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- PDB-6akl: Crystal structure of Striatin3 in complex with SIKE1 Coiled-coil ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6akl
タイトルCrystal structure of Striatin3 in complex with SIKE1 Coiled-coil domain
要素
  • Striatin-3
  • Suppressor of IKBKE 1
キーワードPROTEIN BINDING / Coiled-coil domain / heterotrimer
機能・相同性
機能・相同性情報


FAR/SIN/STRIPAK complex / armadillo repeat domain binding / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / protein phosphatase 2A binding / small GTPase binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / response to estradiol / TRAF3-dependent IRF activation pathway / calmodulin binding ...FAR/SIN/STRIPAK complex / armadillo repeat domain binding / negative regulation of intracellular estrogen receptor signaling pathway / TRAF6 mediated IRF7 activation / protein phosphatase 2A binding / small GTPase binding / SARS-CoV-1 activates/modulates innate immune responses / response to estradiol / TRAF3-dependent IRF activation pathway / calmodulin binding / negative regulation of DNA-templated transcription / neuronal cell body / dendrite / protein-containing complex binding / protein kinase binding / SARS-CoV-2 activates/modulates innate and adaptive immune responses / Golgi apparatus / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / positive regulation of transcription by RNA polymerase II / protein-containing complex / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
SIKE family / SIKE family / Striatin, N-terminal / Striatin family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat ...SIKE family / SIKE family / Striatin, N-terminal / Striatin family / G-protein beta WD-40 repeat / WD40 repeat, conserved site / Trp-Asp (WD) repeats signature. / Trp-Asp (WD) repeats profile. / Trp-Asp (WD) repeats circular profile. / WD domain, G-beta repeat / WD40 repeats / WD40 repeat / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Striatin-3 / Suppressor of IKBKE 1
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.75 Å
データ登録者Zhou, L. / Chen, M. / Zhou, Z.C.
引用ジャーナル: Cell Discov / 年: 2019
タイトル: Architecture, substructures, and dynamic assembly of STRIPAK complexes in Hippo signaling.
著者: Tang, Y. / Chen, M. / Zhou, L. / Ma, J. / Li, Y. / Zhang, H. / Shi, Z. / Xu, Q. / Zhang, X. / Gao, Z. / Zhao, Y. / Cheng, Y. / Jiao, S. / Zhou, Z.
履歴
登録2018年9月2日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年1月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Suppressor of IKBKE 1
B: Suppressor of IKBKE 1
C: Striatin-3


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)16,0343
ポリマ－16,0343
非ポリマー00
水2,180121
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3590 Å2
ΔGint-32 kcal/mol
Surface area8530 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)39.282, 42.382, 91.228
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質 Suppressor of IKBKE 1 / Suppressor of IKK-epsilon


分子量: 6440.447 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: SIKE1, SIKE / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21 (DE3) / Variant (発現宿主): CodonPlus / 参照: UniProt: Q9BRV8
#2: タンパク質・ペプチド Striatin-3 / Cell cycle autoantigen SG2NA / S/G2 antigen


分子量: 3153.483 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q13033
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 121 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.06 %
結晶化温度: 289 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 35% (v/v) MPD; 0.1 M imidazole pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL18U1 / 波長: 0.97853 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97853 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.75→50 Å / Num. obs: 16205 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 12.5 % / Rmerge(I) obs: 0.067 / Rpim(I) all: 0.02 / Rrim(I) all: 0.07 / Net I/σ(I): 28
反射 シェル解像度: 1.75→1.78 Å / 冗長度: 11.4 % / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 798 / CC1/2: 0.828 / Rpim(I) all: 0.376 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX(1.12_2829: ???)精密化
HKL-3000データ削減
HKL-3000データスケーリング
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 6AKK

6akk


解像度: 1.75→31.048 Å / SU ML: 0.18 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.48
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2133 1536 9.98 %
Rwork0.1866 --
obs0.1893 15392 96.42 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.75→31.048 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数976 0 0 121 1097
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0071070
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.7741445
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d8.799878
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.043158
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.004190
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.7501-1.80660.2542950.2258847X-RAY DIFFRACTION67
1.8066-1.87110.29531350.22211226X-RAY DIFFRACTION95
1.8711-1.9460.28111470.21661273X-RAY DIFFRACTION100
1.946-2.03460.2451370.19281287X-RAY DIFFRACTION100
2.0346-2.14180.18971390.16931290X-RAY DIFFRACTION100
2.1418-2.2760.20391420.17351290X-RAY DIFFRACTION100
2.276-2.45160.19661470.17971313X-RAY DIFFRACTION100
2.4516-2.69820.19621430.17311282X-RAY DIFFRACTION100
2.6982-3.08840.22921490.18481320X-RAY DIFFRACTION100
3.0884-3.88980.18631470.16971348X-RAY DIFFRACTION100
3.8898-31.05330.21461550.20251380X-RAY DIFFRACTION98
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.966-0.79230.56761.002-2.21886.5432-0.0551-0.2230.13130.19640.0225-0.0489-0.1554-0.01410.02880.43-0.0501-0.00260.3033-0.01620.25839.80694.069743.289
20.96-0.0427-0.45020.6993-0.02793.40610.04160.3311-0.20540.1663-0.0189-0.14130.14320.09720.06990.08140.04680.04660.06480.00990.142343.48288.7269.877
31.06410.06190.06911.12630.49524.78370.03540.1839-0.0880.1280.0263-0.1496-0.04280.0149-0.05470.0471-0.0055-0.00830.0727-0.0220.108339.148315.243810.9009
40.6931-0.6617-1.02871.70841.86412.26410.0018-0.15950.14520.12850.1419-0.2775-0.01220.5044-0.11810.1384-0.04120.04950.3026-0.0230.224847.306120.73665.718
56.5277-0.193-0.05880.8169-1.77674.0118-0.0313-0.36930.68730.1847-0.0505-0.0358-0.64840.12150.05960.33670.02510.03430.25950.00670.160341.414723.7255-4.0314
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 68 through 74 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 75 through 119 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'B' and (resid 73 through 119 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'C' and (resid 172 through 185 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 186 through 190 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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