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- PDB-6am5: Crystal structure of DMF5 TCR bound to HLA-A2 presenting syntheti... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6am5
タイトルCrystal structure of DMF5 TCR bound to HLA-A2 presenting synthetic peptide SMLGIGIVPV
要素
  • Beta-2-microglobulin
  • DMF5 TCR alpha chain
  • DMF5 TCR beta chain
  • HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
  • SER-MET-LEU-GLY-ILE-GLY-ILE-VAL-PRO-VAL
キーワードIMMUNE SYSTEM / TCR / MHC
機能・相同性
機能・相同性情報


positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding ...positive regulation of memory T cell activation / T cell mediated cytotoxicity directed against tumor cell target / TAP complex binding / Golgi medial cisterna / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell activation / CD8-positive, alpha-beta T cell activation / positive regulation of CD8-positive, alpha-beta T cell proliferation / CD8 receptor binding / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class I / beta-2-microglobulin binding / endoplasmic reticulum exit site / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-dependent / TAP binding / protection from natural killer cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I via ER pathway, TAP-independent / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class Ib / detection of bacterium / T cell receptor binding / : / : / positive regulation of receptor binding / early endosome lumen / Nef mediated downregulation of MHC class I complex cell surface expression / negative regulation of receptor binding / DAP12 interactions / cellular response to iron ion / lumenal side of endoplasmic reticulum membrane / Endosomal/Vacuolar pathway / Antigen Presentation: Folding, assembly and peptide loading of class I MHC / peptide antigen assembly with MHC class II protein complex / cellular response to iron(III) ion / antigen processing and presentation of exogenous protein antigen via MHC class Ib, TAP-dependent / MHC class II protein complex / negative regulation of forebrain neuron differentiation / ER to Golgi transport vesicle membrane / peptide antigen assembly with MHC class I protein complex / regulation of erythrocyte differentiation / regulation of iron ion transport / MHC class I peptide loading complex / response to molecule of bacterial origin / HFE-transferrin receptor complex / T cell mediated cytotoxicity / antigen processing and presentation of endogenous peptide antigen via MHC class I / positive regulation of T cell cytokine production / antigen processing and presentation of exogenous peptide antigen via MHC class II / MHC class I protein complex / positive regulation of immune response / peptide antigen binding / negative regulation of neurogenesis / positive regulation of T cell mediated cytotoxicity / positive regulation of receptor-mediated endocytosis / multicellular organismal-level iron ion homeostasis / positive regulation of T cell activation / cellular response to nicotine / positive regulation of type II interferon production / specific granule lumen / recycling endosome membrane / phagocytic vesicle membrane / positive regulation of cellular senescence / Immunoregulatory interactions between a Lymphoid and a non-Lymphoid cell / negative regulation of epithelial cell proliferation / Interferon gamma signaling / Interferon alpha/beta signaling / MHC class II protein complex binding / positive regulation of protein binding / Modulation by Mtb of host immune system / antibacterial humoral response / late endosome membrane / sensory perception of smell / tertiary granule lumen / DAP12 signaling / E3 ubiquitin ligases ubiquitinate target proteins / T cell receptor signaling pathway / negative regulation of neuron projection development / iron ion transport / T cell differentiation in thymus / ER-Phagosome pathway / protein refolding / early endosome membrane / protein homotetramerization / amyloid fibril formation / intracellular iron ion homeostasis / learning or memory / defense response to Gram-positive bacterium / immune response / Amyloid fiber formation / endoplasmic reticulum lumen / Golgi membrane / external side of plasma membrane / signaling receptor binding / lysosomal membrane / innate immune response / focal adhesion / Neutrophil degranulation / endoplasmic reticulum membrane / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / structural molecule activity / cell surface / endoplasmic reticulum / Golgi apparatus
類似検索 - 分子機能
MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily ...MHC class I, alpha chain, C-terminal / MHC_I C-terminus / MHC class I-like antigen recognition-like / Murine Class I Major Histocompatibility Complex, H2-DB; Chain A, domain 1 / MHC class I alpha chain, alpha1 alpha2 domains / Class I Histocompatibility antigen, domains alpha 1 and 2 / Beta-2-Microglobulin / : / MHC class I-like antigen recognition-like / MHC class I-like antigen recognition-like superfamily / MHC classes I/II-like antigen recognition protein / : / Immunoglobulin/major histocompatibility complex, conserved site / Immunoglobulins and major histocompatibility complex proteins signature. / Immunoglobulin C-Type / Immunoglobulin C1-set / Immunoglobulin C1-set domain / Ig-like domain profile. / Immunoglobulin-like domain / Immunoglobulin-like domain superfamily / Immunoglobulin-like fold / Immunoglobulins / Immunoglobulin-like / Sandwich / 2-Layer Sandwich / Mainly Beta / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / HLA class I histocompatibility antigen, A alpha chain / Beta-2-microglobulin
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 解像度: 2.394 Å
データ登録者Riley, T.P. / Baker, B.M.
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of DMF5 TCR bound to HLA-A2 presenting synthetic peptide SMLGIGIVPV
著者: Riley, T.P. / Baker, B.M.
履歴
登録2017年8月9日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年8月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年10月23日Group: Data collection / Database references / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain
B: Beta-2-microglobulin
C: SER-MET-LEU-GLY-ILE-GLY-ILE-VAL-PRO-VAL
D: DMF5 TCR alpha chain
E: DMF5 TCR beta chain


