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- PDB-6ait: Crystal structure of E. coli BepA -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6ait
タイトルCrystal structure of E. coli BepA
要素Beta-barrel assembly-enhancing protease
キーワードHYDROLASE / METAL BINDING PROTEIN
機能・相同性
機能・相同性情報


Gram-negative-bacterium-type cell outer membrane assembly / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素 / protein disulfide isomerase activity / : / metalloendopeptidase activity / outer membrane-bounded periplasmic space / zinc ion binding / membrane / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Beta-barrel assembly-enhancing protease / : / Peptidase M48 / Peptidase family M48 / Tetratricopeptide repeat / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Beta-barrel assembly-enhancing protease
類似検索 - 構成要素
生物種Escherichia coli (大腸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.598 Å
データ登録者Umar, M.S.M. / Tanaka, Y. / Kamikubo, H. / Tsukazaki, T.
資金援助 日本, 4件
組織認可番号国
Japan Society for the Promotion of ScienceJP26119007 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP26119007 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP18H02405 日本
Japan Society for the Promotion of ScienceJP17H05669 日本
引用ジャーナル: J. Mol. Biol. / 年: 2019
タイトル: Structural Basis for the Function of the beta-Barrel Assembly-Enhancing Protease BepA.
著者: Shahrizal, M. / Daimon, Y. / Tanaka, Y. / Hayashi, Y. / Nakayama, S. / Iwaki, S. / Narita, S.I. / Kamikubo, H. / Akiyama, Y. / Tsukazaki, T.
履歴
登録2018年8月24日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02018年12月26日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年2月13日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year
改定 1.22019年5月22日Group: Data collection / Structure summary / カテゴリ: struct / Item: _struct.title
改定 1.32023年11月22日Group: Data collection / Database references / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model
Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Beta-barrel assembly-enhancing protease
B: Beta-barrel assembly-enhancing protease
C: Beta-barrel assembly-enhancing protease
D: Beta-barrel assembly-enhancing protease
E: Beta-barrel assembly-enhancing protease
F: Beta-barrel assembly-enhancing protease
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)294,45218
ポリマ－293,3276
非ポリマー1,12512
水1,982110
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area6100 Å2
ΔGint7 kcal/mol
Surface area108540 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)85.844, 104.674, 104.971
Angle α, β, γ (deg.)113.610, 105.840, 104.030
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Beta-barrel assembly-enhancing protease


分子量: 48887.816 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌)
株: K12 / 遺伝子: bepA, yfgC, b2494, JW2479 / プラスミド: pYD296 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): KRX
参照: UniProt: P66948, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素
#2: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-TRS / 2-AMINO-2-HYDROXYMETHYL-PROPANE-1,3-DIOL / TRIS BUFFER


分子量: 122.143 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: C4H12NO3 / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 110 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
配列の詳細1st G44 is derived from the plasmid vector, which is the rest of a protease recognition site.

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.6 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.68 %
結晶化温度: 277 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7 / 詳細: 2 M ammonium sulfate

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL32XU / 波長: 1 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER X 9M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年11月16日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.598→48.595 Å / Num. obs: 89522 / % possible obs: 98.24 % / 冗長度: 3.7 % / Biso Wilson estimate: 62.48 Å2 / Rmerge(I) obs: 0.1039 / Rpim(I) all: 0.06328 / Rrim(I) all: 0.1219 / Net I/σ(I): 8.88
反射 シェル解像度: 2.598→2.691 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 1.218 / Num. unique obs: 8738 / Rpim(I) all: 0.7477 / Rrim(I) all: 1.434 / % possible all: 94.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.12_2829精密化
PDB_EXTRACT3.24データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C37, 5XI8

3c37

5xi8


解像度: 2.598→48.595 Å / SU ML: 0.41 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.96 / 位相誤差: 28.91
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2633 2016 2.25 %
Rwork0.2063 --
obs0.2076 89490 98.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 209.94 Å2 / Biso mean: 81.268 Å2 / Biso min: 32.75 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.598→48.595 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数19568 0 54 110 19732
Biso mean--86.44 56.41 -
残基数----2483
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00419927
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.61326934
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0392918
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0033629
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d9.48212190
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 14

