PDB-6aio: Crystal structure of p-nitrophenol 4-monooxygenase PnpA from Pseu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 6aio

タイトル

Crystal structure of p-nitrophenol 4-monooxygenase PnpA from Pseudomonas putida DLL-E4

要素

PnpA

キーワード

FLAVOPROTEIN / p-Nitrophenol 4-monooxygenase

機能・相同性

3-(3-hydroxyphenyl)propionate hydroxylase activity / 3-(3-hydroxy)phenylpropionate catabolic process / : / FAD-binding domain / FAD binding domain / FAD binding / FAD/NAD(P)-binding domain superfamily / PnpA

機能・相同性情報

生物種

Pseudomonas putida (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.04 Å

データ登録者

Chen, Q.Z. / Huang, Y. / Duan, Y.J. / Li, Z.K. / Liu, W.D. / Cui, Z.L.

引用

ジャーナル: Biochem. Biophys. Res. Commun. / 年: 2018
タイトル: Crystal structure of p-nitrophenol 4-monooxygenase PnpA from Pseudomonas putida DLL-E4: The key enzyme involved in p-nitrophenol degradation.
著者: Chen, Q.Z. / Huang, Y. / Duan, Y.J. / Li, Z.K. / Cui, Z.L. / Liu, W.D.

履歴

登録	2018年8月24日	登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.0	2018年10月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2023年11月22日	Group: Data collection / Database references / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_initial_refinement_model Item: _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	6aio.cif.gz	175.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb6aio.ent.gz	137.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	6aio.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6aio ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ai/6aio	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	6ainC 3ihgS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	6ain-2 6ain-1 5ttk-2 7c49-1 4y3k-1 5ttj-2 5ols-d 6fdf-1 1cc4-d 5m3y-d Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: PnpA

B: PnpA

93.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: PnpA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: PnpA

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
46.6 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	53.845, 76.323, 208.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Refine code	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	0	1	0	A	9 - 403
2	0	1	0	B	9 - 403

#1: タンパク質	PnpA / p-Nitrophenol 4-monooxygenase 分子量: 46628.047 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Pseudomonas putida (バクテリア) / 株: DLL-E4 / 遺伝子: pnpA / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: C6FI48
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 619 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.29 Å³/Da / 溶媒含有率: 46.39 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 10% isopropanol, 0.1M Tris-HCl, pH 8.5, 13.5 % (w/v) PEG 4000, 5% glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SSRF / ビームライン: BL17U / 波長: 1.5397 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年12月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 1.5397 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.04→30 Å / Num. obs: 55036 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 5.9 % / R_merge(I) obs: 0.052 / Net I/σ(I): 25.09
反射シェル	解像度: 2.04→2.11 Å / R_merge(I) obs: 0.095 / Num. unique obs: 5337

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0073	精密化
HKL-2000		データ削減
HKL-2000		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3IHG

3ihg

解像度: 2.04→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.949 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / SU B: 3.704 / SU ML: 0.103 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.186 / ESU R Free: 0.162 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.21705	2688	4.9 %	RANDOM
R_work	0.17319	-	-	-
obs	0.17532	52274	98.97 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å

原子変位パラメータ

B_iso mean: 22.807 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.72 Å²	-0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.02 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.7 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.04→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	6094	0	0	619	6713

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.019	6213
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.006	0.02	5974
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.84	1.954	8422
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.29	3	13673
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.628	5	768
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.627	22.789	294
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.642	15	1030
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.301	15	64
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.111	0.2	927
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.011	0.021	7029
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.006	0.02	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.048	1.981	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.047	1.98	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.992	2.945	3852
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	2.991	2.946	3853
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.255	2.384	3123
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.255	2.385	3124
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.999	3.407	4571
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	7.497	19.453	27551
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	7.448	19.282	27063
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

Refine LS restraints NCS

Ens-ID: 1 / 数: 22715 / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Rms dev position: 0.14 Å / Weight position: 0.05

Dom-ID	Auth asym-ID
1	A
2	B

LS精密化シェル

解像度: 2.042→2.095 Å / Total num. of bins used: 20

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.246	185	-
R_work	0.185	3702	-
obs	-	-	96.52 %

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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