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)92,1865
ポリマ－92,1865
非ポリマー00
水3,819212
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10840 Å2
ΔGint-55 kcal/mol
Surface area36970 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)228.106, 49.900, 92.455
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 95.72, 90.00
Int Tables number5
Space group name H-MC121

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要素

-
タンパク質 , 4種, 4分子 ABDE

#1: タンパク質 HLA class I histocompatibility antigen, A-2 alpha chain / MHC class I antigen A*2


分子量: 31854.203 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: HLA-A, HLAA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P01892, UniProt: P04439*PLUS
#2: タンパク質 Beta-2-microglobulin


分子量: 11879.356 Da / 分子数: 1 / Fragment: UNP residues 21-119 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: B2M, CDABP0092, HDCMA22P / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P61769
#4: タンパク質 DMF5 TCR alpha chain


分子量: 20828.975 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#5: タンパク質 DMF5 TCR beta chain


分子量: 26637.748 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)

-
タンパク質・ペプチド / 非ポリマー , 2種, 213分子 C

#3: タンパク質・ペプチド SER-MET-LEU-GLY-ILE-GLY-ILE-VAL-PRO-VAL


分子量: 985.242 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 212 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.86 Å3/Da / 溶媒含有率: 57.06 %
結晶化温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 8.1 / 詳細: 13% PEG3350, 0.25 M magnesium chloride, 0.1 M Tris