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.5978-2.66280.3881370.355994613194
2.6628-2.73480.34471450.32146211635698
2.7348-2.81520.34081410.28986234637598
2.8152-2.90610.30751520.27436224637698
2.9061-3.00990.35061310.27266282641398
3.0099-3.13040.34971440.27916296644098
3.1304-3.27290.32191400.25376244638498
3.2729-3.44540.31291550.24076268642398
3.4454-3.66120.28521350.22296249638499
3.6612-3.94370.2821580.20146268642699
3.9437-4.34040.23641450.17646303644899
4.3404-4.96790.23061530.17486299645299
4.9679-6.2570.25971390.19646322646199
6.257-48.60360.17621410.14316280642199
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
13.85420.07170.26173.69580.46383.80220.06890.8022-0.1968-0.4146-0.07-0.117-0.21530.2228-0.0120.31740.03810.00420.6791-0.09630.3737-108.2243-30.23742.3372
24.2284-0.41070.55144.0938-1.71716.22260.03311.23760.207-0.4656-0.2881-0.2469-0.47560.21550.19010.47010.0682-0.01030.83330.01670.5283-113.7057-22.3747-4.2625
39.06194.02811.93268.82480.0472.8119-0.18090.74180.55390.05320.0488-0.1529-0.27810.19350.15020.4640.04150.02260.7924-0.00590.4518-113.4465-19.7991-0.6547
48.39493.25010.56848.7611-0.10871.4035-0.10080.110.52790.14530.0050.7475-0.0204-0.48120.11310.35350.07350.05580.7171-0.10160.559-125.7951-22.22877.8421
52.3572-1.5095-0.09983.2426-0.13612.5622-0.3132-0.0729-0.63360.02140.20810.42710.4822-0.38370.13060.4302-0.15540.15860.5872-0.0680.5371-110.8416-45.499121.016
62.37111.4466-1.56192.6587-0.66192.4567-0.19310.0819-0.35770.02670.0703-0.01660.22330.10880.10430.4138-0.02560.1250.473-0.10750.5503-88.0785-44.65095.3184
74.7015-4.57792.09264.5853-2.58368.1110.25280.72760.1314-1.053-0.2681-0.5018-0.1368-0.23490.04860.4061-0.10860.10180.6189-0.10770.5874-83.5083-34.6311-7.8542
84.14811.07851.94897.52071.84988.02960.02110.2852-0.23920.0607-0.19540.5707-0.0846-0.38750.15250.3588-0.04170.07310.2960.00860.5348-154.1009-4.622316.151
96.75161.90631.08466.43361.08015.8231-0.11690.30730.586-0.5114-0.1911-0.0546-0.547-0.1850.35920.49240.0287-0.03320.28590.04210.4729-149.97643.810313.614
103.98842.84172.75356.06153.61788.6748-0.45390.64620.3253-0.91520.1459-0.1107-0.1078-0.05460.2570.8484-0.00920.03950.55520.06680.5881-150.81387.36428.1868
115.20292.77720.26186.09033.57498.1533-0.16860.1944-0.0907-0.85540.4813-0.9847-1.13881.1824-0.20980.7733-0.17120.05610.55410.03840.7372-137.821811.92211.6718
124.85422.6921.31688.91793.75266.72990.2425-0.47470.94030.195-0.0429-0.3324-2.07790.4911-0.10610.811-0.11870.12270.4251-0.09731.0522-142.379919.546221.923
135.7643-0.15791.59622.74510.20176.66180.2222-0.1691-0.07990.7401-0.0992-1.5128-0.13150.8976-0.06710.5491-0.0646-0.2150.60470.01011.1026-130.2143-7.829627.2106
145.35911.30233.04655.3541.01465.77670.0785-0.4007-0.33251.0333-0.2422-0.6030.30.01610.14890.46140.0097-0.05140.39040.06950.4606-148.9735-22.446828.2636
157.50234.3171-2.9852.7456-2.20756.2848-0.5420.5266-0.13-0.24050.29180.35380.1214-0.91750.13670.40820.0060.0550.6017-0.17380.5526-166.2083-24.744910.1424
167.41210.61021.42774.4225-0.19426.29230.08740.5245-0.42330.0150.05270.18490.54250.2367-0.11640.31820.0542-0.070.5049-0.03150.4513-88.3914-39.158854.9488
176.53820.35452.4273.4927-0.64546.9650.35840.149-0.40740.153-0.1563-0.1770.33760.5897-0.22340.43710.0724-0.06740.5964-0.06770.5865-76.8129-40.609763.3422
183.6745-0.53141.36712.6002-1.28022.7082-0.89331.24911.2275-0.07670.0274-0.1752-1.3491.28680.64570.8186-0.3922-0.22510.8880.38960.9234-85.7074-17.855643.2283
195.96212.21510.5353.3351-0.77262.9155-0.07280.3495-0.0757-0.1629-0.14480.02190.13310.09750.21040.33820.0490.05940.4923-0.01160.3304-109.472-36.773943.0366
202.5790.13930.67066.3082.3973.2626-0.1352-0.3172-0.42510.6208-0.1310.35060.7303-0.2330.30310.7139-0.03940.14320.46730.03040.5839-133.1668-74.057347.821
217.7591.68182.41663.99591.47915.9864-0.2305-0.4292-0.93410.5085-0.30740.44041.5591-0.14650.34931.19530.09050.29170.4984-0.00171.0321-128.6187-89.081343.3361
222.44220.8858-1.39895.9958-0.61713.2788-0.18850.5363-0.436-1.0601-0.16690.46290.2751-0.20250.39121.05710.014-0.10720.7348-0.23870.6131-139.1902-69.37624.1141
233.55110.47282.47022.69011.78037.40410.1949-0.07230.0505-0.385-0.19050.36290.0554-0.32980.06040.33650.042-0.0220.32660.01140.4797-138.6407-46.392542.1441
244.4545-1.87660.35636.01920.12674.1817-0.2412-0.2052-0.0010.54210.1682-0.43920.43210.99110.08450.58990.09020.03630.7548-0.00920.4319-130.2143-34.558687.8691
252.71261.63040.33158.89242.41344.906-0.1553-0.8424-0.32731.46430.15420.10450.72020.1334-0.04391.0640.19330.09741.02470.09910.5876-137.3318-38.870999.284
