRACTION96
2.2547-2.32110.23741530.20394359X-RAY DIFFRACTION97
2.3211-2.3960.24581520.20944433X-RAY DIFFRACTION97
2.396-2.48160.23761600.21474331X-RAY DIFFRACTION97
2.4816-2.5810.22121560.21674410X-RAY DIFFRACTION97
2.581-2.69840.21861620.2194307X-RAY DIFFRACTION97
2.6984-2.84060.23051540.2134402X-RAY DIFFRACTION98
2.8406-3.01850.22941540.20654403X-RAY DIFFRACTION97
3.0185-3.25150.22931560.20844426X-RAY DIFFRACTION98
3.2515-3.57850.16941500.18824411X-RAY DIFFRACTION98
3.5785-4.09580.20151560.19344409X-RAY DIFFRACTION99
4.0958-5.15830.20351540.19144460X-RAY DIFFRACTION99
5.1583-38.56940.25331560.2324421X-RAY DIFFRACTION98

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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