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-ID / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 300 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年2月23日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→50 Å / Num. obs: 40458 / % possible obs: 98 % / 冗長度: 3.8 % / Biso Wilson estimate: 23.94 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.061 / Rpim(I) all: 0.037 / Rrim(I) all: 0.072 / Χ2: 1.119 / Net I/σ(I): 8.7 / Num. measured all: 152065
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allΧ2% possible all
2.4-2.443.70.53319930.8520.3220.6240.6398.5
2.44-2.493.80.45420390.9080.2690.5290.62598.5
2.49-2.533.90.41919900.8970.2460.4860.61998.6
2.53-2.593.80.34919840.9320.2060.4050.65798.5
2.59-2.643.90.2920740.9530.1710.3370.64898.5
2.64-2.73.80.25719570.9550.1530.2990.78198.5
2.7-2.773.90.20820520.9710.1230.2420.75598.7
2.77-2.853.80.17220190.9750.1020.20.82898.7
2.85-2.933.80.14520220.9790.0870.1690.84298.8
2.93-3.023.80.11620270.9860.0690.1350.89999
3.02-3.133.80.09920180.990.0590.1160.9898.9
3.13-3.263.80.08520380.9920.0510.0991.11699
3.26-3.413.80.07220460.9920.0440.0841.13898.9
3.41-3.583.60.06620110.9930.0410.0781.3297.5
3.58-3.813.50.05819510.9940.0360.0691.48594
3.81-4.13.30.05319440.990.0340.0631.81594.2
4.1-4.523.80.04720560.9960.0280.0551.9199
4.52-5.173.80.04220530.9960.0260.051.92698.8
5.17-6.513.80.04220940.9970.0250.0491.78798.6
6.51-503.60.03620900.9970.0220.0431.86295.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.10.1_2155: ???)精密化
HKL-2000データスケーリング
HKL-2000データ収集
PDB_EXTRACT3.22データ抽出
HKL-2000データ削減
PHASER位相決定
精密化解像度: 2.394→38.754 Å / SU ML: 0.28 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0 / 位相誤差: 24.1 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2437 1919 4.95 %
Rwork0.2011 --
obs0.2033 38731 93.62 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.394→38.754 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数6484 0 0 212 6696
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0026658
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.5759046
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d18.2462427
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.049953
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0031185
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.3941-2.4540.30631190.26652227X-RAY DIFFRACTION81
2.454-2.52030.30541260.25652436X-RAY DIFFRACTION87
2.5203-2.59450.30281280.24292480X-RAY DIFFRACTION89
2.5945-2.67820.32471330.23852542X-RAY DIFFRACTION91
2.6782-2.77390.30461390.22422598X-RAY DIFFRACTION93
2.7739-2.88490.22811380.21962604X-RAY DIFFRACTION95
2.8849-3.01620.27731360.21772718X-RAY DIFFRACTION97
3.0162-3.17510.271400.22042728X-RAY DIFFRACTION98
3.1751-3.37390.26631430.20772740X-RAY DIFFRACTION98
3.3739-3.63430.24351370.20142604X-RAY DIFFRACTION93
3.6343-3.99970.19411400.18242685X-RAY DIFFRACTION95
3.9997-4.57760.22231450.1582804X-RAY DIFFRACTION99
4.5776-5.76430.19481460.16532797X-RAY DIFFRACTION99
5.7643-38.75920.21181490.19512849X-RAY DIFFRACTION97
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.0186-0.25690.48491.83710.38471.83540.13440.33280.3396-0.0367-0.0260.1320.02230.1978-0.0130.12130.00040.0095-0.0081-0.05080.2341-39.0177-14.9235-2.9002
21.6568-0.23991.51490.75430.11582.68440.15331.05390.6789-0.31990.0620.1424-0.38790.2799-0.09080.38120.05370.09560.66990.34180.5069-41.9601-10.9005-26.9342
30.6807-1.12950.6311.9668-0.76621.28010.02440.86951.5115-0.22990.0294-0.0504-0.98910.06370.20570.84920.02560.02090.82710.63691.2068-51.51050.3959-32.2063
41.5882-1.0989-0.47213.31361.69555.77010.07560.07830.48070.11870.1678-0.0531-0.12980.0620.01370.08920.0293-0.03530.14490.14980.4348-58.6734-9.1835-13.4275
52.6620.64491.76121.71390.52481.17170.00351.19510.0332-1.25490.10310.05190.14060.002-0.14730.59210.03480.00930.96930.05810.1747-57.1557-20.7814-36.1397
63.2420.12150.62133.95781.18893.36650.23510.67260.0856-0.56730.0980.13130.00870.0953-0.19510.21290.0586-0.03460.2720.08680.2034-56.5305-16.9454-21.6553
75.56443.62825.8636.14266.39568.70220.1153-0.03980.25040.2018-0.00370.16220.4917-0.3033-0.270.1669-0.0246-0.00160.14280.1060.2623-61.783-18.4948-12.5962
85.1282-0.65231.76275.01610.96956.11950.25110.3683-0.3605-0.1685-0.05670.38410.8929-0.4427-0.30040.2906-0.074-0.12940.23310.04510.2972-63.9175-26.8166-19.9403
94.16220.28121.83583.95731.47635.31730.11120.45080.078-0.14820.2122-0.21450.18320.1861-0.36690.14960.03820.01430.09860.08870.2245-52.0836-16.335-15.4595
104.10670.45420.552.31830.2721.41670.2531.0053-0.0361-1.0419-0.1830.9110.0416-0.9753-0.07020.7871-0.0016-0.32160.98340.0610.5424-69.4123-21.8035-34.3118