261.0655-0.6611-1.06362.20581.06292.73750.02740.01190.18680.0483-0.01050.3669-0.057-0.3841-0.03590.37680.0103-0.00950.4982-0.07930.6844-140.1018-17.011175.2213
277.53822.8629-2.87057.1007-2.67416.6081-0.0317-0.2331-0.25370.1668-0.1153-0.37340.10120.64180.20970.37810.0160.06320.5038-0.15520.4664-116.3089-32.606961.4564
283.7622-3.0224-0.18654.0074-0.84124.08630.47710.06230.3857-2.0765-0.0751-0.244-0.88010.5728-0.36241.1878-0.09010.14580.5004-0.00350.4325-116.424818.205459.7654
293.1791.3502-1.69830.5842-0.53233.86920.44960.91351.0402-1.2091-0.8367-0.1099-0.44630.0609-1.40212.65660.02430.55490.73640.11320.5099-118.029726.409652.0884
303.4917-1.9362-2.97052.0592-0.51356.37760.30880.5758-0.1386-2.0803-0.1903-0.0535-0.4010.0257-0.25072.07810.15350.0860.7727-0.03710.7538-120.335820.86547.6414
312.13-1.4276-1.42964.6666-1.28847.3909-0.16451.46570.7292-1.93230.0975-0.1174-0.8407-0.9929-0.11231.90530.0648-0.09711.10430.10670.8309-119.585420.17938.2391
323.0004-1.2233-0.74276.49510.59112.85750.10530.157-0.2221-1.92150.00650.0159-0.23860.368-0.03440.9411-0.0290.09620.5087-0.13950.6276-111.2707-3.882354.4778
333.1472-1.3157-2.49076.33724.25396.0422-0.1465-0.31710.01840.42880.6952-1.11580.51641.1495-0.47420.39560.1372-0.03110.711-0.11770.6023-105.14641.06274.8027
345.5114-2.4486-0.01984.5679-0.56575.0211-0.1327-0.11490.02790.19570.21060.15670.15450.1374-0.03940.3285-0.08590.09020.4188-0.09330.4442-118.451514.61186.5762
353.3514-3.5213.55725.8139-3.38343.7415-0.22510.1220.65980.10910.0975-0.4959-0.99040.20870.32310.4565-0.04490.12820.5126-0.09620.6872-118.19227.324884.8835
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 45 through 126 )A45 - 126
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 127 through 160 )A127 - 160
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 161 through 214 )A161 - 214
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 215 through 271 )A215 - 271
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 272 through 375 )A272 - 375
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 376 through 461 )A376 - 461
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 462 through 482 )A462 - 482
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 44 through 86 )B44 - 86
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 87 through 160 )B87 - 160
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 161 through 214 )B161 - 214
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 215 through 249 )B215 - 249
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 250 through 271 )B250 - 271
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 272 through 338 )B272 - 338
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 339 through 439 )B339 - 439
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 440 through 482 )B440 - 482
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'C' and (resid 44 through 126 )C44 - 126
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'C' and (resid 127 through 271 )C127 - 271
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'C' and (resid 272 through 375 )C272 - 375
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'C' and (resid 376 through 482 )C376 - 482
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 45 through 233 )D45 - 233
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 234 through 262 )D234 - 262
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 263 through 338 )D263 - 338
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 339 through 481 )D339 - 481
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'E' and (resid 46 through 160 )E46 - 160
25X-RAY DIFFRACTION25chain 'E' and (resid 161 through 271 )E161 - 271
26X-RAY DIFFRACTION26chain 'E' and (resid 272 through 439 )E272 - 439
27X-RAY DIFFRACTION27chain 'E' and (resid 440 through 481 )E440 - 481
28X-RAY DIFFRACTION28chain 'F' and (resid 45 through 126 )F45 - 126
29X-RAY DIFFRACTION29chain 'F' and (resid 127 through 160 )F127 - 160
30X-RAY DIFFRACTION30chain 'F' and (resid 161 through 232 )F161 - 232
31X-RAY DIFFRACTION31chain 'F' and (resid 233 through 263 )F233 - 263
32X-RAY DIFFRACTION32chain 'F' and (resid 264 through 338 )F264 - 338
33X-RAY DIFFRACTION33chain 'F' and (resid 339 through 409 )F339 - 409
34X-RAY DIFFRACTION34chain 'F' and (resid 410 through 461 )F410 - 461
35X-RAY DIFFRACTION35chain 'F' and (resid 462 through 481 )F462 - 481

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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