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- PDB-6al3: Lys49 PLA2 BPII derived from the venom of Protobothrops flavoviridis. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6al3
タイトルLys49 PLA2 BPII derived from the venom of Protobothrops flavoviridis.
要素Basic phospholipase A2 BP-II
キーワードTOXIN / Phospholipase A2 / toxic components / nake venom
機能・相同性
機能・相同性情報


phospholipase A2 / calcium-dependent phospholipase A2 activity / arachidonate secretion / lipid catabolic process / phospholipid metabolic process / negative regulation of T cell proliferation / phospholipid binding / toxin activity / calcium ion binding / extracellular region
類似検索 - 分子機能
Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain ...Phospholipase A2, aspartic acid active site / Phospholipase A2 aspartic acid active site. / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2, histidine active site / Phospholipase A2 histidine active site. / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 / Phospholipase A2 domain / Phospholipase A2 domain superfamily / Up-down Bundle / Mainly Alpha
類似検索 - ドメイン・相同性
Basic phospholipase A2 BP-II
類似検索 - 構成要素
生物種Protobothrops flavoviridis (ハブ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.57 Å
データ登録者Matsui, T. / Kamata, S. / Suzuki, A. / Oda-Ueda, N. / Ogawa, T. / Tanaka, Y.
引用ジャーナル: Sci Rep / 年: 2019
タイトル: SDS-induced oligomerization of Lys49-phospholipase A2from snake venom.
著者: Matsui, T. / Kamata, S. / Ishii, K. / Maruno, T. / Ghanem, N. / Uchiyama, S. / Kato, K. / Suzuki, A. / Oda-Ueda, N. / Ogawa, T. / Tanaka, Y.
履歴
登録2018年9月5日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月27日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.pdbx_database_id_DOI
改定 1.22019年3月6日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession ..._database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.42024年10月9日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Basic phospholipase A2 BP-II
B: Basic phospholipase A2 BP-II
C: Basic phospholipase A2 BP-II
D: Basic phospholipase A2 BP-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)55,4457
ポリマ－55,1574
非ポリマー2883
水00
1
A: Basic phospholipase A2 BP-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7891
ポリマ－13,7891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Basic phospholipase A2 BP-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,9813
ポリマ－13,7891
非ポリマー1922
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Basic phospholipase A2 BP-II
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,8852
ポリマ－13,7891
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Basic phospholipase A2 BP-II


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,7891
ポリマ－13,7891
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)126.900, 126.900, 64.880
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number172
Space group name H-MP64
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11chain A
21chain B
31chain C
41chain D

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: SER / Beg label comp-ID: SER / End auth comp-ID: CYS / End label comp-ID: CYS / Auth seq-ID: 1 - 122 / Label seq-ID: 1 - 122

Dom-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-ID
1chain AAA
2chain BBB
3chain CCC
4chain DDD

-
要素

#1: タンパク質
Basic phospholipase A2 BP-II / svPLA2 / Basic protein II / BPII / Phosphatidylcholine 2-acylhydrolase


分子量: 13789.205 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Protobothrops flavoviridis (ハブ) / 参照: UniProt: P0DJJ9, phospholipase A2
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.73 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.01 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 4.2
詳細: 100 mM Sodium acetate pH 4.2, 0.5 M Ammonium acetate, 32.5% PEG 4000

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Photon Factory / ビームライン: BL-17A / 波長: 0.98 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月11日
放射モノクロメーター: Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.98 Å / 相対比: 1
Reflection twinOperator: h,-h-k,-l / Fraction: 0.49
反射解像度: 2.57→45.363 Å / Num. obs: 19245 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 6.736 % / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.123 / Rrim(I) all: 0.134 / Χ2: 1.156 / Net I/σ(I): 12.62 / Num. measured all: 129632
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.57-2.726.8730.564321169308730800.8460.61199.8
2.72-2.916.7680.4074.3219703291129110.8660.441100
2.91-3.146.7260.2756.4418121269426940.990.298100
3.14-3.446.9180.17910.1117199248724860.9750.194100
3.44-3.846.5670.12314.4514914227122710.9910.134100
3.84-4.436.8520.08722.1813601198619850.9960.09499.9
4.43-5.416.5810.07524.4211240170817080.9970.081100
5.41-7.66.550.06725.018711133213300.9980.07399.8
7.6-45.3636.3770.03334.31497478678010.03599.2

-
位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.517
最高解像度最低解像度
Rotation45.37 Å2.69 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
MOLREP位相決定
PHENIX1.13_2998精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5VFH

5vfh


解像度: 2.57→45.363 Å / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.9 / 位相誤差: 24.45
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2451 962 5 %
Rwork0.218 --
obs0.2269 19239 99.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 117.14 Å2 / Biso mean: 42.9785 Å2 / Biso min: 30.26 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.57→45.363 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3820 0 15 0 3835
Biso mean--45.77 --
残基数----488
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2401X-RAY DIFFRACTION11.611TORSIONAL
12B2401X-RAY DIFFRACTION11.611TORSIONAL
13C2401X-RAY DIFFRACTION11.611TORSIONAL
14D2401X-RAY DIFFRACTION11.611TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 7 / % reflection obs: 95 %

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all
2.5673-2.70260.30711380.262326132751
2.7026-2.87190.28221350.237425662701
2.8719-3.09360.26181370.229126102747
3.0936-3.40480.26221370.222425902727
3.4048-3.89710.25151360.212325852721
3.8971-4.90880.22861380.196626352773
4.9088-41.93690.24921410.2526612802

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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