+データを開く
-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 6ah5 | |||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
タイトル | Structure of human P2X3 receptor in complex with ATP and Mg2+ ion | |||||||||
要素 | P2X purinoceptor 3 | |||||||||
キーワード | MEMBRANE PROTEIN / channel | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / neuromuscular synaptic transmission / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / peristalsis / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP ...Platelet homeostasis / purinergic nucleotide receptor activity / extracellularly ATP-gated monoatomic cation channel activity / neuromuscular synaptic transmission / Elevation of cytosolic Ca2+ levels / peristalsis / urinary bladder smooth muscle contraction / response to carbohydrate / inorganic cation transmembrane transport / cellular response to ATP / positive regulation of calcium ion transport into cytosol / behavioral response to pain / protein homotrimerization / response to mechanical stimulus / positive regulation of calcium-mediated signaling / hippocampal mossy fiber to CA3 synapse / response to cold / establishment of localization in cell / calcium ion transmembrane transport / regulation of synaptic plasticity / Schaffer collateral - CA1 synapse / sensory perception of taste / response to heat / postsynapse / receptor complex / response to hypoxia / axon / signal transduction / ATP binding / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.819 Å | |||||||||
データ登録者 | Hattori, M. | |||||||||
引用 | ジャーナル: Elife / 年: 2019 タイトル: Molecular mechanisms of human P2X3 receptor channel activation and modulation by divalent cation bound ATP. 著者: Li, M. / Wang, Y. / Banerjee, R. / Marinelli, F. / Silberberg, S. / Faraldo-Gomez, J.D. / Hattori, M. / Swartz, K.J. | |||||||||
履歴 |
|
-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
---|
-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 6ah5.cif.gz | 221.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
---|---|---|---|---|
PDB形式 | pdb6ah5.ent.gz | 186.1 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 6ah5.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah5 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ah/6ah5 | HTTPS FTP |
---|
-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
| ||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 |
| ||||||||
単位格子 |
|
-要素
-タンパク質 , 1種, 3分子 ABC
#1: タンパク質 | 分子量: 40792.977 Da / 分子数: 3 / 断片: UNP residues 17-363 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: P2RX3 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P56373 |
---|
-糖 , 2種, 11分子
#2: 多糖 | #4: 糖 | ChemComp-NAG / |
---|
-非ポリマー , 3種, 9分子
#3: 化合物 | #5: 化合物 | #6: 化合物 | |
---|
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
---|
-試料調製
結晶 | マシュー密度: 4.92 Å3/Da / 溶媒含有率: 74.99 % |
---|---|
結晶化 | 温度: 297 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: Magnesium acetate tetrahydrate, Sodium acetate, PEG 400, ATP. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K |
---|---|
放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SPring-8 / ビームライン: BL41XU / 波長: 1 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月26日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 3.819→50 Å / Num. obs: 46572 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 3.5 % / Net I/σ(I): 7.89 |
反射 シェル | 解像度: 3.819→4.05 Å |
-解析
ソフトウェア |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 / 解像度: 3.819→45.82 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 39.91 / 立体化学のターゲット値: ML 詳細: SF FILE CONTAINS FRIEDEL PAIRS UNDER I_MINUS AND I_PLUS COLUMNS.
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 3.819→45.82 Å
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
| ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
|