112.82840.02841.2313.37411.75075.79540.01620.14530.24150.0744-0.16350.50370.2208-0.4854-0.01720.1125-0.0138-0.01580.22370.14660.3643-66.9824-14.7859-13.1312
123.4303-1.12210.28374.81141.87015.08960.21140.87230.4283-0.9693-0.12970.235-0.328-0.07210.18050.3780.0529-0.18320.50950.29220.4459-65.5778-12.4994-27.4542
132.19460.85110.11821.6821-0.1360.95170.1030.075-0.11960.1348-0.0995-0.0009-0.04820.0676-0.08130.1228-0.03830.01390.0133-0.11570.3255-33.5998-16.58151.6079
142.2104-0.4203-0.30850.3736-0.43070.867-0.03890.1886-0.4036-0.0303-0.1012-0.14180.3310.5922-0.62040.41370.3717-0.0380.6754-0.26540.3829-7.176-32.73882.7483
151.0473-0.3255-0.79640.3940.16690.62060.10030.0939-0.0180.0125-0.0954-0.11170.1020.7216-0.2540.11280.2480.19270.6942-0.18380.1743-11.8773-24.8952-0.4877
161.7905-0.1095-0.29441.1578-0.94591.3410.1969-0.07720.24060.0108-0.3455-0.3139-0.08981.00270.0020.09540.02690.02870.6217-0.07730.2151-11.8818-21.91156.0654
172.6104-1.04170.56851.0219-0.25110.6566-0.2327-0.3538-0.42650.5028-0.083-0.1356-0.09111.19310.10150.51820.1465-0.05181.39730.25410.35215.288-37.547423.4569
186.5192-0.50810.13344.11490.00272.1376-0.23260.6331-1.06670.0938-0.1853-0.20570.19671.43230.43460.930.1039-0.031.7062-0.22080.73019.5731-44.800418.3082
195.59630.0079-0.18454.468-0.51552.2707-0.3640.0945-0.20.30890.0038-0.3352-0.45061.48080.38880.7774-0.103-0.06951.31290.08170.34396.7456-35.613225.4914
208.4536-0.1837-0.19674.12860.77891.9782-0.42790.2206-1.63290.0287-0.07260.01160.60621.40250.45410.92890.24630.39281.6264-0.14951.035313.0428-51.662324.1952
213.8963-1.51040.43744.06-0.30833.0980.2167-0.5227-0.56590.37750.09360.24550.37340.3965-0.2340.26250.0226-0.04160.1356-0.13250.1442-26.7516-33.424618.4912
222.6898-0.55270.58753.2118-0.03152.34820.2714-0.219-0.45620.0570.02570.42680.44020.1838-0.20070.22140.0078-0.05910.1314-0.06150.2054-29.5512-32.82114.4956
235.9653-2.47683.98821.9398-1.73896.74560.4949-0.4463-1.0774-0.07770.0160.38540.69850.4087-0.35230.67580.0871-0.10760.54820.16810.413-18.7125-49.332427.9612
242.7934-0.3251.12921.0865-0.45233.41930.08290.1162-0.2459-0.0589-0.0806-0.1961-0.39871.1698-0.13780.65890.0149-0.03251.33580.09050.12760.7118-38.415833.6247
256.60372.92550.61272.7159-1.07914.55320.2011-1.0816-0.96760.4466-0.11370.74460.4155-0.376-0.37030.73570.04380.0091.07430.19670.5824-21.8313-48.716336.886
261.2946-0.02321.32321.5349-0.22325.5933-0.1993-0.15060.02750.29110.0221-0.3512-0.2891.13120.13120.7518-0.0225-0.00831.21910.06810.12691.9052-38.312244.1007
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 1 through 162 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 163 through 198 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 199 through 275 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'B' and (resid 1 through 12 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'B' and (resid 13 through 20 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'B' and (resid 21 through 31 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 32 through 42 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 43 through 52 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 53 through 72 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 73 through 78 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 79 through 91 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 92 through 100 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 1 through 10 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'D' and (resid 1 through 13 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'D' and (resid 14 through 31 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'D' and (resid 32 through 96 )
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 97 through 135 )
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 136 through 150 )
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 151 through 175 )
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 176 through 190 )
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'E' and (resid 1 through 49 )
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'E' and (resid 50 through 106 )
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'E' and (resid 107 through 121 )
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 122 through 212 )
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 213 through 230 )
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 231 through 242 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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