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- PDB-6alw: The crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty acid Kin... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6alw
タイトルThe crystal structure of the Staphylococcus aureus Fatty acid Kinase (Fak) B1 protein loaded with 12-Methyl Myristic Acid (C15:0) to 1.63 Angstrom resolution
要素EDD domain protein, DegV family
キーワードTRANSFERASE / Staphylococcus aureus / FakB1 / 12-Methyl Myristic Acid / 12-Methyltetradecanoic acid / C15:0
機能・相同性
機能・相同性情報


Rossmann fold - #10170 / DegV / DegV, C-terminal domain / Uncharacterised protein, DegV family COG1307 / DegV domain profile. / : / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
(12R)-12-methyltetradecanoic acid / (12S)-12-methyltetradecanoic acid / DegV domain-containing protein / DegV domain-containing protein
類似検索 - 構成要素
生物種Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.63 Å
データ登録者Cuypers, M.G. / Ericson, M. / Subramanian, C. / White, S.W. / Rock, C.O.
資金援助 米国, 1件
組織認可番号国
St. Jude Children's Research Hospital (ALSAC) 米国
引用ジャーナル: J. Biol. Chem. / 年: 2019
タイトル: Acyl-chain selectivity and physiological roles ofStaphylococcus aureusfatty acid-binding proteins.
著者: Cuypers, M.G. / Subramanian, C. / Gullett, J.M. / Frank, M.W. / White, S.W. / Rock, C.O.
履歴
登録2017年8月8日登録サイト: RCSB / 処理サイト: RCSB
改定 1.02018年11月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12018年11月28日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22019年1月16日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation.year
改定 1.32020年1月8日Group: Author supporting evidence / カテゴリ: pdbx_audit_support / Item: _pdbx_audit_support.funding_organization
改定 1.42023年10月4日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: EDD domain protein, DegV family
B: EDD domain protein, DegV family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)65,90914
ポリマ－64,2032
非ポリマー1,70612
水15,097838
1
A: EDD domain protein, DegV family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)33,1399
ポリマ－32,1021
非ポリマー1,0378
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
2
B: EDD domain protein, DegV family
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)32,7705
ポリマ－32,1021
非ポリマー6694
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)33.348, 54.529, 84.415
Angle α, β, γ (deg.)105.13, 90.00, 107.81
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質 EDD domain protein, DegV family / EDD / DegV family domain protein / Fatty acid-binding protein DegV / FakB1 protein


分子量: 32101.506 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Staphylococcus aureus (黄色ブドウ球菌)
遺伝子: AYM28_04055, AYM37_04055, ERS072738_00223, ERS072840_01626, ERS074020_00218, HMPREF3211_01094
発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: X5EH37, UniProt: P0A0N2*PLUS
#2: 化合物 ChemComp-BNV / (12S)-12-methyltetradecanoic acid / (S)-12-メチルテトラデカン酸


分子量: 242.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O2
#3: 化合物 ChemComp-BMJ / (12R)-12-methyltetradecanoic acid / (R)-アセアノスタチンP5


分子量: 242.397 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C15H30O2
#4: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 838 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: PH 6.5 0.1M MES/IMIDAZOLE, 12.5% PEG1000, 12.5% PEG3350, 12.5% MPD, 0.03M NaNO3, 0.03M NA2HPO4, 0.03M (NH4)2 SO4
Temp details: controlled room temperature

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: crystal flash frozen in Liq. N2
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: APS / ビームライン: 22-BM / 波長: 1 Å
検出器タイプ: MARMOSAIC 225 mm CCD / 検出器: CCD / 日付: 2016年11月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.63→81.18 Å / Num. obs: 66112 / % possible obs: 97.2 % / 冗長度: 4 % / Biso Wilson estimate: 7.76 Å2 / CC1/2: 0.985 / Rmerge(I) obs: 0.184 / Rpim(I) all: 0.106 / Rrim(I) all: 0.212 / Net I/σ(I): 8.6
反射 シェル解像度: 1.63→1.66 Å / 冗長度: 4 % / Rmerge(I) obs: 0.906 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 3294 / CC1/2: 0.662 / Rpim(I) all: 0.524 / % possible all: 95.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
XDSデータ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5UTO

5uto


解像度: 1.63→40.591 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.98 / 位相誤差: 19.42 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1967 3305 5 %random
Rwork0.1549 ---
obs0.1571 66100 97.18 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.63→40.591 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4453 0 116 838 5407
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.014856
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9526561
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d13.6342960
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.067727
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.006849
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.63-1.65330.27431400.2512613X-RAY DIFFRACTION95
1.6533-1.6780.27831340.23452556X-RAY DIFFRACTION96
1.678-1.70420.2371330.22792575X-RAY DIFFRACTION96
1.7042-1.73210.26611220.21192563X-RAY DIFFRACTION96
1.7321-1.7620.261520.20942615X-RAY DIFFRACTION96
1.762-1.7940.24631160.19382589X-RAY DIFFRACTION96
1.794-1.82850.23211070.182594X-RAY DIFFRACTION96
1.8285-1.86590.21591440.17232615X-RAY DIFFRACTION96
1.8659-1.90640.17541400.16812569X-RAY DIFFRACTION97
1.9064-1.95080.22791310.17442637X-RAY DIFFRACTION96
1.9508-1.99960.2341120.17252596X-RAY DIFFRACTION97
1.9996-2.05360.24321510.16892568X-RAY DIFFRACTION97
2.0536-2.11410.16371700.14972634X-RAY DIFFRACTION97
2.1141-2.18230.19981550.14922620X-RAY DIFFRACTION97
2.1823-2.26030.2141240.14832613X-RAY DIFFRACTION97
2.2603-2.35080.18021480.14912591X-RAY DIFFRACTION98
2.3508-2.45770.21331570.15122599X-RAY DIFFRACTION98
2.4577-2.58730.19221370.15612720X-RAY DIFFRACTION98
2.5873-2.74940.17481110.14672638X-RAY DIFFRACTION98
2.7494-2.96160.20531300.14432612X-RAY DIFFRACTION98
2.9616-3.25950.18971460.13892691X-RAY DIFFRACTION99
3.2595-3.73090.17411630.12082644X-RAY DIFFRACTION99
3.7309-4.69940.14361400.10922662X-RAY DIFFRACTION99
4.6994-40.60330.1621420.14082681X-RAY DIFFRACTION100
精密化 TLS手法: refined / Origin x: 0.2649 Å / Origin y: -0.9655 Å / Origin z: -0.289 Å
111213212223313233
T0.0331 Å2-0.004 Å2-0.0006 Å2-0.0479 Å20.0023 Å2--0.0556 Å2
L0.0831 °2-0.0291 °2-0.0454 °2-0.2573 °20.3004 °2--0.78 °2
S-0.0142 Å °-0.006 Å °0.0033 Å °0.0118 Å °-0.0101 Å °0.0109 Å °0.0067 Å °0.0172 Å °0.0118 Å °
精密化 TLSグループSelection details: all

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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