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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ah9 | ||||||
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タイトル | Crystal structure of enoyl-ACP reductase from Acinetobacter baumannii in complex with NAD and Triclosan | ||||||
要素 | Enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase [NADH] | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Fabi (中国の貨幣制度史) / Acinetobacter baumannii / NAD / Triclosan (トリクロサン) / Inhibitor complex (酵素阻害剤) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) / enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) activity / fatty acid biosynthetic process 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.74 Å | ||||||
データ登録者 | Rani, S.T. / Nataraj, V. / Laxminarasimhan, A. / Thomas, A. / Krishnamurthy, N. | ||||||
引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Crystal structure of enoyl-ACP reductase from Acinetobacter baumannii in complex with NAD and Triclosan 著者: Rani, S.T. / Nataraj, V. / Laxminarasimhan, A. / Thomas, A. / Krishnamurthy, N. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ah9.cif.gz | 68.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb6ah9.ent.gz | 48.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ah9.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah9 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah9 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 4zjuS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 28660.746 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Acinetobacter baumannii ATCC 19606 = CIP 70.34 = JCM 6841 (バクテリア) 株: ATCC 19606 / AUCC 669 / 遺伝子: NC_009085.1 / プラスミド: pET 28a-AbFabI / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 株 (発現宿主): BL21(DE3) 参照: UniProt: A0A2J1CZK4, UniProt: D0CAD5*PLUS, enoyl-[acyl-carrier-protein] reductase (NADH) |
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#2: 化合物 | ChemComp-NAD / |
#3: 化合物 | ChemComp-TCL / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.22 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.51 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 5.5 / 詳細: 0.1M MES pH 5.5, 100mM NaCl, 10% PEG3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Australian Synchrotron / ビームライン: MX2 / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2018年6月15日 |
放射 | モノクロメーター: Mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.74→72.6 Å / Num. obs: 26533 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 6.4 % / Rmerge(I) obs: 0.061 / Net I/σ(I): 13.3 |
反射 シェル | 解像度: 1.74→1.77 Å / 冗長度: 6.1 % / Rmerge(I) obs: 0.249 / Mean I/σ(I) obs: 4 / Num. unique obs: 1390 / % possible all: 95.9 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 4ZJU 解像度: 1.74→57.23 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.935 / SU B: 2.932 / SU ML: 0.093 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.128 / ESU R Free: 0.127 / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 26.352 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 1.74→57.23 Å
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拘束条件 |
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