[日本語] English
万見
- PDB-6aid: Structural insights into the unique polylactate degrading mechani... -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 6aid
タイトルStructural insights into the unique polylactate degrading mechanism of Thermobifida alba cutinase
要素Esterase
キーワードHYDROLASE
機能・相同性
機能・相同性情報


poly(ethylene terephthalate) hydrolase / cutinase activity / cutinase / periplasmic space / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Cutinase / Serine aminopeptidase, S33 / Serine aminopeptidase, S33 / Alpha/Beta hydrolase fold, catalytic domain / Alpha/Beta hydrolase fold / Rossmann fold / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
類似検索 - ドメイン・相同性
ethyl (2R)-2-oxidanylpropanoate / LACTIC ACID / Cutinase est2
類似検索 - 構成要素
生物種Thermobifida alba (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 多重同系置換 / 解像度: 1.3 Å
データ登録者Kitadokoro, K. / Kakara, M. / Matsui, S. / Osokoshi, R. / Thumarat, U. / Kawai, F. / Kamitani, S.
引用ジャーナル: Febs J. / 年: 2019
タイトル: Structural insights into the unique polylactate-degrading mechanism of Thermobifida alba cutinase.
著者: Kitadokoro, K. / Kakara, M. / Matsui, S. / Osokoshi, R. / Thumarat, U. / Kawai, F. / Kamitani, S.
履歴
登録2018年8月22日登録サイト: PDBJ / 処理サイト: PDBJ
改定 1.02019年2月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12019年6月12日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.name
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / pdbx_struct_conn_angle / refine_hist / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_auth_atom_id / _atom_site_anisotrop.pdbx_label_atom_id / _database_2.pdbx_DOI / _database_2.pdbx_database_accession / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr1_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_auth_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_asym_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_comp_id / _pdbx_struct_conn_angle.ptnr3_label_seq_id / _pdbx_struct_conn_angle.value / _refine_hist.d_res_low / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr1_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr1_label_comp_id / _struct_conn.ptnr1_label_seq_id / _struct_conn.ptnr2_auth_comp_id / _struct_conn.ptnr2_auth_seq_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_label_comp_id / _struct_conn.ptnr2_symmetry

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Esterase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,7528
ポリマ－30,3781
非ポリマー3747
水3,999222
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area130 Å2
ΔGint-13 kcal/mol
Surface area10270 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)42.265, 68.860, 78.594
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 1分子 A

#1: タンパク質 Esterase


分子量: 30377.848 Da / 分子数: 1 / 断片: UNP residues 35-300 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Thermobifida alba (バクテリア) / 遺伝子: est2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: F7IX06

-
非ポリマー , 5種, 229分子

#2: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#3: 化合物 ChemComp-9YL / ethyl (2R)-2-oxidanylpropanoate / Ethyl lactate / D-乳酸エチル


分子量: 118.131 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O3
#4: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-LAC / LACTIC ACID / D-乳酸


分子量: 90.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 222 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 1.89 Å3/Da / 溶媒含有率: 34.91 % / 解説: plate like
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 15-20% (w/v) PEG 3350, 0.2 M sodium acetate, 0.2M2 M calcium chloride, and 0.1 M sodium chloride, pH 8.0

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL44XU / 波長: 0.9 Å
検出器タイプ: RAYONIX MX300HE / 検出器: CCD / 日付: 2015年12月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.3→50 Å / Num. obs: 106239 / % possible obs: 97.6 % / 冗長度: 3.5 % / Biso Wilson estimate: 17.5 Å2 / CC1/2: 0.996 / Rmerge(I) obs: 0.121 / Net I/σ(I): 7.41
反射 シェル解像度: 1.3→1.38 Å / 冗長度: 1.89 % / Mean I/σ(I) obs: 0.91 / Num. unique obs: 17556 / CC1/2: 0.37 / % possible all: 86.7

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0155精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 多重同系置換 / 解像度: 1.3→50 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.979 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.969 / SU B: 1.786 / SU ML: 0.032 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.046 / ESU R Free: 0.045 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.16465 2790 5 %RANDOM
Rwork0.1329 ---
obs0.13451 53071 97.88 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 12.258 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.23 Å20 Å20 Å2
2---0.15 Å20 Å2
3----0.08 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.3→50 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2009 0 19 222 2250
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.030.0192073
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0030.021907
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg2.4431.9572821
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.25134387
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.515260
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg31.25922.74791
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg9.80815312
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg18.8811518
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.1670.2309
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0160.0212361
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02483
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it0.9520.3361043
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other0.9510.3331042
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it1.2150.5051302
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other1.2150.5081303
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it1.9670.5891030
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other1.9710.5911031
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other2.2490.7981520
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined2.3186.0692427
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other2.326.0912428
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr6.0233980
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free16.9695125
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded4.76754032
LS精密化 シェル解像度: 1.301→1.335 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.385 178 -
Rwork0.365 3245 -
obs--82.56 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.3525-0.0305-0.07550.3048-0.01290.45310.0120.0020.02740.00260.012-0.0017-0.0136-0.0026-0.02390.0492-0.0030.00220.0745-0.00320.06461.9999-3.675511.8091
20000000000000000.02940.0560.03290.15050.03040.061-17.0338-1.19324.8988
30000000000000000.0348-0.018-0.01110.0682-0.01310.069-1.084-19.0567-0.282
40000000000000000.05530.0158-0.0060.06-0.02230.077219.3838-16.601714.5874
50.3883-0.0812-0.04970.3473-0.06860.33830.01910.00930.02-0.01590.01560.00960.0077-0.0168-0.03470.0194-0.00750.00010.04450.00120.03991.1601-4.02088.9585
616.50728.1381-1.900210.69522.2991.7855-0.44790.21030.2119-0.0730.15680.75480.12280.00290.29110.05810.01210.00380.09810.02380.08291.7202-13.174324.9539
71.50820.8345-1.66220.5021-0.93461.83760.0177-0.030.00760.0109-0.01080.0086-0.01660.0345-0.00690.07190.00560.01240.09280.00680.1029-4.3545-1.72926.9348
839.88130.3904-69.0348265.66081.067131.3804-0.0902-0.7215-0.74532.0993-1.1051-1.00590.63631.12371.19540.04460.0638-0.04870.1942-0.11010.1014.2384-9.931330.3635
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A40 - 300
2X-RAY DIFFRACTION2A401
3X-RAY DIFFRACTION3A402
4X-RAY DIFFRACTION4A403
5X-RAY DIFFRACTION5A501 - 722
6X-RAY DIFFRACTION6A404
7X-RAY DIFFRACTION7A405 - 406
8X-RAY DIFFRACTION8A407

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る